Fusobacterium nucleatum fadA proteini için DNA aptamerlerinin geliştirilmesi
Development of DNA aptamers for the fadA protein of fusobacterium nucleatum
- Tez No: 970589
- Danışmanlar: PROF. DR. SERAP EVRAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kolorektal kanser (CRC), dünya genelinde en sık görülen üçüncü kanser türü olup, özellikle geç tanı nedeniyle yüksek mortaliteye sahiptir. Son yıllarda yapılan çalışmalar, oral mikrobiyomun bir üyesi olan Fusobacterium nucleatum'un CRC ile ilişkilendirildiğini ortaya koymuştur. Bu bakterinin adhezyon proteini fadA, konak hücrelere invazyonu kolaylaştıran ve patojenitenin temelini oluşturan önemli bir virülans faktörüdür. FadA'nın bu özelliği, onu hedefe yönelik biyomoleküler girişimler için dikkat çekici bir aday haline getirmektedir. Aptamerler, hedef moleküllere yüksek afinite ve özgüllükle bağlanabilen tek iplikli DNA/RNA molekülleridir ve antikorlara alternatif olarak önem kazanmıştır. Bu çalışmada, F. nucleatum'a ait fadA proteini için DNA aptamerlerinin geliştirilmesi hedeflendi. Aptamer seçimi için SELEX (Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment) yöntemi uygulandı. Bu amaçla fadA geni pET-21a(+) vektörüne klonlandı ve rekombinant protein E. coli BL21(DE3) hücrelerinde üretildi. Saflaştırma işlemi Ni-NTA afinite kromatografisi ile gerçekleştirildi. Ardından protein NHS-aktif agaroz boncuklara immobilize edilerek SELEX yöntemiyle aptamer seçimi yapıldı. Toplam 16 tur SELEX uygulandı ve her tur sonrası amplifikasyon ve lambda ekzonükleaz ile tek iplikli DNA'ya dönüşüm sağlandı. SELEX turlarının sonunda seçilen final kütüphanesi Sanger dizi analizi için hazırlandı ve sonuçlar bioinformatik araçlarla değerlendirildi.
Özet (Çeviri)
Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer type worldwide and has a high mortality rate, particularly due to late diagnosis. Recent studies have shown that Fusobacterium nucleatum, a member of the oral microbiome, is associated with CRC development. The bacterium's adhesion protein, fadA, facilitates host cell invasion and is considered a major virulence factor contributing to pathogenicity. This property makes fadA a compelling target for molecular therapeutics. Aptamers are single-stranded DNA or RNA molecules that bind their targets with high affinity and specificity, and have emerged as promising alternatives to antibodies in cancer research. In this study, we aimed to develop DNA aptamers targeting the FadA protein of F. nucleatum. The SELEX (Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment) technique was employed for aptamer selection. To this end, the fadA gene was cloned into the pET-21a(+) vector, and recombinant protein was expressed in E. coli BL21(DE3) cells. Purification was carried out using Ni-NTA affinity chromatography. Subsequently, the purified protein was immobilized on NHS-active agarose beads, and SELEX was performed. A total of 16 rounds of SELEX were conducted, with each round followed by PCR amplification and conversion to single-stranded DNA using lambda exonuclease. The final library selected at the end of the SELEX rounds was prepared for Sanger sequencing, and the results were evaluated using bioinformatics tools.
Benzer Tezler
- Fusobacterıum nucleatum'un enolaz enzimini kodlayan genin klonlanması ve analizi
Cloning and analysis of the gene encoding enolase enzyme from fusobacterium nucleatum
SİNEM YAKARSÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK TURGUT BALIK
- Fusobacterium nucleatum laktat dehidrogenaz enzimini kodlayan genin izolasyonu, klonlanması ve analizi
Isolation, cloning and analysis of the gene encoding lactate dehydrogenase enzyme from Fusobacterium nucleatum
EMRAH SARIYER
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BALIK
- Fusobacterium nucleatum'a karşı oluşan antikorların kolorektal kanserin serolojik tanısında değerinin araştırılması
Utility of anti-Fusobacterium nucleatum antibody detection to the serological diagnosis of colorectal cancer
MELİKE KURT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
MikrobiyolojiKocaeli ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ YUMUK
- Ülseratif kolit hastalığında fusobacterium nucleatum miktarının tümör nekroz faktör (TNF) alfa tedavisi üzerindeki etkilerinin araştırılması
Investigating the effects of fusobacterium nucleatum levels on tumor necrosis factor (TNF) alpha therapy in ulcerative colitis disease
BİLGE ŞENYÜZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUNDE YILMAZ SÜSLÜER
- Servikal kanser tanısı alan ve almayan olguların serviks mikrobiyotasında Fusobacterium nucleatum ve Anaerococcus prevotii kolonizasyonunun karşılaştırılması
Comparison of Fusobacterium nucleatum and Anaerococcus prevotii colonisation in the cervical microbiota of cases with and without cervical cancer diagnosis
GÖZDE ARSLANCA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HRİSİ BAHAR TOKMAN