Hepatit delta virus RNA'sının PCR ile belirlenmesi ve kronik delta hepatitli Türk hastalarda HDV RNA genotiplendirilmesi
Detection of HDV RNA by in-house PCR method in patients with chronic hepatitis delta virus and genotyping of HDV in Turkish patients
- Tez No: 99399
- Danışmanlar: DOÇ.DR. A. MİTHAT BOZDAYI, PROF.DR. ÖZDEN UZUNALİMOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Gastroenteroloji, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Gastroenterology
- Anahtar Kelimeler: Genotip, HDV, Hepatit, PCR, RFLP 41, Genotype, HDV, Hepatitis, PCR, RFLP. 42
- Yıl: 2000
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Hepatoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET Kronik Hepatit Delta Viruslü Hastalarda Hepatit Delta Virus RNA'sının (HDV RNA) ln-house PCR (Polimeraz zincir reaksiyonu) ile Belirlenmesi ve Türk Hastalarda HDV RNA genotiplendirilmesi Hepatit Delta Virüsü (HDV) enfeksiyonu tanısında kullanılan serolojik testlerden Anti-HDV'nin, yeni ve geçirilmiş enfeksiyonu ayırmada yetersiz, HDAg'nın ise kısa süreli ve düşük titrede görülmesi, tanı ve tedaviye yanıtı izlemede HDV-RNA'nın moleküler yöntemlerle gösterilmesini önemli kılmaktadır. HDV'nin Genotip 1,11 ve III olarak tanımlanan 3 genotipi vardır. Çalışmanın amacı Hepatit Delta Virus RNA'sının RT-PCR ile belirlenmesi ve kronik delta hepatitli Türk hastalarda HDV genotipinin saptanmasıdır. Çalışmaya Anti-Delta'sı pozitif 67 hasta alındı (12K/55E). HDV-RNA, serum örneklerinden acid-guanidinium-phenol-chloroform yöntemi ile ekstrakte edildi. Hekzanükleotid ve AMV ters transkriptaz enzimi kullanılarak komplementer DNA sentezlendi. Türkiye'deki hastalarda HDV-RNA genotipi ve dizi özellikleri bilinmediğinden daha önce yayınlanmış 2'si iki turlu ve biri tek turlu olmak üzere 3 primer seti ile PCR yapıldı. Genotiplendirme, RFLP yöntemiyle, PRC ürünlerinin Smal enzimi (5"CCC/GGG 3') kullanılarak kesimi sonucu gerçekleştirildi. Viral genomun delta antijenini kodlayan bölgesine özgü, 5413-8276 ve 5414-5415 primerlerinden oluşan ve 405 bp büyüklüğünde PCR ürünü veren 3. Setin amplifikasyon etkinliği en yüksek bulundu. Bu setle çalışan 67 hastanın 59'unda HDV-RNA PCR pozitif bulundu (%88). HDV-RNA pozitif hastalara ait PCR ürünlerinin Smal enzimi ile kesimi sonucunda, hastaların tümünde 227+178 bp uzunluğunda iki banttan oluşan ve Genotip l'e karşılık gelen patern saptandı (%100). Ayrıca 22 hastada Smal enzim kesim noktalarını içine alan bölgenin DNA dizi analizi yapılarak Genotip I olduğu doğrulandı. 40PCR,HDV-RNA gösterilmesinde özgül ve duyarlı bir moleküller tanı yöntemidir. Ülkemizdeki HDV enfeksiyonlarının PCR ile tanısında 5413-8276 ve 5414-5415 primerleri viral genoma özgül gözükmektedir. Çalışmanın sonucu, Türkiye'de hakim olan HDV genotipinin Genotip I olduğunu ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
SUMMARY Detection of HDV RNA by in-house PCR method in patients with chronic Hepatitis Delta Virus and Genotyping of HDV in Turkish patients Determination of HDV RNA by molecular technics is important. Because the other serological tests like anti HDV and HD aantigen, used for diagnosis of HDV infecrion, are insufficient to precise infection decision. Anti hDV is unsufficient to compare if the infection has a story of former HDV infection or ongoing HDV infection and HDV antigen can detectable only for a short time with a low titer level in HDV infection. HDV has three major genotype; I, II, III. The aim of the study is determination of HDV RNA RT-PCR and the determination of HDV genotype in Turkish patient with chronic Delta virus infection. Sample from 67 patients with chronic HDV infection were investigated (12 F, 55 M). HDV RNA was extracted from serum by acid-guanidium-phenol- chloroform method. By using hexanucleotide and AMV reverse transcriptase enzyme cDNA synthesis is done. Because there were no any information about HDV RNA genotypes and sequences in Turkey, we used previous reported 4 primer sets for HDV RNA PCR. Genotyping is done with RFLP method by using Sma I enzyme (5'CCC / GGG 3'). After using primers 5413-8276 and 5414-5415, which are spesific for delta antigen coding region, 405 bp PCR product are obtained. The 3rd set primer's effectiviness was the high than the other primer sets in PCR. By using 3rd primer we could get HDV RNA PCR positive results in 59 patients (88 %). In genotype I pattern, two band, 227 and 178 bp formation is observed. In all HDV PCR positive patients (100 %). In 22 patients with genotype I infection is comformed with DNA sequence analysis. Sma I enzyme digestion fragment was present in this sequencing reagent also.. In Turkey, the primers 5413-8276 and 5414-5415 are viral genom specific for PCR in patients with HDV infection. The result of the study showed that the predominat genotype in Turkey is genotype I.
Benzer Tezler
- Hepatit B virus taşıyıcısı hemodiyaliz hastalarında hepatit D infeksiyonu araştırılması
Investigation of hepatitis D infection in hepatitis B virus carrier hemodialysis patients
AYTÜL ERDUR
- HBs Ag pozitif çeşitli gruplarda hepatit delta virus infeksiyonunun prevalansı ve klinik özellikleri
Başlık çevirisi yok
İSMAİL BALIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1989
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiKlinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MELAHAT ONUL
- Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti'nde hepatit B Virus pozitifliği ve HBV (+) olgularda delta virus sıklığı
Positive hepatitis B incidence and delta virus incidence in HBV positive cases in the population of the Turkish Repuclic of North Cyprus
SELÇUK AHMET ÇAĞSIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1998
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CİHAN YURTAYDIN
- Kanser hastalarında hepatit A, B, C ve Delta seroprevalansı
The Seroprevalance of hepatitis A, B, C and Delta virus in cancer patients
ABDULLAH BÜYÜKÇELİK
- HBsAg(+) kronik karaciğer hastalarında delta (HDV) infeksiyonu sıklığı ve klinik önemi
Başlık çevirisi yok
SEBATİ ÖZDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1990
Gastroenterolojiİstanbul Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MUZAFFER GÜRAKAR