Geri Dön

Phylogeographic resolution of botrylloides affinis leachii (savigny, 1816) from the North-Eastern Mediterranean Sea

Kuzey-Doğu Akdeniz'den botrylloides affinis leachii'nin filocoğrafik çözümlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 1004244
  2. Yazar: BERİVAN TEMİZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ARZU KARAHAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Deniz Bilimleri, Genetik, Biology, Marine Science, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Deniz Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Deniz Biyolojisi ve Balıkçılık Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Deniz tulumluları (Tunicata) omurgalıların en yakın omurgasız akrabasıdır. Botryllus ve Botrylloides, tüm vücut onarımı yapabilen tek omurgalı grubu olan iki botrillid cinsidir. Bu çalışmada, mitokondriyal ve nükleer DNA belirteçleri (Cytochrome oxidase I (COI), Histon-3 (H3), Adenine Nucleotide Transporter/ADP-ATP Translocase (ANT), 18S rRNA and 28S rRNA) kullanılarak Botrylloides affinis leachii'nin Kuzey-doğu Akdeniz'deki filocoğrafik çözünürlüğünün belirlenmesi hedeflenmiştir. Popülasyon dinamiklerini net bir şekilde açığa çıkarmak için, moleküler analizlerle ölçeklendirmek üzere ayrı ayrı bölgesel ve zamansal analizler gerçekleştirilmiştir. Batıdan doğuya 8 mekânsal istasyondan: 1) Kemer (Antalya) 2) Side (Antalya) 3) Alanya (Antalya) 4) Tersane (Antalya) 5) Tisan (Mersin) 6) Kızkalesi (Mersin) 7) Mezitli (Mersin) ve 8) Konacık (İskenderun) olmak üzere, toplamda 214 örnek toplanmıştır. Mevsimsel analizler için, Kızkalesi zaman serisi istasyonu bir sene boyunca takip edilmiştir (Kasım 2017- Ekim 2018). Mevcut çalışma dizileri, veri tabanlarından çekilen moleküler dizilerle karşılaştırılarak, filocoğrafik analizler tamamlanmıştır. Ayrıca, canlı B. aff. leachii bireylerinin yaşam döngüleri ışık ve stereo mikroskobu altında incelenmiştir. Moleküler analizler sonucunda COI, H3 ve 28S genlerinin Kuzey-doğu Akdeniz B. aff. leachii popülasyonlarının tür tayini için iyi çözünürlük sağladığı görülmüştür. COI ve H3 genleri için toplamda sırasıyla 4 ve 14 haplotip kaydedilmiştir. H3 genindeki tür içi çözünürlük COI genine göre daha yüksek bulunmuştur. Diğer yandan, çalışmadaki örnekler ve İsrail'in B. leachii örneklerinin COI genleri arasında 60 mutasyon farkı bulunurken, H3 nükleer genleri arasında 5 mutasyon fark bulunmuştur. Türkiye'nin Doğu Akdeniz kıyılarında yaşayan B. aff. leachii popülasyonlarının COI ve H3 genlerindeki negatif Tajiima D değerleri baz alındığında, bu genlerin negatif seleksiyon altında oldukları bulunmuştur. Bunun aksine, 18S rRNA belirtecinin BLAST analizlerinde karışıklık yaratabileceği görülürken, en yüksek sekans çeşitliliğine ANT geninde rastlanmıştır. Organizmalarda kaydedilen fenotipik varyasyon, kullanılan moleküler belirteçlerin hiçbiriyle çözülememiştir.

