Molecular identification of extended-spectrum beta-lactamase and aminoglycoside-modifying enzyme genes among lactose-fermenting enterobacteriaceae clinical isolates
Laktoz fermente eden enterobacteriaceae klinik izolatlarında geniş spektrumlu beta-laktamaz ve aminoglikozid modifiye edici enzim genlerinin moleküler tanımlanması
- Tez No: 952047
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDURRAHMAN AYVAZ, DOÇ. DR. PINAR SAĞIROĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Karşılaştırmalı genomik, Comparative genomics
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Rutin fenotipik yöntemler başlangıçta NA22 izolatlarını K. pneumoniae olarak tanımladı. Bununla birlikte, WGS ve NCBI anotasyonu daha sonra mikroorganizmanın Escherichia coli olduğunu doğrulamıştır. İzolat, bir hastanın kan dolaşımından elde edilmişti ve en önemli antibiyotik sınıflarının çoğuna dirençliydi. Oxford Nanopore platformunda dizileme yoluyla toplamda 1.000 bp'den büyük sekiz kontig oluşturuldu. Üç plazmid, NA22_1, NA22_2 ve NA22_3, PlasmidFinder kullanılarak tespit edildi. Bunlar arasında, NA22_3, plazmid transferini kolaylaştırabilecek tra operon genleri ile birlikte blaNDM-4, blaCTX-M-15 ve aac(6')-Ib-cr gibi önemli direnç genlerini barındırıyordu. Fonksiyonel anotasyon, PATRIC, CARD ve VFDB veritabanlarına karşı gerçekleştirildi ve 76 direnç ve 200'den fazla virülans, ayrıca 100'den fazla metabolizma ve taşıma ile ilgili alt sistemler bulundu. Antimikrobiyal duyarlılık testleri, genoma uygun olarak β-laktamlar (karbapenemler dahil), florokinolonlar, aminoglikozitler ve sülfonamidlerle direnç olduğunu ortaya koydu. Tam genom dizilimi BioProject ID: PRJNA1270365'te yer almaktadır. Bu sonuçlar, hastanelerde çoklu ilaç dirençli suşların rutin genomik izlenmesinin önemini vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
The routine phenotypic methods originally identified the NA22 isolates as Klebsiella pneumoniae. Nevertheless, WGS and NCBI annotation have subsequently confirmed that the microorganism is an Escherichia coli. The isolate had been recovered from the bloodstream of a patient and was resistant to many of the most important classes of antibiotics. A total of eight contigs >1,000 bp were generated through sequencing on the Oxford Nanopore platform. Three plasmids, NA22_1, NA22_2, and NA22_3, were identified using PlasmidFinder. Among them, NA22_3 harbored significant resistance genes, including blaNDM-4, blaCTX-M-15, and aac(6')-Ib-cr, along with the tra operon genes that may facilitate plasmid transfer. Functional annotation was performed against the PATRIC, CARD, and VFDB databases, and 76 resistance and over 200 virulence, as well as over 100 metabolism and transport involved subsystems, were found. The antimicrobial susceptibility tests revealed resistance to β-lactams (including carbapenems), fluoroquinolones, aminoglycosides, and sulfonamides, which were consistent with the genome profile. The complete genome sequence is included in BioProject ID: PRJNA1270365. These results highlight the importance of routine genomic surveillance of multidrug-resistant strains within hospitals.
Benzer Tezler
- Nükleer rezonasta moleküler yapıların incelenmesi (yapısal faz geçiş kuramları üzerine bir inceleme)
Başlık çevirisi yok
ABDURRAHMAN ANDİÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Fizik ve Fizik MühendisliğiUludağ ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTAÇ YALÇINER
- 1,3-difenil-4,5-bis(hidroksiimino)-imidazolidin ve Ni(II), Cu(II), Pd(II), UO2(VI) komplekslerinin sentezi
Başlık çevirisi yok
VEFA AHSEN
Doktora
Türkçe
1984
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZER BEKAROĞLU
- NH3 için önerilen yeni bir gerçek gaz hal denklemi ve bu hal denklemi ile bazı moleküler-fiziksel özelliklerin saptanması
Başlık çevirisi yok
MERAL HOŞCAN
- Purification of bacteriorhodopsin from halobacterium halobium and reconstitution studies in liposomes
Başlık çevirisi yok
M.BAKER ZABUT
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MERAL YÜCEL