Tüm ekzom dizileme ve klinik ekzom dizileme sonucu elde edilen verilerden retrospektif olarak ACMG sekonder bulgular kılavuzuna göre belirlenmiş genlerdeki varyantların kılavuza göre değerlendirilmesi ve frekanslarının belirlenmesi
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 974950
- Danışmanlar: PROF. DR. HALUK AKIN, PROF. DR. ASUDE DURMAZ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Ekzom dizileme, Genetik-popülasyon, Hastalığa genetik yatkınlık, Moleküler genetik, Yeni nesil dizileme, Exome sequencing, Genetics-population, Genetic predisposition to disease, Molecular genetic, High throughput sequencing
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Türk popülasyonuna ait 6.094 bireyin kapsamlı tüm ekzom dizileme (WES) ve klinik ekzom dizileme (CES) verileri retrospektif olarak analiz edilmiştir. Analiz kapsamında, Amerikan Tıbbi Genetik ve Genomik Derneği (ACMG) Sekonder Bulgular (SF) kılavuzunda tanımlanan eyleme geçirilebilir genler değerlendirilmiş; bu genlerde saptanan varyantlar, ilgili kılavuz kriterlerine göre sınıflandırılmış ve frekansları belirlenmiştir. ACMG kılavuzundaki 81 gen için yapılan analizde 215 hastada (%3,52) geliş endikasyonu ile uyumlu primer bulgu olarak sınıflandırılan varyantlar saptanmıştır. Bunun yanı sıra 306 hastada (%5,02) geliş endikasyonundan bağımsız klinik oluşturma potansiyelinde sekonder bulgu olarak sınıflandırılan varyantlar saptanmıştır. Sonuç olarak 6094 hastanın 514'ünde (%8,43) raporlanabilir genetik varyant belirlenmiştir. Ayrıca, otozomal resesif geçişli hastalıklarla ilişkili genlerde heterozigot taşıyıcılık oranı %14,19 olarak hesaplanmış ve bu oran bazı genler için uluslararası popülasyon verilerine göre anlamlı farklar göstermiştir. Sekonder bulgular en sık kardiyovasküler hastalıklarla ilişkili genlerde tespit edilmiş; bunu sırasıyla kansere yatkınlık, metabolik hastalıklar ve diğer fenotiplerle ilişkili hastalıklar izlemiştir. Özellikle BTD, BRCA1, ATP7B, MUTYH ve LDLR genlerinde, Avrupa popülasyon ve GnomAD 4.1 verileriyle karşılaştırıldığında Türk toplumunda daha yüksek frekansta saptanan ve toplumumuza özgü olabileceği düşünülen varyantlar dikkat çekmiştir. Bunun yanında BRCA1 c.5266dup ve LDLR c.1747C>T varyantlarının bölgede kurucu mutasyon olabileceğine dair bulgular da elde edilmiştir. Çalışmada literatürde daha önce bildirilmemiş 132 yeni varyant saptanmıştır. Bu durum Türk popülasyonuna özgü genetik farklılıkların varyantları sekonder bulgu olarak sınıflandırırken dikkate alınması gerektiğini ortaya koymuştur. Aynı zamanda, CES ve WES verilerinin CNV analizlerinin yapılması ve bu analizler neticesinde saptanan sekonder bulguların literatürde Türk popülasyonuna ait ilk örnek olması, çalışmanın literatüre özgün katkılarından biridir. Sonuç olarak, bu çalışma hem Türkiye'de hem de dünya literatüründe sekonder genetik bulguların görülme sıklığı, dağılımı ve yorumlanması açısından önemli veriler sunmakta; toplum temelli taramaların, erken tanı olanaklarının ve genetik danışmanlık hizmetlerinin geliştirilmesi açısından yol gösterici olmaktadır.
Özet (Çeviri)
In this study, retrospective analysis was conducted on comprehensive whole exome sequencing (WES) and clinical exome sequencing (CES) data from 6,094 individuals of Turkish origin. As part of the analysis, the actionable genes identified in the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) Secondary Findings (SF) guidelines were evaluated. Variants detected in these genes were classified according to the relevant ACMG criteria, and their frequencies were determined. In the analysis of the 81 genes listed in the ACMG guidelines, variants classified as primary findings consistent with the clinical indication were identified in 215 patients (3.52%). Additionally, variants classified as secondary findings—those with clinical significance independent of the initial indication—were detected in 306 patients (5.02%). In total, reportable genetic variants were identified in 514 of the 6,094 individuals (8.43%). Furthermore, the heterozygous carrier rate for genes associated with autosomal recessive disorders was calculated as 14.19%, showing significant differences for some genes when compared to international population datasets. Secondary findings were most frequently observed in genes associated with cardiovascular diseases, followed by genes related to cancer predisposition, metabolic disorders, and other phenotypic conditions. Notably, variants in the BTD, BRCA1, ATP7B, MUTYH and LDLR genes were found at higher frequencies in the Turkish population compared to European and GnomAD v4.1 data, suggesting that these may represent population-specific variants. Moreover, evidence was found indicating that the BRCA1 c.5266dup and LDLR c.1747C>T variants may be founder mutations in the region. The study also identified 132 novel variants not previously reported in the literature. This finding emphasizes the need to consider population-specific genetic differences when classifying variants as secondary findings. In addition, the CNV analysis performed using CES and WES data yielded secondary findings that are among the first such examples reported for the Turkish population, highlighting one of the study's unique contributions to the literature. In conclusion, this study provides significant data on the frequency, distribution, and interpretation of secondary genetic findings in both Turkey and the global literature. It underscores the importance of population-based screening, early diagnosis, and the development of genetic counseling services.
Benzer Tezler
- Nadir metabolik hastalıklarda tüm ekzom dizileme verilerinin biyoinformatik analizleri ile fenotipten sorumlu varyantların değerlendirilmesi
Bioinformatics analysis and variant interpretation of whole exome sequencnig data in inborn errors of metabolism
CAN KOŞUKCU
Doktora
Türkçe
2024
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiPediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL
- Nörogenetik hastalıklarda ekzom dizileme analizi ile aday genlerin belirlenmesi ve zebrafish modellerinin oluşturulması
Identification of candidate genes in neurogenetic disorders by whole exome sequencing and modeling in zebrafish
AYŞEGÜL OZANTÜRK
- Ailesel idiyopatik jeneralize ve fokal epilepsili olgularda genetik, klinik, nöbet ve elektroensefalografi özelliklerinin değerlendirilmesi
Evaluation of genetic, clinical, seizure and electroencefalographic features in family idiopatic generalized and focal epilepsy patients
ASIM ORUJOV
- Genetik nedenli olduğu düşünülen ve ağır hastalık bulguları gösteren yenidoğanlarda hızlı tüm ekzom dizilemenin tanıdaki yeri
Role of rapid whole exome sequencing in critically ill newbornswith a preliminary diagnosis of genetic syndrome
DURDUGÜL AYYILDIZ EMECEN
Doktora
Türkçe
2025
GenetikEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAHİR ATİK
- Türkiye'de ailesel multipl miyelom hastalarının tespiti ve ailesel yatkınlığa sebep olan genetik varyantların araştırılması
Detection of familial multiple myeloma cases and investigation of predisposing genetic variants in turkey
ERMAN AKKUŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
HematolojiAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL BEKSAÇ