Karaburun yarımadası anomura (decapoda, crustacea) türlerinin DNA barkodlaması ile belirlenmesi
Determination of anomura (decapoda, crustacea) species of karaburun peninsula by DNA barcoding
- Tez No: 940030
- Danışmanlar: PROF. DR. ALPER DOĞAN, PROF. DR. AHMET KEREM BAKIR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Deniz Bilimleri, Marine Science
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma, Karaburun Yarımadası'nda bulunan Anomura taksonunun tür çeşitliliğini araştırarak, morfolojik karakterlere dayalı tanımlamaları DNA barkodlama ile desteklemeyi ve elde edilen türlerin filogenetik ilişkilerini ortaya koymayı amaçlamıştır. Bu amaçla, Karaburun Yarımadası'nda seçilmiş 11 istasyondan, Anomura bireylerinin çoğunlukla dağılım gösterdiği mediolittoral ve üst infralittoral zonlar (derinlik: 0-15 metre arası) arasındaki 9 istasyonda tüplü dalış (SCUBA), 1 istasyonda serbest dalış, 2 istasyonda da dreç çekimleri yapılarak örnekleme gerçekleştirilmiştir. Tüplü dalış yapılan istasyonlardan biri, aynı zamanda dreç çekimi yapılan istasyonlardan biriyle örtüşmektedir. Genetik analizler sonucunda, bu tez çalışması kapsamında elde edilen Sitokrom C Oksidaz Alt Ünite 1 (COI) nükleotid sekansları NCBI GenBank veri tabanına yüklenmiştir. Böylece, Türkiye'den Anomura grubu için ilk kayıtlar eklenmiş olup, Karaburun Yarımadası için de başlangıç veri seti (baseline data) oluşturulmuştur. Ayrıca, Paguristes syrtensis de Saint Laurent, 1971 türünün ilk COI dizileri de NCBI GenBank veri tabanına tarafımızca yüklenmiştir. Morfolojik tayinler sonucunda toplam 150 birey tespit edilmiş olup, bunlar 13 farklı tür ve yalnızca cins düzeyinde belirlenebilen 3 taksona ait bireylerden oluşmaktadır. Bu bireylerin 124'ünden DNA elde edilmiş ve dizileme için gönderilmiştir. Dizileme sonucunda 108 bireyin DNA dizileri başarılı bir şekilde elde edilmiştir. Morfolojik ve genetik tanımlamalar büyük ölçüde uyumlu olsa da özellikle Paguristes ve Pisidia cinslerinden elde edilen bireylerde belirgin farklılıklar tespit edilmiştir. Bu durum, söz konusu bireylerin tür seviyesinde genetik olarak tanımlanmasında belirsizliklere yol açmıştır. Bu çalışma, özellikle morfolojik olarak tanımlanamayan veya kesin olarak belirlenmesi güç olan türlerin tespitinde moleküler yöntemlerin önemini ortaya koymaktadır. GenBank ve BOLD veri tabanlarından elde edilen veriler, morfolojik tayinlere kritik bir destek sağlamış ve tür tanımlama sürecini güçlendirmiştir. Sonuç olarak, morfolojik ve moleküler analiz yöntemlerinin birlikte kullanılması, tür çeşitliliğinin daha kapsamlı bir şekilde incelenmesine olanak tanımakta ve bu çalışmada bir kez daha vurgulanmaktadır.
Özet (Çeviri)
This study aimed to investigate the species diversity of the Anomura taxa in the Karaburun Peninsula by supporting morphological character-based identifications with DNA barcoding and constructing the phylogenetic tree of the obtained species. Sampling was conducted at 11 stations in the Karaburun Peninsula, primarily in the mediolittoral and upper infralittoral zones (depth of 0-15 meters), where Anomura individuals are predominantly distributed. Sampling was performed using SCUBA diving at 9 stations, free diving at 1 station and dredging at 2 stations. As a result of genetic analyses, the COI (Cytochrome C Oxidase Subunit I) barcode sequences obtained in this thesis were submitted to the NCBI GenBank database, thereby establishing a baseline data set for the Anomura group in the region. Furthermore, the first COI sequences of Paguristes syrtensis de Saint Laurent, 1971, were also submitted to the NCBI GenBank database. Morphological identifications revealed a total of 150 individuals, including 13 species and 3 individuals identified only at the genus level. Out of 150 specimens, 124 individuals were subjected to genetic analyses, and sequences were successfully obtained from 108 of them. Although morphological and genetic identifications were largely consistent, complications were found in individuals from the genera Paguristes and Pisidia, presenting classification challenges. This study underscores the significance of molecular methods in identifying species that are difficult to distinguish morphologically or remain uncertain despite morphological identification attempts. The sequences obtained from GenBank and BOLD databases played a critical role in supporting morphological identifications and enhancing the accuracy of species determination. In conclusion, this study emphasizes the importance of integrating morphological and molecular analysis methods to achieve a more comprehensive understanding of species diversity.
Benzer Tezler
- Karaburun Yarımadası Balıklıova - Barbaros arasındaki bölgenin jeolojisi ve yapısal durumu
Başlık çevirisi yok
TALİP GÜNGÖR
Yüksek Lisans
Türkçe
1989
Jeoloji MühendisliğiDokuz Eylül ÜniversitesiJeoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURHAN ERDOĞAN
- Karaburun yarımadası ve İzmir Körfezi jeolojisinin gravite yöntemiyle incelenmesi
Başlık çevirisi yok
EMİNE AKARSU
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Su ÜrünleriDokuz Eylül ÜniversitesiDeniz Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATİLLA ULUĞ
- Karaburun yarımadası mermerlerinin cinsleri üretimleri ekonomileri ve kapasiteleri
Marble types and economical capacities of the Karaburun peninsula quarries
RAMAZAN HACIMUSTAFAOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Jeoloji MühendisliğiDokuz Eylül ÜniversitesiEkonomik Jeoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NEJAT KUN
- Karaburun yarımadası kapsamında Karaburun Eğlenhoca Köyü Ovacık mevkii örneğinde çevresel doku değişimi üzerine araştırmalar
Research on environmental structure changes in Eğlenhoca Village-Ovacık section of Karaburun peninsula
OKAN YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
Çevre MühendisliğiEge ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENGİN NURLU
- Karaburun Yarımadası arkeolojik kültür envanteri
Başlık çevirisi yok
PINAR PINARCIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
ArkeolojiDokuz Eylül ÜniversitesiArkeoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. RECEP MERİÇ