Kangal akkaraman koyunlarındaki SNTA1 ve HMGA2 gen varyantlarının büyüme özelliklerine etkileri
Effects of SNTA1 and HMGA2 gene variants on growth characteristics in kangal akkaraman sheep
- Tez No: 994617
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ FERİT CAN YAZDIÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: DNA, PCR, DNA
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Munzur Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Türkiye'de yetiştirilen yerli koyun ırkları vazgeçilmez gen kaynaklarımızdır. Bu açıdan Kangal Akkaraman koyunu gibi yerli ırklar, et kalitesi, canlı ağırlık ve yüksek adaptasyon yeteneğiyle Türkiye'nin yerli genetik mirası için stratejik bir öneme sahiptirler. Bu çalışmada, Türkiye'de yetiştirilen yerli koyun ırklarından Kangal Akkaraman'da büyüme verimi ile ilişkili genetik mekanizmaların aydınlatılması amacıyla, SNTA1 ve HMGA2 genlerindeki varyasyonların belirlenmesi ve etkileri araştırılmıştır. Bu iki genin büyüme, kas gelişimi ve hücresel farklılaşma süreçleri üzerindeki bilinen rollerine rağmen, Kangal Akkaraman koyunlarında bu genlere ilişkin polimorfizmler daha önce rapor edilmemiştir. Elazığ yöresindeki çiftliklerden seçilen Kangal Akkaraman kuzusundan elde edilen DNA örnekleri kullanılarak PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) işlemi gerçekleştirilmiştir. SNTA1 ve HMGA2 gen bölgelerine özgün primerler kullanılarak elde edilen PCR ürünleri DNA dizileme aracı kullanılarak, çift yönlü Sanger dizileme ile genotiplendirilmiştir. Allel/genotip frekansları, PIC değerleri, Hardy-Weinberg dengesi ve etkili allel sayıları hesaplanmıştır. Fenotipik olarak doğum ve vücut ağırlıkları SPSS 24.0 kullanılarak doğrusal model ile değerlendirilmiştir. Çalışmada HMGA2 promotorunda üç, SNTA1 Ekzon 1 bölgesinde üç olmak üzere toplam altı yeni SNP tespit edilmiştir. HMGA2'de saptanan varyantlarda baskın allelin G olduğu; SNTA1'de ise iki lokusta baskın allelin T, bir lokusta G olduğu belirlenmiştir. SNP (Tek Nükleotit Polimorfizmi)'lerin yalnızca biri Hardy-Weinberg dengesi ile uyumlu bulunmuştur. SNTA1 ekzonik SNP'lerinden ikisinin amino asit değişikliğine neden olduğu ve potansiyel fonksiyonel etkiye sahip olabileceği gösterilmiştir. Popülasyonda düşük–orta düzeyde polimorfizm (PIC=0.08–0.33) gözlenmiştir. Özellikle, HMGA2 g.154134181 G→A SNP'i ile doğum ağırlığı ve SNTA1 g.62927044 A→G SNP'i ile vücut ağırlığı arasında anlamlı ilişkiler tespit edilmiştir (P < 0.05). Ayrıca, SNTA1 genindeki iki SNP'nin (g.62927183 C→A-T ve g.62927044 A→G) amino asit değişikliğine neden olabileceği belirlenmiştir. Kangal Akkaraman ırkındaki SNTA1 ve HMGA2 genlerinde belirlenen yeni SNP'ler, bu genlerin büyüme performansına ilişkin moleküler ıslah programlarında kullanılabilir olduklarını göstermektedir. Özellikle SNTA1'de amino asit değişikliğine yol açan polimorfizmlerin belirlenmiş olması, bu tip genlerdeki SNP'leri, büyüme verimi açısından potansiyel genetik belirteçler olarak değerlendirilebilir olacaklarının en büyük kanıtıdır.
