Epilepsi hastalığında doğru ilaç tedavisi için yüksek düzeyde biyoyararlı bitkisel kaynak destekli antiepileptik ilaç dizayn çalışması
Antiepileptic drug design study supported by highly bioavailable herbal source for correct drug treatment in epilepsy disease
- Tez No: 1005502
- Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Epilepsi hastalığı dünya genelinde yaklaşık olarak 70 milyon bireyi ilgilendiren her yaştan, cinsiyetten ve etnik kökenden bireyleri etkileyen yaygın bir nörolojik rahatsızlıktır. Epilepsinin çıkış yeri kesin olarak bilinememekle birlikte beyin tümörleri, immun aracılı inflamasyonlar, ağır beyin travmaları, genetik yatkınlık gibi durumlarda ortaya çıktığı bilgisi mevcuttur. Epilepsi tedavilerinin başında gelen anti-epileptik ilaçlar yaygın olarak kullanılmaktadır. Fakat ilaçların ağır yan etkileri bireylerin sosyal ve fiziksel yaşam kalitesini düşürmekte ve bunun ile beraber depresyon, uyku ve yemek yeme bozuklukları gibi çeşitli yan etkileri de beraberinde getirmektedir. Bu tez çalışmasında epilepsi hastalığında bitkisel kaynak destekli ilaç olarak kullanılabilecek potansiyele sahip bitki etken moleküllerinin etkisi araştırılıp bu konu ile alakalı in silico bir çalışma yapılmıştır. Yapılan literatür çalışmalarının sonucunda belirlenen GABA reseptörü 6X3Z kodlu üç boyutlu protein yapısına Protein Data Bank (pdb) (https://www.rcsb.org/)“.pdb”veri tabanından ulaşılmıştır. Epilepsi hastalığına etki eden bitkilerin 1800 etken molekülüne Dr. Duke veri tabanı üzerinden erişim sağlanmıştır. Lipinski kurallarına uyum gösteren ve kan beyin bariyerini (BBB) geçen moleküller seçilerek çalışmaya 895 molekül ile devam edilmiştir. İncelenen 895 molekül için ilk basamak olarak Spartan yazılımı kullanılarak Moleküler Mekanik/MMFF yöntemi ile konformer taramalar yapılarak aynı program üzerinden Yarı Deneysel/PM6 yöntemi ile geometri optimizasyonları gerçekleştirilmiş ve QSAR parametre değerleri hesaplanmıştır. Optimizasyonları tamamlanan moleküllerin AutodockVina yazılımı aracılığıyla kenetlenme çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Hesaplanan QSAR parametreleri ile kenetlenme skorları aracılığıyla yapılan lineer regresyon analizleri sonrasında çalışmaya 210 efektör molekül sonraki çalışmalar için seçilmiş ve 8 adet referans molekül dahil edilmiştir. BIOVIA Discovery Studio yazılımı ile elde edilen etkileşim haritaları ile kritik aktif bölge amino asitleri belirlenmiştir. Yapılan tüm analizler sonucunda fizikokimyasal parametre korelasyonlarını sağlayan ve kimyasallara alternatif olabilecek 12 tane bitki molekülü [(-)-Asarinin, (-) – Alpha-hydrastine, 1-(7-Hidroksi-5-metoksi-2,2-dimetilkromen-8-il)-3-(4-hidroksifenil) prop-2-en-1-on, Cubebin, Hippeastrine hydrobromide, Sesamolin, Sesamin, Sesaminol, Sesamolinol, Sitflavanon Rac-Sitagliptinve Phaseolin] belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Epilepsy is a common neurological disorder affecting individuals of all ages, genders and ethnic backgrounds, involving approximately 70 million individuals worldwide. Although the exact origin of epilepsy is not known, there is information that it occurs in conditions such as brain tumours, immune-mediated inflammations, severe brain traumas and genetic predisposition. Anti-epileptic drugs, which are the leading epilepsy treatments, are widely used. However, the severe side effects of the drugs reduce the social and physical quality of life of individuals and bring with them various side effects such as depression, sleep and eating disorders. In this thesis, the effect of plant active molecules that have the potential to be used as herbal source-supported drugs in epilepsy disease was investigated and an in silico study on this subject was carried out. The GABA receptor 6X3Z coded three-dimensional protein structure determined as a result of the literature studies was accessed from the Protein Data Bank (pdb) (https://www.rcsb.org/) '.pdb' database. Access to 1800 active molecules of plants affecting epilepsy was provided through the Dr Duke database. Molecules that comply with Lipinski rules and cross the blood brain barrier (BBB) were selected and the study was continued with 895 molecules. As a first step for 895 molecules, conformer scans were performed with the Molecular Mechanics/MMFF method using Spartan software, geometry optimisations were performed with the Quasi-Experimental/PM6 method through the same program and QSAR parameter values were calculated. Docking studies of the optimised molecules were carried out by means of AutodockVina software. After linear regression analyses using the calculated QSAR parameters and docking scores, 210 effector molecules were selected for further studies and 8 reference molecules were included. Critical active site amino acids were determined with the interaction maps obtained with BIOVIA Discovery Studio software. As a result of all the analyses, 12 plant molecules [(-)-Asarinin, (-) – Alpha-hydrastine, 1-(7-Hydroxy-5-methoxy-2,2-dimethylchromen-8-yl)-3-(4-hydroxyphenyl) prop-2-en-1-one, Cubebin, Hippeastrin hydrobromide, Sesamolin, Sesamin, Sesaminol, Sesamolinol, Sitflavanon Rac-Sitagliptin and Phaseolin] were determined, which provide physicochemical parameter correlations and can be alternatives to chemicals.
Benzer Tezler
- Ankara ilindeki üç ilköğretim okulu öğrencilerinin epilepsiye yaklaşımı ve hastalık hakkındaki bilgi düzeyleri
Knowledge of epilepsy and attitudes towards the condition among three elementary schools students in Ankara
İKBAL OK BOZKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE SERDAROĞLU
- Dirençli epilepsi ile izlenen çocuklarda nütrisyon profili
Nutrition profile in children with drug-resistant epilepsy
AYŞE AKÇAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUĞBA HIRFANOĞLU
- Erzurum il merkezinde epilepsi prevalansının araştırılması
In the center of the city of Erzurum determine the prevalence of epilepsy disease
İDRİS KOCATÜRK
- Ankara Üniversitesi Tıp fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Hastanesi'nde status epileptikus tanısı ile takip edilen hastaların takip sonuçlarının geriye dönük değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
ASLI SAMSA ÖDEMİŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
NörolojiAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖMER BEKTAŞ
- Fokal epilepsilerde etiyoloji ve antinöbet ilaçlara yanıtın değerlendirilmesi
Evaluation of etiology and response to antiepileptic drugs in focal epilepsies
UTKUCAN KABAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDİBE PEMPEGÜL YILDIZ