Tüberküloz ve sarkoidozun ayırıcı tanısı için proteomik profillerin belirlenmesi
Determination of proteomic profiles for differential diagnosis of tuberculosis and sarcoidosis
- Tez No: 940891
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BERTAN YILMAZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Tüberküloz ve sarkoidoz, klinik, radyolojik ve patolojik eş zamanlı değerlendirmelere rağmen bazen kesin tanı için yeterli kritere sahip olmayan iki granülomatöz hastalıktır. Tüberküloz ve sarkoidozun ayırıcı tanısı için, her iki hastalık grubundan kesin tanı alan 10'ar hastadan elde edilen toplam 20 parafinize lenf dokusu örneği, total protein izolasyonu ve ardından peptidlerine ayırmak üzere bir seri işlemden geçirilmiş ve LC-QTOFF-MS cihazı ile peptid analizi yapılmıştır. Sonuçlar, Peaks Studio 12 programı kullanılarak analiz edilmiştir. Hem insan (human) proteomu hem de Mycobacterium tuberculin proteomu için database olarak UniProtKB kullanılmış, biyoinformatik ve istatistiksel olarak bu iki hastalık arasında anlamlı fark tespit edilen proteinler belirlenmiştir. İnsan proteomu temel alınarak yapılan analizde log2 değerleri anlamlı düzeyde fark gösteren (2 kat) proteinler dikkate alınmış, Tüberkülozda upregüle olurken sarkoidozda downregüle olan 5 farklı protein, sarkoidozda upregüle olup, tüberkülozda downregüle olan 7 farklı protein tespit edilmiş ve STRING programı ile yolak analizleri yapılarak ilişkili diğer proteinler tespit edilmiştir. Ayrıca tüberküloz hastalarına ait lenf dokularında ortak olarak sarkoidozdan farklı 6 Mycobacterium tuberculin proteinine rastlanmıştır. Bu çalışma, tüberküloz ve sarkoidozda farklılaşan proteinlerin tespit edilmesi ile bu iki hastalığın ayırıcı tanı kriterlerinin keşfedilmesi için bundan sonraki çalışmalara ışık tutmuştur.
Özet (Çeviri)
Tuberculosis and sarcoidosis are two granulomatous diseases that sometimes do not have sufficient criteria for definitive diagnosis despite simultaneous clinical, radiological and pathological evaluations. For the differential diagnosis of tuberculosis and sarcoidosis, a total of 20 paraffinized lymph tissue samples obtained from 10 patients with definitive diagnoses from each disease group were subjected to a series of processes to isolate total protein and then separate peptides, and peptide analysis was performed with the LC-QTOFF-MS device. The results were analyzed using the Peaks Studio 12 program. UniProtKB was used as a database for both human proteome and Mycobacterium tuberculin proteome, and proteins with significant differences between these two diseases were determined bioinformatically and statistically. In the analysis based on human proteome, proteins with significant differences in log2 values (2-fold) were taken into account, 5 different proteins that were upregulated in tuberculosis and downregulated in sarcoidosis, 7 different proteins that were upregulated in sarcoidosis and downregulated in tuberculosis were detected, and other related proteins were detected by performing pathway analyses with the STRING program. In addition, 6 Mycobacterium tuberculin proteins that were different from sarcoidosis were found in common in lymphoid tissues of tuberculosis patients. This study sheds light on future studies to discover the differential diagnosis criteria of these two diseases by detecting proteins that differ in tuberculosis and sarcoidosis.
Benzer Tezler
- Rana ridibunda (anura-ranidae) kompleksi üzerinde morfolojik, serolojik ve ekolojik araştırmalar
Başlık çevirisi yok
HÜSEYİN ARIKAN
- Akut miyokard infarktüsünde intravenöz heparin tedavisi ile alınan sonuçlar (karşılaştırmalı bir çalışma)
Başlık çevirisi yok
MEHMET ALİ ÇOBANOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kardiyolojiİstanbul Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. REMZİ ÖZCAN
- Eksersizin neden olduğu bronkospazm da bronkospazm üzerine nifedipinin etkisi
Başlık çevirisi yok
SERAP ÖZKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1985
Göğüs HastalıklarıSelçuk ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları ve Tüberküloz Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OKTAY İMECİK
- Akut bakteriyel menenjitin etyolojik teşhisinde wellcogen lateks aglütinasyon testi ile beyin-omurilik sıvısı kültür sonuçlarının karşılaştırılması
Başlık çevirisi yok
MEHMET GÖDENELİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSelçuk ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Akciğer tüberkülozu ve kronik obstrüktif akciğer hastalıklarında serum seruloplazmin aktivitesi
Başlık çevirisi yok
BAHRİ BAHAR