Özet (Çeviri)
Domestic sheep breeds raised in Türkiye are indispensable genetic resources. In this regard, domestic breeds such as the Kangal Akkaraman sheep are of strategic importance for Türkiye's domestic genetic heritage due to their meat quality, live weight, and high adaptability. In this study, variations in the SNTA1 and HMGA2 genes were identified and their effects were investigated in order to elucidate the genetic mechanisms related to growth performance in Kangal Akkaraman sheep, one of the native sheep breeds raised in Türkiye. Despite the known roles of these two genes in growth, muscle development, and cellular differentiation processes, polymorphisms related to these genes have not been previously reported in Kangal Akkaraman sheep. PCR (Polymerase Chain Reaction) was performed using DNA samples obtained from Kangal Akkaraman lambs selected from farms in the Elazığ region. PCR products obtained using primers specific to the SNTA1 and HMGA2 gene regions were genotyped using a DNA sequencing tool and bidirectional Sanger sequencing. Allele/genotype frequencies, PIC values, Hardy-Weinberg equilibrium, and effective allele numbers were calculated. Phenotypically, birth and body weights were evaluated using a linear model with SPSS 24.0. The study identified a total of six new SNPs: three in the HMGA2 promoter and three in the SNTA1 Exon 1 region. The dominant allele in the variants identified in HMGA2 was G; in SNTA1, the dominant allele was T at two loci and G at one locus. Only one of the SNP (Single nucleotide polimorphism)s was found to be in Hardy-Weinberg equilibrium. Two of the SNTA1 exonic SNPs were shown to cause amino acid changes and potentially have a functional effect. Low to moderate levels of polymorphism (PIC=0.08–0.33) were observed in the population. In particular, significant associations were found between birth weight and the HMGA2 g.154134181 G→A SNP and between body weight and the SNTA1 g.62927044 A→G SNP (P < 0.05). Furthermore, it was determined that two SNPs in the SNTA1 gene (g.62927183 C→A-T and g.62927044 A→G) could cause amino acid changes. The newly identified SNPs in the SNTA1 and HMGA2 genes in the Kangal Akkaraman breed indicate that these genes can be used in molecular breeding programs related to growth performance. In particular, the identification of polymorphisms causing amino acid changes in SNTA1 is the strongest evidence that SNPs in these types of genes can be evaluated as potential genetic markers for growth performance.
Benzer Tezler
- Kangal Akkaraman koyunlarında mitokondriyal dna COX1 gen polimorfizmlerinin belirlenmesi
Determination of mitochondrial dna COX1 gene polymorphysm in Kangal Akkaraman sheep
TURAN KÜRŞAD BÜYÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEVGİ DURNA DAŞTAN
- Sivas yöresinde yetiştirilen Kangal Akkaraman koyunlarında Maedi-Visna Virus enfeksiyonunun epidemiyolojisi
Epidemiology of Maedi-Visna Virus infection in Kangal Akkaraman sheep raised in Si̇vas region
UĞUR FURKAN YURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Veteriner HekimliğiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiVeterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TURHAN TURAN
- Kangal akkaraman kuzularında büyümeye bağlı mikroRNA'ların tanımlanması
Identification of growth related microRNAs in kangal akkaraman lambs
GONCA SÖNMEZ
- Akkaraman-Kangal koyunlarında erken anöstrüs döneminde resenkronizasyon uygulaması ile östrüs ve ovulasyonun uyarılması
Induction of the oestrus and ovulation out of season by means of resynchronisation i̇n Akkaraman-Kangal ewes
ABDURRAHMAN TAKCI
Doktora
Türkçe
2019
Veteriner HekimliğiSelçuk ÜniversitesiVeterinerlik Doğum ve Jinekolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DURSUN ALİ DİNÇ
- Kangal akkaraman koçlarında bazı androlojik özelliklerin belirlenmesi
Determination of some andrological characteristics in kangal akkaraman rams
OĞUZ BURAK YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Veteriner HekimliğiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiDölerme ve Suni Tohumlama Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPER KOÇYİĞİT