Özet (Çeviri)

Sea squirts (Tunicates) are the closest invertebrate relatives of the chordates. Botryllus and Botrylloides are the two genera of botryllid ascidians (Family Styelidae; sub family Botryllinae) which is the only chordate group having the ability of whole-body regeneration. In this study, we targeted to do phylogeographic analysis of Botrylloides affinis leachii from the North-eastern Mediterranean Sea using mitochondrial and nuclear DNA markers (Cytochrome oxidase I (COI), Histon-3 (H3), Adenine Nucleotide Transporter/ADP-ATP Translocase (ANT), 18S rRNA and 28S rRNA). To elucidate population dynamics, spatial and temporal analyses were conducted separately by scaling with the molecular analyses. From west to the east in total 214 samples were collected from 8 spatial stations: 1) Kemer (Antalya) 2) Side (Antalya) 3) Alanya (Antalya) 4) Tersane (Antalya) 5) Tisan (Mersin) 6) Kızkalesi (Mersin) 7) Mezitli (Mersin) and 8) Konacık (Iskenderun). For the temporal analyses, Kızkalesi time series station was monitored for a year (between the November 2017 and October 2018). In order to increase resolution of the network analysis and phylogeographic trees, present study sequences were compared with the sequences that mined from the GenBank. Furthermore, living individuals were investigated under the light and stereo microscopes to monitor their life cycles. High taxonomic assignment was recorded for the North-Eastern Mediterranean botryllid samples via COI, H3 and 28S markers. In total 4 and 14 haplotypes were observed for the COI and H3 genes respectively. Intraspecific distance of H3 gene was recorded higher than the COI gene. On the other hand, whereas 60 mutation step differences were recorded the between present the study and Israel B. leachii samples for COI gene, it was 5 for the nuclear DNA marker (H3). Based on the negative Tajima's D values on both COI and H3 gene regions it can be said that the North-eastern Mediterranean populations of Turkey are under the negative selection. However, 18S rRNA marker created confusion during the BLAST analyses and ANT was found to have greater sequential diversification compared to other markers. Phenotypic variation was not differentiated with the current study's molecular markers.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    376016

    Molecular variation, phylogeography and phylogenetic analysis of trigonaspis synaspis (Hymenoptera: Cynipidae) from Anatolia

    Trıgonaspıs synaspıs (Hymenoptera: Cynıpıdae) 'in Anadolu populasyonlarının moleküler varyasyonu,filocoğrafik ve filogenetik analizleri

    GAMZE ATAY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    ZoolojiAbant İzzet Baysal Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SERAP MUTUN

  2. Tez No

    737562

    Assessing the potential of Anatolia as a climate refugium

    Anadolu'nun bir iklim sığınağı olma potansiyelinindeğerlendirilmesi

    SONGÜL SÖNMEZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İklim ve Deniz Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRAH ÇORAMAN

  3. Tez No

    970803

    Türkiye'deki anatololacerta anatolica (werner, 1900) türünün genom-çaplı belirteçlere dayalı filocoğrafyası

    Phylogeography of anatololacerta anatolica (werner, 1900) in türki̇ye based on genome-wide markers

    AHMET GÖKAY KORKMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÇETİN ILGAZ

  4. Tez No

    386405

    Ege denizi'ndeki caulerpa racemosa (Forsskål) j. Agardh populasyonlarının filogenetik ilişkilerinin DNA barkodlama ile belirlenmesi

    Determination of phylogenetic relationship among caulerpa racemosa (Forsskål) j. Agardh populations in aegean sea using DNA barcoding

    ESRA MİNE ÜNAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    GenetikAnkara Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN HÜSEYİN ATAR

  5. Tez No

    999688

    ddRAD tekniğini kullanarak Türkiye'nin doğu akdeniz (Adana, Osmaniye, kahramanmaraş ve hatay) ve güneydoğusunda (Kilis, Gaziantep, şanlıurfa, diyarbakır, Mardin, Adıyaman, Batman, Siirt, Şırnak ve hakkâri) yayılış gösteren microtus Türlerinin (mammalia: rodentia) moleküler sistematiği ve yayılışı

    Molecular systematics and distribution of microtus species (mammalia: rodentia) distributed in the eastern mediterranean (Adana, Osmaniye, Kahramanmaraş and Hatay) and southeast (kilis, Gnaziantep, Şanliurfa, diyarbakir, Mardin, Adiyaman, Batman, Siirt, Şirnak and Hakkâri) of Türkiye using the ddrad technique

    KÜRŞAT KENAN KALKAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    GenetikZonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA SÖZEN

Geri Dön