Konjenital ve edinilmiş şaşılık olgularında ekstraokuler kas RNA ekspresyon profilinin karşılaştırılması ve klinik bulgular ile korelasyonu
Comparison of extraocular muscle RNA expression profile in congenital and acquired strabismus cases and determination ofcorrelation with clinical findings
- Tez No: 981256
- Danışmanlar: PROF. DR. HANDE TAYLAN ŞEKEROĞLU
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Eğitim ve Öğretim, Education and Training
- Anahtar Kelimeler: Ekstrasellüler matriks, Görme, Görme testleri, Görsel korteks, Göz, Göz hareketleri, Gözlükler, Extracellular matrix, Vision, Vision tests, Visual cortex, Eye, Eye movements, Eyeglasses
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmanın amacı konjenital ve edinilmiş şaşılık olgularında ekstraoküler kas örneklerinde RNA ekspresyon profilini incelemek, karşılaştırmak ve elde edilen bulguların klinik özellikler ile korelasyonunu araştırmaktır. Çalışmaya Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Göz Hastalıkları Şaşılık Birimi'nde takip edilen ve cerrahi tedavi kararı verilerek ekstraoküler kas rezeksiyon işlemi uygulanan toplam 38 hastanın (14 konjenital, 24 edinsel) kas dokuları bioinformatik analiz olarak incelenmiştir. Hastalar konjenital ve edinsel şaşılık göstermelerine göre 2 ana gruba ayrılmıştır. Alınan kas örneklerinden RNA izolasyonu yapıldıktan sonra Watchmaker RNA Library Prep Kiti (Polaris Depletion) ile kütüphaneler hazırlanmıştır. Dizileme (RNA-Seq), MGI DNBSEQ-T7 platformunda çift yönlü (PE150) olarak gerçekleştirilmiştir. Elde edilen veriler STAR, featureCounts ve DESeq2 gibi biyoinformatik yazılımlar kullanılarak analiz edilmiştir. Transkriptom analizi sonucunda, iki grup karşılaştırıldığında konjenital grupta 726 genin ekspresyonunda istatistiksel olarak anlamlı bir artış (up-regülasyon), edinsel grupta ise 769 genin ekspresyonunda anlamlı bir artış (up-regülasyon) olduğu saptanmıştır (tümü için FDR < 0.05). Konjenital gruptaki artışlarda HOOK2 (x50), CCR3 (x40) ve SUMO2 (x37) genleri öne çıkarken; edinsel gruptaki artışlarda RNU4- 2 (x512) ve MUC16 (x65) genleri dikkat çekmiştir. Fonksiyonel analizde, konjenital grupta 'Kas Kontraksiyonu Yolağı'nın (TNNT1, MYH3), edinsel grupta ise 'IL-10 Sinyal Yolağı'nın (IL10RA) anlamlı düzeyde zenginleştiği görülmüştür (FDR < 0.05). Çalışmanın bulguları, konjenital ve edinilmiş şaşılık tiplerinin gen düzeyinde birbirinden farklı biyolojik süreçlerle ilişkilendirilebildiğini göstermiştir. Konjenital şaşılık olgularında kas yapısı ve kas kontraksiyonu ile ilgili genlerin ekspresyonunda belirgin artış gözlenirken, edinilmiş şaşılıkta ise immün yanıt ve inflamasyon düzenleyici genlerin öne çıktığı saptanmıştır. Bu kapsamda her iki şaşılık tipinin farklı v moleküler özellikler sergilediği ve tedavi yaklaşımlarının klinik olarak gruplara özel olarak planlanmasının gerekebileceği anlaşılmaktadır.
Özet (Çeviri)
The aim of this study is to examine and compare the RNA expression profile in extraocular muscle samples from congenital and acquired strabismus cases, and to investigate the correlation of the obtained findings with clinical features. The muscle tissues of a total of 38 patients (14 congenital, 24 acquired) who were followed in the Hacettepe University Faculty of Medicine, Department of Ophthalmology, Strabismus Unit, and underwent extraocular muscle resection surgery were included in the study for bioinformatic analysis. Patients were divided into 2 main groups based on having congenital or acquired strabismus. After RNA isolation from the collected muscle samples, libraries were prepared using the Watchmaker RNA Library Prep Kit (Polaris Depletion). Sequencing (RNA-Seq) was performed on the MGI DNBSEQ-T7 platform as paired-end (PE150). The obtained data were analyzed using bioinformatics software such as STAR, featureCounts, and DESeq2. As a result of the transcriptome analysis, when the two groups were compared, a statistically significant increase (up-regulation) in the expression of 726 genes was detected in the congenital group, and a significant increase (up-regulation) in the expression of 769 genes was detected in the acquired group (all with FDR < 0.05). Among the up-regulated genes in the congenital group, HOOK2 (x50), CCR3 (x40), and SUMO2 (x37) were prominent; among the up-regulated genes in the acquired group, RNU4-2 (x512) and MUC16 (x65) were notable. In the functional analysis, the 'Muscle Contraction Pathway' (TNNT1, MYH3) was found to be significantly enriched in the congenital group, while the 'IL-10 Signal Pathway' (IL10RA) was significantly enriched in the acquired group (FDR < 0.05). The findings of the study indicate that congenital and acquired types of strabismus can be associated with distinct biological processes at the gene expression level. In congenital strabismus cases, a marked increase was observed in the expression vii of genes related to muscle structure and muscle contraction, whereas in acquired strabismus, genes involved in immune response and inflammation regulation were found to be more prominent. These results suggest that the two types of strabismus exhibit different molecular characteristics, implying that treatment approaches may need to be clinically tailored for each group.
Benzer Tezler
- Sivas yöresinde akraba evliliği yapan ve yapmayan çiftlerde dermatoglifik benzerlikler
Similarities of dermataoglyphies among individval of married relatives and married couples not related to each other in Sivas region
Y. SELMA SÜNGÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
1984
Tıbbi BiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. İLHAN SEZGİN
- Doğuştan kalça çıkıklı hastalarda kalça patolojilerinin bilgisayarlı tomografi ile değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
NECDET ŞÜKRÜ ALTUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Ortopedi ve TravmatolojiGazi ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ORHAN ASLANOĞLU
- Türkiye'de serebral hareket bozukluklarının etiyolojisi epidemiyolojisi ve bazı klinik özellikleri
Başlık çevirisi yok
AŞER BENSUSAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1986
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Pulmoner hipertansiyon etyopatogenezinde prostasiklin ve lökotrien C4'ün rolü
Possible role of leukotrien C4 and prostacyclin in the development of pulmonary hypertension
ÜLKÜ AYBERK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Süt çocuğunda kalça ultrasonografisi
Başlık çevirisi yok
İRFAN GÖKÇAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Ortopedi ve Travmatolojiİstanbul ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı