Construction of various fusion proteins of recombinant citrate synthase from thermoplasma volcanium
Thermoplasma volcanium'un rekombinant sitrat sentazı ile çeşitli füzyon protein tasarımları
- Tez No: 153353
- Danışmanlar: PROF.DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Füzyon proteinleri, sitrat sentaz, haloalkanoik asit dehalogenaz, aminoglikozit-3'-fosfotransferaz-II, Gen birleştirme, Thermoplasma volcanium vı, Fusion proteins, citrate synthase, haloalkanoic acid dehalogenase, aminoglycoside-3'-phosphotransferase-n, Gene SOEing, Thermoplasma volcanlum IV
- Yıl: 2004
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
oz THERMOPLASMA VOLCANİUM>\JN REKOMBİNANT SİTRAT SENTAZI İLE ÇEŞİTLİ FÜZYON PROTEİN TASARIMLARI Özdoğan, Seda Yüksek lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Mart 2004, 139 sayfa Bu çalışmada, mezofilik enzimlerin thermostabilitesini arttırmak amacı ile termostabil bir enzimin stabilite bölgesini bu enzimlere eklemek suretiyle füzyon protein oluşturmak için“Gen Birleştirme”stratejisi kullanılmıştır. Gen birleştirme, bağlanma yerlerindeki nükleotid dizilerini dikkate almaksızın ve restriksiyon endonükleazlar yada ligaz kullanımı olmaksızın DNA moleküllerini belirli bölgelerde birleştiren PCR-temelli bir yaklaşımdır. Bu füzyon yapılarda, Thermoplasma volcanium'un sitrat sentaz geninin büyük fragmenti stabilite belirleyicisi olarak kullanılmıştır. Bu gen kısa bir süre önce laboratuarımızda klonlanmıştır. İki farklı füzyon tasarımında, füzyon partnerleri olarak Pseudomonas sp. CBS3 dehalogenaz II (dehCII.) geni ve E. coli aminoglikozit-3'-fosfotransferaz-II (APH(3')-II) geni kullanılmıştır.“Gen Birleştirme”reaksiyonundan sonra 1722 bç büyüklüğünde CS Büyük Fragment-dehCII ve 1750 bç büyüklüğünde CS Büyük Fragment- APH(3')-II elde edilmiştir. Ayrıca bir 1586 bç uzunluğunda dehCII- APH(3')-II füzyon tasarlanmıştır. Üç füzyon tasarım E. Coli' de klonlanmıştır. Herdefasında, klonlama rekombinant kolonilerden elde edilen plazmitlerin restriksiyon analizi ile doğrulanmıştır. CS Büyük Fragment- APH(3')-H ve dehCII-APH(3')-ll füzyonlara ilişkin APH(3')-H geni enzim tayini ve antibiyotikli agar yöntemleri ile gösterildiği gibi E. Coli' de başarılı bir şekilde ekspres edilmiştir. CS Büyük Fragment- APH(3')-H füzyon proteini 60°C'de 10 dakika inkübasyondan sonra orijinal aktivitesinin %9.4'sini korumuştur. Ancak CS Büyük Fragment-dehCII ve -dehCII-APH(3')-H füzyonları herhangi bir dehalogenaz aktivitesi göstermemiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT CONSTRUCTION OF VARIOUS FUSION PROTEINS OF RECOMBINANT CITRATE SYNTHASE FROM THERMOPLASMA VOLCANIUM özdoğan, Seda M.S., Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Semra Kocabıyık March 2004, 139 pages In this study, a strategy called gene splicing by overlap extension,“Gene SOEing”, was used for the construction of the fusion proteins with the purpose of increasing the thermostability of mesophilic enzymes by incorporation of stability domain from a thermostable enzyme. Gene SOEing is a PCR-based approach for recombining DNA molecules at precise junctions irrespective of nucleotide sequences at the recombination site and without the use of restriction endonucleases or ligase. In fusion constructs, as the stability determinant Thermoplasma volcanium citrate synthase (CS) large domain has been used. This gene has recently been cloned in our laboratory. In two different fusions, as fusion partners, dehalogenase II (dehCÜ) gene of Pseudomonas sp. CBS3 and aminoglycoside-3'-phosphotransferase-n (APH(3')-H) gene of E. coli were employed. Following the Gene SOEing, two fusion products, 1722 bp long CS Large Domain-die/iCII and 1750 bp long CS Large Domain-APH(3')-H were constructed. Also a 1586 bp long fife/zCH-APH(3')-H fusion was prepared. Three fusion mconstructs were cloned in E. coll. Cloning was confirmed in each case, by restriction analysis of the isolated plasmids from recombinant colonies. APH(3')-II gene associated with CS Large Domain- APH(3')-II and dehCU-APH(3')-ll fusion constructs were successfully expressed in E. coll as revealed by en2yme assay and antibiotic agar plate assay. CS Large Domain-APH(3')-n fusion protein retained 9.4% of the original APH(3')-II activity after 10 minutes at 60°C. However, CS Large Domain-öfeÂCII and de/?CII-APH(3')-n fusions did not display any dehalogenase activity.
Benzer Tezler
- Havalı kollektörle ısıtma ve ekserji analizi
Heating with the solar air collector and its exergy analysis
MUSTAFA ALTUNBAŞ
- Menzil profili modunda çalışan radarla otomatik hedef sınıflama
automatic target classification with radars operating in range profilling
CENK GÖKBERK
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN TOPUZ
- Termo plastik doğalgaz borularının elektrofüzyon kaynağı ve kaynak parametrelerinin kaliteye etkisi
Başlık çevirisi yok
CEVAT ÖZARPA
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT VURAL
- Termik santral uçucu küllerinden sentetik zeolit elde edilmesi ve çevresel uygulamalarda kullanılması
Obtaining synthetic zeolite from power plant fly ash and utilization in the environmental applications
ÇAĞDAŞ ÖNEREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Çevre MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. TÜRKAY ONACAK
- Elektron ışın kaynağı ve otomotiv endüstrisindeki uygulamaları
Başlık çevirisi yok
ERCAN CİHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELAHATTİN ANIK