Early sporulation transcription factor RSFA has a strong impact on the regulation of BAC operon activity in Bacillus subtilis
Erken sporülasyon transkripsiyon faktörü RSFA'nın Bacillus subtilis'te BAC operonu aktivitesinin düzenlenmesi üzerine etkisi
- Tez No: 973256
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoloji, Genetik, Microbiology, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Bacillus subtilis, Bacillus subtilis
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bacillus subtilis, Gram pozitif, endospor oluşturan bir bakteri olup biyoteknolojik uygulamalarda yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu organizma, en basit peptit antibiyotik, basilisini sentezlemektedir. Laboratuvarımızda yürütülmüş olan -omiktemelli çalışmalar, bir PY79 suşu türevi olup basilisin üretemeyen OGU1 suşunun pek çok sporulasyon geninin ifadesinde yetersiz kaldığını ortaya koymuştur. Transkriptomik ve proteomik analizler, OGU1 suşunda, ana suşa kıyasla çok sayıda sporulasyon geninin daha düşük düzeyde ifade edildiğini göstermiş olup bu bulgular, basilisin biyosentezinin sporulasyon genlerinin regülasyonunda önemli bir role sahip olduğunu düşündürmüştür. rsfA, kendi regulonuna sahip bir transkripsiyon faktörünü kodlamaktadır. Bu regulon literatürde yeterince karakterize edilmemiş olsa da, genin sporulasyon sürecinde görev alan iki önemli sigma faktörünün regulonları içinde yer aldığı bilinmektedir. Önceki bulgulara göre, rsfA, OGU1 suşunda mRNA düzeyinde PY79'a göre yukarı regüle edilirken, RsfA proteini ise aşağı regüle edilmiştir. Bu tez kapsamında, rsfA, bacABCDEF operonu ve basilisin biyosentezi arasındaki moleküler ilişkiler detaylı olarak araştırılmıştır. rsfA, OGU1 suşuna klonlanarak aşırı ifadesi sağlanmıştır. RsfA'nın aşırı ekspresyonunun sporulasyon süreci, bac operonunun transkripsiyonu ve bacilysin biyosentezi üzerindeki etkileri; fenotipik karşılaştırmalı analizler, RT-qPCR, β-galaktozidaz aktivite testleri ve bacilysin biyoanalizleriyle değerlendirilmiştir. Ayrıca, E. coli hücrelerine klonlanmış, aşırı ifade edilme sonrası saflaştırılmış RsfA ile bac operonu promotörü arasındaki olası doğrudan etkileşim EMSA (Elektroforetik Mobilite Shift Analizi) yöntemi ile incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
Bacillus subtilis is a Gram-positive, endospore-forming bacterium widely used in biotechnological applications. This organism produces bacilysin, the simplest known peptide antibiotic. Previous -omics-based studies conducted in our laboratory demonstrated that a bacilysin-deficient mutant derivative of the PY79 strain, OGU1, exhibits lower expression of numerous sporulation-related genes, suggesting a potential regulatory role of bacilysin in sporulation. The rsfA gene encodes a transcription factor that has its own regulon. Although the regulon is poorly characterized in the literature, RsfA is known to participate in two major sporulation regulons governed by sigma factors. Previous findings have shown that rsfA is transcriptionally upregulated in OGU1 relative to PY79, while its protein product RsfA is downregulated. The present thesis investigates the molecular interactions between RsfA protein and the bacABCDEF operon responsible for bacilysin biosynthesis. rsfA was first cloned into E. coli cells using a suitable cloning plasmid vector and subsequently subcloned into OGU1 using an appropriate expression vector. The consequences of RsfA overproduction on sporulation, bac operon expression, and bacilysin production were assessed through comparative phenotypic analyses, RT-qPCRs, β-galactosidase assay, and bacilysin bioassay. Furthermore, electrophoretic mobility shift assays (EMSA) were conducted to explore potential direct interactions between purified RsfA protein and the bac operon promoter.
Benzer Tezler
- Transcriptional analysis of developmental genes of antibiotic overproducer recombinant streptomyces coelicolor
Yüksek antibiyotik üreticisi rekombı̇nant streptomyces coelicolor'un gelı̇şı̇m genlerı̇nı̇n transkrı̇psı̇yonel analı̇zı̇
SUDE KARA
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
GenetikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEDEF TUNCA GEDİK
- Integration of clavaminate synthase 2 gene into the chromosome of an industrial strain of Streptomyces clavuligerus for enhanced clavulanic acid production
Klavaminat sentez 2 enzim geninin klavulanik asit biyosentezini artırmak amacıyla Streptomyces clavulıgerus? un endüstriyel bir suşuna kromozomal entegrasyonu
GÜLİZ VANLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Domateslerde erken yanıklık hastalığı etmeni (alternaria solani ell and martin) SOR.'ne bazı modern (tek yer engelleyici) fungusitlerin etkililikleri
Effectiveness of some modern fungicides aganist to early blight (alternaria solani ell. and martin) SOR. diseases of tomatoes
GÜLENAY KUŞOĞLU
