Abiyotik stres altında fasulyede (phaseolus vulgaris L.) bulunan ZF-HD transkripsiyon faktörü gen ailesinin genom çapında analizi ve ekspresyon profili
Genome-wide analysis and expression profiling of the ZF-HDtranscription factor gene family in common bean (phaseolusvulgaris l.) under abiotic stress
- Tez No: 966181
- Danışmanlar: PROF. DR. İLKER BÜYÜK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Fasulye bitkisi (Phaseolus vulgaris L.), hem dünyada hem de Türkiye'de besin değeri ve ekonomik önemi bakımından büyük bir yere sahiptir. ZF-HD proteinleri, bitki büyümesi, gelişimi ve stres tepkilerinde hayati düzenleyici roller oynayan bir protein ailesidir. İlk olarak Flaveria bitkisinde keşfedilen bu proteinler, iki korunmuş alana sahiptir. Bunlardan birincisi C2H2 tipi Zinc Finger, DNA'ya bağlanır ve protein-DNA etkileşimlerini artırır. İkincisi ise homeodomain, yaklaşık 60 korunmuş amino asit içeren ve DNA'ya bağlanan bir alandır. Ayrıca protein-protein etkileşimlerinde de rol oynar. ZF-HD proteinleri, DNA bağlanma ve transkripsiyon düzenleme özellikleriyle dikkat çeker, ayrıca bitkilerin hormon sinyalleşmesi ve çevresel streslere karşı adaptasyonunda önemli rol oynar. Bu tez çalışmasında, fasulye bitkisinde ZF-HD gen ailesine ait 19 üye tespit edilmiştir. Çalışmada PvZF-HD genlerinin filogenetik ilişkileri, proteinlerin korunmuş motifleri, intron-ekzon yapıları, kromozomlardaki dağılımı, promotör bölgelerindeki cis-elementlerin analizi, tandem ve segmental duplikasyonlar durumları, proteinlerin üç boyutlu yapısına dayalı homoloji analizi yapıları ve miRNA analizleri uygulanmıştır. Seçilen genlerin kuraklık stresi altındaki ifade düzeyleri, RNA-seq verileri temel alınarak belirlenmiş ve bu bulgular qPCR yöntemiyle doğrulanmıştır. Bu analizler sonucunda fasulyedeki evrimsel süreçler açıklanmış ve elde edilen bulguların gelecekteki araştırmalara katkı sağlayabileceği öngörülmüştür.
Özet (Çeviri)
The common bean (Phaseolus vulgaris L.) holds significant nutritional and economic importance both globally and in Türkiye. ZF-HD proteins constitute a family of regulatory proteins that play critical roles in plant growth, development, and responses to environmental stresses. Originally identified in Flaveria species, these proteins are characterized by two conserved domains. The first is a C2H2-type zinc finger domain that binds to DNA and enhances protein-DNA interactions. The second is a homeodomain containing approximately 60 conserved amino acids, which also participates in DNA binding and facilitates protein-protein interactions. ZF-HD proteins are noteworthy for their DNA-binding capabilities and transcriptional regulatory functions, and they are involved in hormone signaling and adaptation mechanisms under environmental stress conditions in plants. In this study, 19 members of the ZF-HD gene family were identified in common bean. Comprehensive analyses were performed, including the phylogenetic relationships of PvZF-HD genes, conserved protein motifs, intron-exon structures, chromosomal distribution, cis-regulatory elements in promoter regions, patterns of tandem and segmental duplications, homology-based 3D protein structure predictions, and miRNA targeting analyses. The expression levels of selected genes under drought stress were determined based on RNA-seq data and subsequently validated using qPCR analysis. The outcomes of these investigations contribute to a deeper understanding of the evolutionary processes of ZF-HD genes in common bean and are expected to provide valuable insights for future research.
Benzer Tezler
- Kentsel yakın çevre alanlarının rekreasyonel amaçlı düzenleme kararlarını belirleyen etmenler ve Antakya (Hatay) kentsel yakın çevresinde uygulanması
The Faktors defininig the recreational planning of the urban nearby regions and the application at Antakya (Hatay) urban nearby regions
ERDOĞAN YAŞLICA
- Rhyacionia buoliana (den, and schiff) (lep., tortricidae)'nin Marmara bölgesindeki zararı ve biyolojisi
The Damage and the biology of rhyacidnia buoliana (den, and schiff) (lep., tortricidae) in Marmara region
MÜRÜVVET MOL
- İzmir ili ve çevresinde cruciferae familyasına bağlı bitkilerde zarar yapan pieridae (Lepidoptera) türleri, önemleri, bunlardan lahana kelebeği Spieris brassicae (L.)Ö'nin biyolojisi ve populasyon dalgalanmalarına ...
Investigations on the species and their importance of pieridae (Lepidoptera) which harmful on crucifers at İzmir with the biology and factors affecting the population trends of large white butterfly Spieris brassical ...
PERVİN HINCAL
- Biberlerde kök boğazı yanıklığı (Phytophthora capsici Leon.) hastalığına dayanıklılığın nedenlerinin fizyolojik ve biyokimyasal olarak incelenmesi
The Physiological and biochemical investigation of the causes of the resistance to the root rot (Phytophthora capsici Leon.) disease in peppers
AYŞEN SÜLÜN ÜSTÜN
- Asmada ölükol etmeni (Phomopsis viticola sacc.)'ne karşı dayanıklılığının uyarılması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
RECEP ÜNAL
