Küçük hücreli dışı akciğer kanserine karşı yeni bir peptit aşının in silico tasarımı
In silico design of a novel peptide vaccine to combat non-small cell lung cancer
- Tez No: 957376
- Danışmanlar: PROF. DR. RALPH LEO JOHAN MEUWISSEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Onkoloji, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Kanser Biyolojisi ve İmmünolojisi Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK), alanındaki ilerlemelere rağmen hasta sağkalımında sınırlı bir iyileşme göstererek dünya genelinde kansere bağlı ölümlerin başlıca nedenlerinden biri olmaya devam etmektedir. Bu nedenle, KHDAK için yeni immünoterapötik ajanların geliştirilmesine yönelik çalışmalar büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmanın amacı, KHDAK ile ilişkili beş tümör antijenini hedef alan çoklu epitop içeren bir peptit aşısını immünoinformatik yaklaşımlar kullanarak tasarlamaktır. Hedeflenen antijenler arasında Melanom ile İlişkili Antijen 4 (MAGE-A4), New York Özofagus Skuamöz Hücreli Karsinomu 1 (NY-ESO-1), Musin 1 (MUC1), SURVİVİN ve İnsan Epidermal Büyüme Faktörü Reseptörü 2 (HER2) yer almaktadır. Bu antijenlerin dizileri epitop haritalaması için kullanılmış ve belirlenen CD4+ ve CD8+ T hücre epitoplarının popülasyon kapsama analizi edilmiştir. Seçilen epitoplar uygun bağlayıcılar kullanılarak birleştirilmiş ve immünojenisiteyi artırmak amacıyla adjuvan olarak Kalretikulin eklenmiştir. Aşının güvenliği ve bağışıklık sistemi üzerindeki potansiyel etkileri, antijenite, alerjenite, toksisite ve fiziko-kimyasal dâhil olmak üzere çeşitli in silico analizler yürütülmüştür. Aşı yapısının üçüncül yapısı öngörülmüş, geliştirilmiş ve doğrulanmıştır. Moleküler docking analizleri, geliştirilmiş aşı yapısının Toll-benzeri reseptörler (TLR'ler) ve İnsan lökosit antijeni (HLA) allelleri ile güçlü bağlanma afiniteleri gösterdiğini ortaya koymuştur. Ayrıca, C-ImmSim platformu ile yapılan bağışıklık simülasyonları, interferon-gamma (IFN-γ) üretimi ile birlikte B ve T hücrelerinin etkin bir şekilde aktive edildiğini ve güçlü bir bağışıklık yanıtı oluştuğunu göstermiştir. Son olarak, aşının ekspresyon potansiyelini değerlendirmek amacıyla kodon optimizasyonu yapılmış ve pET-28a(+) plazmid vektörü kullanılarak in silico klonlama gerçekleştirilmiştir. In silico bulgular, bu çoklu epitop peptit aşı adayının KHDAK'ye karşı potansiyelini desteklese de, etkinliğinin ve güvenliğinin doğrulanabilmesi için ileri düzey in vitro ve in vivo deneysel çalışmalarla test edilmesi gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Non-small cell lung cancer (NSCLC) remains one of the leading causes of cancer-related deaths worldwide, with only limited improvements in patient survival despite therapeutic advancements. Consequently, developing novel immunotherapeutic agents for NSCLC remains a critical area of research. This study aimed to design a multi-epitope peptide vaccine targeting five tumor antigens linked to NSCLC using immunoinformatics approaches. The selected antigens include Melanoma-Associated Antigen 4 (MAGE-A4), New York Esophageal Squamous Cell Carcinoma 1 (NY-ESO-1), Mucin 1 (MUC1), SURVIVIN, and Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2). Antigen sequences were subjected to epitope mapping, and population coverage analyses were performed for the identified CD4+ and CD8+ T-cell epitopes. The selected epitopes were linked using appropriate linkers and adjuvanted with Calreticulin to enhance immunogenicity. Various in silico analyses, including assessments of antigenicity, allergenicity, toxicity, and physicochemical properties, were conducted to evaluate the vaccine's safety and immunogenic potential. The tertiary structure of the vaccine construct was predicted, refined, and validated. Molecular docking results indicated strong binding affinities between the optimized vaccine structure and Toll-like receptors (TLRs) as well as Human leukocyte antigens (HLA) alleles. Furthermore, immune simulations performed using the C-ImmSim platform revealed a robust immune response characterized by the activation of B and T cells and interferon-gamma (IFN-γ) production. Finally, codon optimization and in silico cloning into the pET-28a(+) plasmid vector were conducted to assess the vaccine expression's potential. While the in-silico findings support the potential of this multi-epitope vaccine as a candidate against NSCLC, experimental validation through in vitro and in vivo studies is essential to confirm its efficacy and safety.
Benzer Tezler
- Küçük hücreli dışı akciğer kanseri peptit aşısı için MAGE-A3, WT1 ve EGFR proteinlerinin immünoinformatik tasarımı
Immunoinformatic design of MAGE-A3, WT1, and EGFR proteins for non-small cell lung cancer peptide vaccine
SABA HALLAJ EBRAHIMI
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
OnkolojiEge ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RALPH LEO JOHAN MEUWISSEN
- Helisel yayların statik karakteristiklerini ölçme ve kontrol etme cihazının tasarımı ve imalatı
Design and manufacture of a device measuringand controlling the static characteristics of helical springs
MUAMMER MUSULLUOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Makine MühendisliğiGazi ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FEVZİ ERCAN
- Landsat uydusu aracılığı ile elde edilen görüntülerin sınıflandırılmaları ve bunlara ilişkin bilgisayar programlarının hazırlanması
Başlık çevirisi yok
G. FERZAN KÜÇÜKA
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİS PÜSKÜLCÜ
- Dokuma kumaşlarda örgü tipinin ham kumaşın boyutları ve geometrik özellikleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
EMEL ÖNDER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- İki katlı pamuk ipliklerinden dokunan kumaşlarda örgüye bağlı olarak maksimum atkı sıklığının değişimi üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
MELTEM ASLI NARTER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER