Çocuklarda idrar yolu enfeksiyonu ile serum interlökin düzeyleri ve antibiyotik direnci
Serum interleukin levels and antibiotic resistance in children with urinary tract infection
- Tez No: 992005
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGÜR KUZUKIRAN, DOÇ. DR. HAMZAH ABDULRAHMAN SALMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İdrar yolu enfeksiyonları (İYE) her yıl çok sayıda birey üzerinde önemli bir etkiye sahip olmakta ve ciddi sağlık komplikasyonlarına yol açabilmektedir. Semptomatik İYE'ler her yıl yedi milyon hastanın ayakta tedavi için tıbbi yardım almasına ve bir milyon hastanın da acil servise başvurmasına neden olmaktadır. 2019 yılında dünya genelinde tahmini 404,61 milyon vaka ve 236.790 ölüm rapor edilmiştir. Imam Kadumia Medical City'ye (IKMC) başvuran hastalardan yaklaşık 1380 idrar örneği ve 100 serum örneği toplanmıştır. İdrar örnekleri VITEK-2 teknolojisi kullanılarak analiz edilmiştir. İlaca aşırı dirençli (XDR) bir suş, genom çalışması için tüm genom dizilemesine (WGS) tabi tutulmuştur. Aynı zamanda, pozitif idrar kültürü ile belgelenen yeni tanı konmuş, tedavi edilmemiş idrar yolu enfeksiyonu olan çocuklarda serum IL-6 ve IL-8 ölçülmüştür. IL-6 ve IL-8, enzime bağlı immünosorbent test (ELISA) tekniği ile belirlenmiştir. İdrar yolu enfeksiyonu olan hastalarda kontrol grubuna kıyasla serum IL-6 ve IL-8 seviyelerinde anlamlı artış gözlenmiştir. Bu seviyeler enfeksiyonun akut fazında çok önemlidir ve bu sitokinlerin İYE'lerin gelişmesi ve ortaya çıkması için gerekli olduğunu ortaya koymaktadır; bu durum enfeksiyonun akut fazı sırasında bu seviyelerin izlenmesinin önemini vurgulamaktadır. 2022 yılında İKMC'ye başvuran hastaların %62,17'sinde idrar yolu enfeksiyonu tespit edilmiş olup, bu oran enfeksiyonun yaygınlığı açısından dikkate değer bir duruma işaret etmektedir. Enterik bakteri izolatları arasında E. coli %21,045 ile en yüksek prevalansa sahipken, Morganella ve Salmonella %0,07 ile en düşük insidansa sahip olmuştur. İYE'ler en çok bir yaşın altındaki bebeklerde görülmüştür. İzole edilen organizmalar antibiyotiklere verdikleri yanıt açısından önemli bir heterojenlik sergilemiştir. İmipenem (%71,91) ve nitroksolin (%79,95) çoğu bakteriye karşı en etkili antibiyotikler olmuştur. Bununla birlikte, rifampisin, seftriakson, norfloksasin ve doksisiklin sırasıyla %76,57, %72,49, %71,33 ve %70,16 gibi önemli direnç oranları göstermiştir. Yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisini kullanarak genetik çeşitliliği keşfetmek ve klinik olarak önemli bir patojenin derinlemesine genomik analizini kolaylaştırmak için tek bir XDR bakterisi tüm genom dizilemesi (WGS) için gönderilmiştir. Tek bir izolata odaklanmak, XDR fenotiplerinin moleküler temelini anlamak için gerekli olan spesifik direnç genlerinin ve plazmid profillerinin tanımlanması da dahil olmak üzere direnç mekanizmalarının kapsamlı bir şekilde karakterize edilmesine olanak sağlamıştır. Bakteri, ST437 sekanslama tipi ve K36:O2 serotipi ile Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) olarak tanımlanmıştır. K. pneumoniae bakterileri, makrolidler, aminoglikozidler, fosfomisin, glikopeptidler, dezenfekte edici ajanlar, fenikoller, sülfonamidler, trimetoprim, kinolonlar, tetrasiklin, vankomisin ve β-laktamlar dahil olmak üzere her türlü antibiyotiğe dirençli olmalarını sağlayan 56 direnç geninin varlığı nedeniyle XDR olarak tanımlanmıştır. Ayrıca, bağışıklıktan kaçınma, yapışma, demir emilimi, antifagositoz, düzenleme, efluks pompası, beslenme faktörü, toksin, safra direnci, manganez alımı ve yüzey proteini tutturma gibi çeşitli virülans kategorilerine ait 100'den fazla virülans geni tanımlanmıştır. Plasmidfinder yazılımı kullanılarak yapılan genom analizinde ColKP3, ColpVC, IncFIB(K), IncFIB(pQil), IncFII, IncFII(K), IncX3, rep14a, rep17, rep18a, rep18b, rep2, repUS15, repUS43 ve repUS7 olmak üzere 15 plazmid bulunmuştur. Bu plazmidler referans erişim numarası ile %81 örtüşme göstermiştir. İzolatımızda toplam 10.293 tek nükleotid polimorfizmi (SNP) tanımlanmıştır. Bunların 6.936'sı geçiş mutasyonu, 3.357'si ise transversiyon mutasyonudur. Ek olarak, 61 insersiyon ve 71 delesyon tespit edilmiştir. Bu mutasyonlar 3.707 protein çerçeve kayması ve 909 sessiz mutasyonla sonuçlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Urinary tract infections (UTIs) have a significant impact on a large number of individuals each year and can result in severe health complications. Annually, symptomatic UTIs lead to seven million patients seeking medical care in the outpatient department and one million visiting the emergency department. in 2019, there were an estimated 404.61 million cases and 236,790 deaths reported worldwide. About 1380 urine samples and 100 serum samples were collected from patients attending Imam Kadumia Medical City (IKMC). The urine samples were analyzed using the VITEK-2 technology. One extensively drug-resistant (XDR) strain was subjected to whole-genome sequencing (WGS) for genome study. At the same time, serum IL-6 and IL-8 were