Role of actinomycin d on the activity of RNA binding protein Hur
Aktı̇nomı̇sı̇n D'nı̇n RNA'ya bağlanan proteı̇n Hur'nı̇n aktı̇vı̇tesı̇ üzerı̇ndekı̇ rolü
- Tez No: 973787
- Danışmanlar: PROF. DR. SREEPARNA BANERJEE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Aktinomisin D (Act D), DNA'ya bağlanarak RNA polimerazlarının uzama aşamasını inhibe edebilen bir polipeptit antibiyotiktir. Araştırmalarda yaygın olarak bir transkripsiyon inhibitörü olarak, klinik uygulamalarda ise kemoterapötik bir ilaç olarak kullanılmaktadır. Ön verilerimiz, HCT-116 ve HeLa hücre hatlarında kısa süreli Act D uygulamasının, stabilize edici bir RNA'ya bağlanan protein (RBP) olan HuR'nin sitozolik translokasyonunu artırabildiğini göstermiştir. Act D ile muamele sonrasında Turbo-ID tekniği ve LC-MS/MS analizi ile HuR'ye yakın konumda bulunan, RNA düzenlenmesinde görev alan ve faz ayrışmasıyla oluşan hücresel kondensatların oluşumunda işlevsel olduğu bilinen, FUS dahil olmak üzere çeşitli proteinleri belirledik (HCT-116 hücrelerinde). HuR'nin, biyomoleküler kondensatlar ve agregaların oluşumu ve işlevinde önemli roller oynadığı gösterilen bir başka RBP olan FUS ile etkileşime girebildiğini gözlemledik. İmmünositokimya analizleri, Act D muamelesi ile birlikte HuR'nin sitoplazmada noktasal yapılar oluşturabildiğini ortaya koymuştur. Ayrıca, Act D ile birlikte sitoplazmik HuR ve FUS düzeylerinde gözlenen artış, sadece, proteinlerin faz ayrışmasını bozabildiği bilinen hipotonik şok uygulandığında azalmaktadır. Bulgularımız, Act D uygulamasının ve bunun sonucunda ortaya çıkan global transkripsiyon durmasının, HuR'nin FUS eşliğinde sitozole transloke olduğu ve bir stres yanıtı olarak diğer proteinlerle birlikte RBP açısından zengin sitozolik kondensatlar oluşturduğu bir mekanizmayı harekete geçirebileceğini düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
Actinomycin D (Act D) is a polypeptide antibiotic that can bind to DNA and inhibit the elongation step of RNA polymerases. It is widely used as a transcription inhibitor in research and as a chemotherapeutic drug in clinical practice. Our preliminary data showed that short-term Act D treatment of HCT-116 and HeLa cell lines could increase the cytosolic translocation of the stabilizing RNA binding protein (RBP) HuR. We have used the Turbo-ID assay followed by LC-MS/MS and have identified a number of proteins known to be involved in RNA regulation in close proximity to HuR upon treatment with Act D (in HCT-116 cells). We have validated the interaction between HuR and the RBP FUS; the latter has been reported to play important roles in the formation and function of biomolecular condensates and aggregates. Immunocytochemistry analysis revealed that HuR can form punctate structures in the cytoplasm with Act D treatment. Moreover, the elevated cytoplasmic levels of HuR and FUS with Act D treatment decreased only when a hypotonic shock was applied, which is known to dissolve phase-separated proteins. Our findings suggest that Act D treatment and the resultant global cessation of transcription can activate a stress response in which HuR accompanied by FUS, translocate to the cytosol and interact with each other or other proteins to form RBP- enriched cytosolic condensates.
Benzer Tezler
- Balb/c farelerde TNF-alfa/aktinomisin D ile oluşan ince bağırsak hasarında GLP-2'nin biyolojik rolü
Biological role of GLP-2 on TNF-alpha/actinomycin D-induced intestinal injury in balb/c mice
BAHRİYE PELİN ARDA PİRİNÇÇİ
- Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein
Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein
NİLÜFER DÜZ
Doktora
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
- Erken çocukluk çağı çürüğü risk değerlendirmesindestreptococcus mutans, streptococcus sobrınus, actınomycesnaeslundıı, lactobacıllus spp., bıfıdobacterıum spp. ve scardovıawıggsıae'nın etkinliğinin klinik olarak incelenmesi
Clinical investigation of the effectiveness of streptococcusmutans, streptococcus sobrinus, actinomyces naeslundii,lactobacillus spp., bifidobacterium spp., and scardovia wiggsiaein the risk assessment of early childhood caries
HİLAL NİYAZOĞLU
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2024
Diş HekimliğiMarmara ÜniversitesiPedodonti Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SERTAÇ PEKER
- Şiddetli erken çocukluk çağı çürüğünde rol oynayan mikroorganizmalar ve yeni patojen scardovia wiggsiae' nin bulunma sıklığının karşılaştırılmalı olarak incelenmesi
Comparative analysis of the prevalance of microorganisms and the new pathogen scardowia wiggsiae in severe early childhood caries
GÜLCAN ÜNSAL
