Identification of Glycosylation Signatures in Synovial Fibroblasts Culture Systems
Sinoviyal Fibroblast Kültür Sistemlerinde Glikozilasyon İmzalarının Tanımlanması
- Tez No: 986838
- Danışmanlar: DR. MIGUEL PINEDA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Romatoloji, Genetics, Rheumatology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: The Unıversıty Of Glasgow
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: İmmünoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: İmmünoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sağlıklı bir eklem mikroçevresi, çözünebilir mediyatörlerin salınımı yoluyla homeostazı işbirliği içinde düzenleyen bağışıklık hücrelerini ve bağışıklık dışı stromal sinoviyal fibroblastları (SF'ler) içerir. Romatoid artritte (RA), homeostazdaki bozulma, SF'ler ve bağışıklık hücreleri arasında, enflamasyonun ve kemik yıkımının sürekliliğine yol açan bir otoimmün döngü oluşturur. Hücre yüzeylerine bağlı glikanlar eklem mikroçevresindeki hücresel etkileşimleri düzenler, ancak RA'da SF glikomunun rolü tam olarak anlaşılmamıştır. Öte yandan, hücre glikozilasyonu, hücre dışı matris proteinleri tarafından oluşturulan lokal 3D ortamlara bağlıdır. Yine de, geleneksel 2D kültürler fizyolojik hücre-matris etkileşimlerini göz ardı edebilir ve yapay sonuçlar üretebilir. Burada, sağlıklı, artritik ve IL-1 ile uyarılmış SF'lerdeki gen ekspresyonunu, yolak aktivasyonunu, glikozilasyon imzası değişikliklerini ve glikomu inceleyerek SF aracılı enflamasyon anlayışımızı artırıyoruz. Farklı kültür modellerine ait glikozilasyon imzalarındaki değişimleri ve bunların enflamatuar fonksiyonlarını göstermek için SF'lerde (I) transkriptomik RNA-seq verilerini; ve artritik SF'lerin glikomunda azalmış siyalilasyon seviyelerini göstermek için (II) deneysel kütle spektrometrisi verilerini kullandık. Ayrıca, gen imzalarının çoğunun geri kazanıldığı hücre-hücre ve hücre-matris etkileşimlerine izin verdiği için, 3D rigid scaffoldlar ile, RASF'leri in vitro incelemek adına 2D ve 3D Hidrojel kültür sistemlerinden daha iyi bir model olduğunu gösteriyoruz. Bulgularımız, RA sırasında SF aracılı enflamasyonda hücre glikozilasyonunun önemini vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
A healthy joint microenvironment comprises immune cells and non-immune stromal synovial fibroblasts (SFs), which collaboratively mediate homeostasis through the release of soluble mediators. In rheumatoid arthritis (RA), impairment in the homeostasis create an autoimmune loop between SFs and immune cells that are leading to the perpetuation of inflammation and bone destruction. Glycans attached to cell surfaces regulate cellular interactions in the joint microenvironment, but the role of SFs glycome is not well-understood in RA. On the other hand, cell glycosylation is depended on the local 3D environments created by extracellular matrix proteins. Nevertheless, conventional 2D cultures might neglect physiological cell-matrix interactions and could generate artefactual results. Here, we increase our understanding of SF-mediated inflammation by investigating gene expression, pathway activation, glycosylation signature changes, and glycome in healthy, arthritic, and IL-1 stimulated SFs. We used (I) transcriptomics RNA-seq data in the SFs to show their inflammatory functions and alterations in the glycosylation signatures belonging to different culture models, and (II) experimental mass spectrometry data to show reduced sialylation levels in the glycome of arthritic SFs. We also demonstrate that 3D rigid scaffolds are a better model for studying RASFs in vitro than 2D and 3D Hydrogel culture systems since it allows cell-cell and cell-matrix interactions where most of the gene signatures are regained. Our findings emphasise the importance of cell glycosylation in SF-mediated inflammation during RA.
Benzer Tezler
- Bölgeye özgü glikolizasyon analizlerinde kullanılan çarpışmalı fragmantasyon tekniklerinin glikopeptit tanımlama performanslarının kıyaslanması
Comparison of glycopeptide identification performances of collisional fragmentation techniques used in site specific glycosylation investigation
SEMA BALTACI
- CHO hücrelerinde monoklonal antikor üretimi sırasında XBP-1(s) aşırı ekspresyonunun er stres ve glikozilasyon arasındaki ilişkiye etkisinin tanımlanması
Identification of effect of overexpression XBP-1(s) on relationship between er stress and glycosylation during monoclonal antibody production in CHO cells
PELİN KOLÇAK YAŞLI
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EVREN DORUK ENGİN
- Galaktoziltransferaz-ı etkileşim yüzeyinin yönlendirilmiş mutagenez ve in vivo FRET (förster rezonans enerji transfer) analizi yöntemiyle karakterizasyonu
Identification of galactosyltransferase-i interaction surface by site directed mutagenesis and i̇n vi̇vo FRET (förster resonance energy transfer) analysis
BATUHAN YEŞİLYURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
FizyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖKHAN CESUR
- Identification of surface proteome of B cell lymphoblastic leukemia cell line
B hücreli akut lenfoblastik lösemi hücre hattında yüzey proteomunun belirlenmesi
DUDU BOYVAT
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiAbdullah Gül ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE AYAZ GÜNER
- Prostat kanserine özgül glikoproteinlerin tanımlanması için lektin afinite sorbentlerin hazırlanması
Preparation of lectin affinity sorbents for identification of spesific glycoproteins in prostate cancer
NESLİHAN İDİL