measured in children with newly diagnosed, untreated urinary tract infections documented by a positive urine culture. IL-6 and IL-8 were determined by the enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) technique. Significant elevation in serum IL-6 and IL-8 levels was observed in patients with a urinary tract infection compared to the control group. These levels are crucial in the acute phase of infection, suggesting that these cytokines are essential for developing and manifesting UTIs; this highlights the importance of monitoring these levels during the infection's acute phase. The incidence of urinary tract infections among patients who visited IKMC in 2022 was 62.17%, indicating a significant occurrence. E. coli had the highest prevalence of enteric bacterial isolates, accounting for 21.045%, whereas Morganella and Salmonella had the lowest incidence at 0.07%. UTIs were most prevalent in infants under the age of one. The isolated organisms exhibited significant heterogeneity in their response to antibiotics. Imipenem (71.91%) and nitroxoline (79.95%) were the most efficient antibiotics against most bacteria. However, rifampicin, ceftriaxone, norfloxacin, and doxycycline showed significant resistance rates of 76.57%, 72.49%, 71.33%, and 70.16%, respectively. A single XDR bacterium was sent for whole genome sequencing (WGS) to discover the genetic diversity using next-generation sequencing (NGS) technology and facilitate an in-depth genomic analysis of a clinically significant pathogen. Focusing on a single isolate allowed for comprehensive characterization of resistance mechanisms, including the identification of specific resistance genes and plasmid profiles, which is essential for understanding the molecular basis of XDR phenotypes. The bacteria were identified as K. pneumoniae, with a sequencing type of ST437 and a serotype of K36:O2. The K. pneumoniae bacteria were identified as XDR due to the presence of 56 resistance genes that make them resistant to all types of antibiotics, including macrolides, aminoglycosides, fosfomycin, glycopeptides, disinfecting agents, phenicols, sulfonamides, trimethoprim, quinolones, tetracycline, vancomycin, and β-lactams. Furthermore, over 100 virulence genes belonging to several virulence categories, such as immune evasion, adherence, iron absorption, antiphagocytosis, regulation, efflux pump, nutritional factor, toxin, bile resistance, manganese uptake, and surface protein anchoring, were identified. The genome analysis using plasmidfinder software found 15 plasmids, namely ColKP3, ColpVC, IncFIB(K), IncFIB(pQil), IncFII, IncFII(K), IncX3, rep14a, rep17, rep18a, rep18b, rep2, repUS15, repUS43, and repUS7. These plasmids exhibited an 81% overlap with the reference accession number. A total of 10,293 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified in our isolate. Among these, 6,936 were transition mutations, and 3,357 were transversion mutations. Additionally, there were 61 insertions and 71 deletions. These mutations resulted in 3,707 protein frameshifts and 909 silent mutations
Benzer Tezler
- Çocuklardaki idrar yolu enfeksiyonlarında serum ve idrar interlökin-6, interlökin-8 ile tümör nekrozis faktör-alfa düzeyleri
Başlık çevirisi yok
RIFAT GÜLER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2001
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıFırat ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. MEHMET TURGUT
- İdrar yolu enfeksiyonu ve vezikoüreteral reflü olan çocuklarda hs-CRP, serum, idrar fibronektin ve idrar Beta-2 mikroglobulin düzeyleri
The levels of high sensitive CRP, serum, urine fibronectin and urine Beta-2 microglobulin in children with urinary tract infection and vesicoureteral reflux
HÜLYA POYRAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEskişehir Osmangazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURDAN KURAL
- 3-24 ay arası, en az 3 aylık rutin D vitamini kullanmış olan çocuklarda idrar yolu enfeksiyonu ile D vitamini düzeyi arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of the relationship between urinary tract infection and vitamin D levels in children 3-24 months who have used vitamin D routinely for at least 3 months
ONUR İNTİZAMOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAydın Adnan Menderes ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK YILMAZ
- Renal skar gelişen tekrarlayan idrar yolu enfeksiyonlu çocuklarda serum renalaz düzeyinin incelenmesi
Evaluation of serum renalase level in children with renal scar due to recurrent urinary tract infections
MELİKE ARSLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UMUT SELDA BAYRAKCİ
- İdrar yolu enfeksiyonu olan çocuklarda presepsin ve nötrofil jelatinaz ilişkili lipokalin (NGAL) düzeylerinin tanıda ve takipteki yeri
The role of precepsin and neutrophil gelatinas-related lipocalin (NGAL) levels in diagnosis and follow-up in children with urinary trut infection
CANSU SERT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAZAN DALGIÇ
DOÇ. DR. AYŞE ŞAHİN