Drug repositioning for liver cancer
Karaciğer kanseri için ilaç yeniden konumlandırması
- Tez No: 1005537
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA BAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hepatosellüler karsinoma (HCC), yaşam beklentisinin düşük olduğu ölümcül bir karaciğer hastalığıdır ve sıklıkla diğer karaciğer hastalıklarıyla birlikte görülür. Çoğu durumda, bu hastalıktan etkilenen kişiler ilk aşamalarda semptom göstermezler. Bu nedenle, hastalık genellikle ilerlemiş aşamada geç teşhis edilir. Bu noktada, tedavi seçenekleri sınırlıdır ve başarılı olsa bile nüksetme olasılığı yüksektir. Bununla birlikte, karaciğer tümörleri oldukça heterojendir ve genellikle mevcut tedavilere dirençli hale gelir. Ayrıca, geleneksel kemoterapi teknikleri kanser hücrelerini hedeflemede her zaman etkili değildir ve ciddi yan etkilere yol açabilir. Bu nedenle, daha etkili, daha az toksik ve ilaç direnci sorununu aşabilen yeni tedavi yaklaşımları geliştirilmesi gerekmektedir. Umut vaat eden stratejilerden biri, halihazırda onaylanmış ve başka hastalıklar için kullanılan ilaçlar için yeni uygulamalar bulmayı amaçlayan ilaçların yeniden konumlandırılmasıdır. Bu teknik, bilim insanlarının potansiyel ilaçları çok daha hızlı ve daha düşük maliyetle test etmelerini ve tanımlamalarını da sağlar. Bu hedeflere ulaşmak için karaciğer kanseriyle ilişkili proteinlerin yapısal analizi vazgeçilmezdir. DNMT3A, HCC'de yüksek miktarda üretildiği ve gen ekspresyonu için epigenetik bir düzenleyici olduğu için karaciğer kanseri için umut vaat eden bir hedeftir. Protein Data Bank (PDB), DNMT3A'nın iki protein yapısını, yani PWWP alanı ve ADD alanı içeren sırasıyla 3LLR ve 4U7T'yi içermekte olup bu yapılar, ilaç veya küçük moleküllerin tasarlanması veya yeniden konumlandırılması için potansiyel hedefler olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışma, PDB girişleri 3LLR ve 4U7T'nin yapısal özellikleri, işlevsel rolleri, terapötik potansiyeli ve karaciğer kanserinde kombine hedefleme olasılıkları ile ilgili karşılaştırmalı analizine odaklanmaktadır. Potansiyel DNMT3A inhibitörlerini tanımlamak için bölgeye özgü sanal tarama yaklaşımı kullanılmış, ardından bağlanma stabilitesini, farmakokinetik özellikleri ve ilaç benzeri özellikleri değerlendirmek için moleküler kenetlenme, moleküler dinamik simülasyonlar ve ADMET tahmini yapılmıştır. Tarama yapılan adaylar arasında Ceftobiprole medocaril (-5,807 kcal/mol), Lanreotide (-10,025 kcal/mol), Glutathione disulfide (-9,297 kcal/mol) ve Difelikefalin (-7,241 kcal/mol) hedefleme için en umut verici yeniden konumlandırılmış ilaçlar olarak öne çıkmıştır. Bu bileşikler, güçlü bağlanma afinitesi, kararlı moleküler dinamikler ve ADMET kriterleri sergileyerek, karaciğer kanseri tedavisinde daha fazla araştırma potansiyelleri olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Hepatocellular carcinoma (HCC) is a lethal liver disease with low life expectancy, which frequently coexists with other liver diseases. In most cases, people affected by the condition are asymptomatic at its initial stages. Thus, the disease is often diagnosed late when it has already advanced. At this stage, the treatment options are limited, and even when successful, there is a high probability of recurrence. Yet, liver tumors are highly heterogeneous and often become resistant to available therapies. Moreover, conventional chemotherapy techniques are not always effective in targeting cancer cells and can lead to severe side effects. Therefore, there is a need to develop novel treatment approaches that are more effective, less toxic, and capable of circumventing the issue of drug resistance. One of the promising strategies is drug repositioning, which aims to find new applications for medications that have already been approved and are used for other diseases. This technique enables scientists to assess and identify potential drugs much faster and at a lower cost. To achieve these goals, the structural analysis of liver cancer-related proteins is indispensable. DNMT3A is a promising target for liver cancer, as it is overexpressed in HCC and an epigenetic regulator for gene expression. The Protein Data Bank (PDB) has documented two protein structures of DNMT3A, namely 3LLR and 4U7T which present PWWP domain and ADD domain which can be potential targets to design or repositioning drug or small molecules. This study focuses on a comparative analysis of PDB entries 3LLR and 4U7T concerning structural features, functional roles, therapeutic potential, and prospects for combined targeting in liver cancer. A site-specific virtual screening approach was employed to identify potential DNMT3A inhibitors, followed by molecular docking, molecular dynamics simulations, and ADMET prediction to assess binding stability, pharmacokinetics properties, and drug-likeness. Among the screened candidates, Ceftobiprole medocaril (-5.807 kcal/mol), Lanreotide (-10.025 kcal/mol), Glutathione disulfide (-9.297 kcal/mol), and Difelikefalin (-7.241 kcal/mol) emerged as the most promising repositioned drugs for the targeting. These compounds demonstrated strong binding affinity, stable molecular dynamics, and ADMET criteria, supporting their potential for further investigation in liver cancer therapy.
Benzer Tezler
- Mide kanserinde rifabutin ve antimitotik ajanların kombinasyonunun moleküler yanıt mekanizmaları üzerindeki etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of the combination of rifabutin and antimitotic agents on molecular response mechanisms in gastric cancer
BUSENUR ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
OnkolojiTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN ÇAÇAN
DR. FEYZANUR ÇALDIRAN
- Pron pozisyonda omurga cerrahisi uygulanan hastalarda pozisyon değişimi sonrası gelişen hipotansiyon için öngörülen faktörlerin araştırılması
Investigation of the factors predicted for hypotension developing after position change in patients which WAS performed in the prone position
SELİM CAN YIRTIMCI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Anestezi ve ReanimasyonSağlık Bilimleri ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEYDA EFSUN ÖZGÜNAY
- Drug repositioning for neurodegenerative diseases based on bioinformatics and text mining analysis
Biyoinformatik ve metin madenciliği analizine dayalı nörodejeneratif hastalıklar için ilaç yeniden konumlandırma
KÜBRA TEMİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA GÖV
- Drug repositioning for treatment of feline ınfectious peritonitis in cats
Kedilerde feline enfeksiyöz peritonit tedavisi için ilaç yeniden konumlandırılması
FEHMİ METEHAN BENLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
KimyaUnıversıty Of Newcastle Upon TyneKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AGNİESZKA BRONOWSKA
- Drug repositioning for alzheimer's disease and glioblastoma treatment
Alzheimer hastalığı ve glioblastoma tedavisi için ilaç yeniden konumlandırması
NASMA ANJRINI
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Bilim ve TeknolojiÜsküdar ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA BAL