Sert çekirdekli meyve ağaçlarında enfeksiyon yapan ilarvirüslerin RT-PCR ile tanısı ve karakterizasyonu
Identification and characterization of ilarviruses infecting stone fruits
- Tez No: 131430
- Danışmanlar: PROF. DR. FİLİZ ERTUNÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Sert çekirdekli meyveler, PNRSV, PDV, ApMV, RT- PCR, PCR-RFLP, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, İlarvirüs, Stone fruits, PNRSV, PDV, ApMV, RT-PCR, PCR-RFLPs, Polymerase chain reaction, Ilarvirus
- Yıl: 2003
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET Doktora Tezi SERT ÇEKİRDEKLİ MEYVE AĞAÇLARINDA ENFEKSİYON YAPAN İLARVİRUSLARIN RT-PCR ile TANISI ve KARAKTERİZASYONU Çiğdem ULUBAŞ Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bitki Koruma Ana Bilim Dalı Danışman : Prof. Dr. Filiz ERTUNÇ Türkiye'nin sert çekirdekli meyve yetiştiriciliği yapılan bölgelerinden temin edilen toplam 488 vişne, kiraz, şeftali, nektarin, kayısı ve erik ağacı ticari bahçeler ve aşı kaynaklarındaki ApMV, PDV ve PNRSV enfeksiyonu açısından incelenmiş ve tespit edilen virüs izolatlarının moleküler karakterizasyonu yapılmaya çalışılmıştır. Tüm örnekler DAS-ELISA ve RT-PCR'a tabi tutulmuştur. DAS-ELISA testi ile 31 PNRSV izolatı tespit edilirken RT-PCR testi 51 izolat belirlenmiştir. PDV enfekteli bitki örneği DAS-ELISA ile 73 adet olarak belirlenmiş ve ApMV enfekteli sert çekirdekli meyve ağacı tespit edilememiştir. PNRSV enfeksiyonu en çok nektarinlerde ve bunu takiben şeftalide, PDV enfeksiyonu ise kirazda ve vişnede saptanmıştır. İzolatların karakterizasyonu amacıyla uygulanan PCR-RFLP analizinde EcoRI, TaqI, Avali, HincII, HindIII, PvuII ve MspI restriksiyon endonükleazlar kullanılmış ve dendogram UPGMA analizi kullanılarak restriksiyon profillerinden çizilmiştir. PNRSV izolatları arasında üç büyük grup ve üç küçük grup ayırt edilmiştir. PNRSV izolatlarının PE-5 grubunun bir üyesi olan APR-152 izolatı PCR-RFLP'ye tabi tutulan 20 PNRSV izolatı arasında eş profillere sahip olmamıştır. PV-32 grubunun bir üyesi olan ROSE izolatı ile aynı bant profilini veren PNRSV izolatı sadece Bursa21 olmuştur. PCR-RFLP'ye tabi tutulan toplam 27 PDV izolatında iki ana grup belirlenebilirken çok sayıda küçük gruplar ayırt edilmiştir. PNRSV ve PDV izolatlarının PCR-RFLP ile gruplara ayrılmasında coğrafik bölgelerle bağlantısı olmamıştır. 2003, 95 sayfa
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Ph.D. Thesis IDENTIFICATION and CHARACTERIZATION of ILARVIRUSES INFECTING STONE FRUITS by RT-PCR Çiğdem ULUB AS Ankara University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Plant Protection Supervisor : Prof. Dr. Filiz ERTUNÇ Totally 488 plant samples of sour cherry, sweet cherry, peach, nectarine, apricot and plum trees originated from different stone fruit growing provinces of Turkey were investigated for ApMV, PDV and PNRSV and the characterization of detected isolates was performed. DAS-ELISA and RT-PCR were applied to all plant samples. While 31 plant samples were detected by DAS-ELISA as PNRSV, RT-PCR detected 51 isolates. 73 plant samples infected with PDV was found and ApMV infection was not determined among the stone fruit trees tested by DAS-ELISA. PNRSV infection occurred the mostly in nectarines followed by peaches, whereas PDV was detected the most in sour cherry and sweet cherry, respectively. EcoRI, TagI, Avail, HincII, Hindffl, PvuII, and Mspl restriction endonucleases were used to characterise the isolates by PCR-RFLPs and phylogenetic trees were evaluated according to restriction profiles by UPGMA analysis. Phylogenetic analysis was aUscriminated three major group and three minor group of PNRSV isolates. APR-152 the member of PE-5 group of PNRSV isolates had no identical pattern among the 20 isolates. ROSE the member of PV-32 group selected only Bursa21 isolate as a PV-32. While two major group were discriminated among 27 PDV isolates analysed by PCR-RFLPs, isolates were divided into lots of minor groups. PNRSV and PDV isolates obtained from different geographic locations did not reveal any association on grouping according to the results of PCR- RFLPs. 2003, 95 pages
Benzer Tezler
- Hatay bölgesi (Prunus) türlerindeki virüs hastalıklarının ELISA (Enzyme linked immunosorbent assay) ve biyolojik yöntemlerle tanılanması
Başlık çevirisi yok
MONA HURİGİL GAZEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
ZiraatMustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN
- Doğu Akdeniz bölgesi bazı sert ve yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarında elma klorotik yaprak leke virüsü (apple chlorotic leafspot virus, ACLSV)`nün değişik yöntemlerle saptanması
Detection of apple chlorotic leafspot virus (ACLSV) on eastern mediterranean some stone and pome fruit trees by different methods
LİLİFER BAYIRDAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF.DR. SAADETTİN BALOĞLU
- Doğu Akdeniz bölgesi sert çekirdekli meyve ağaçlarında erik cücelik virüsü ( Prune Dwarf Virus, PDV )'nün değişik yöntemlerle saptanması
Detection of Prune Dwarf Virus (PDV) on stone fruits in eastern mediterranean region by using advanced methods
BENGÜHAN OĞUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF.DR. SAADETTİN BALOĞLU
- Kuzey Doğu Anadolu bölgesinde yetiştirilen sert çekirdekli meyve ağaçlarında hastalık oluşturan bakteriyel patojenlerin tanısı
Identification of bacterial organisms from stone fruits grown in North Eastern Anatolia region of Turkey
ARZU ALÂ
- Reverz transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu tekniği ile Doğu Anadolu bölgesinde yetiştirilen sert çekirdekli meyve ağaçlarında saptanan apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) izolatlarının duyarlı tanılarının yapılması
Sensitive detection of apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) isolates collected from stone fruits in Eastern Anatolia by using reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR)
BÜLENT POLAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
ZiraatYüzüncü Yıl ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. HİKMET MURAT SİPAHİOĞLU