Deniz doğal ürünlerinin anti-inflamatuar ve antimikrobiyal özelliklerinin İn Siliko çalışmalar ile belirlenmesi ve gıda içeriği olarak potansiyel kullanımları
Determination of the anti-inflammatory, and antimicrobial properties of marine natural products through In Silico studies and their potential uses as food ingredients
- Tez No: 939735
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDULİLAH ECE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Beslenme ve Diyetetik, Nutrition and Dietetics
- Anahtar Kelimeler: Besin Destekleri, Bilgisayar Destekli Tasarım, Biyoaktif Bileşikler, Denizel Canlılar, Moleküler Kenetleme, Bioactive Compounds, Computer Aided Design, Dietary Supplements, Marine Organisms, Molecular Docking
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Biruni Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Beslenme ve Diyetetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Deniz organizmaları, çeşitli biyolojik aktivitelere sahip geniş bir kimyasal bileşik yelpazesi üretmektedir. Bu çalışma, deniz doğal ürünlerinin anti-inflamatuar ve antimikrobiyal özelliklerini in silico yöntemlerle değerlendirerek fonksiyonel gıda ve bileşen olarak potansiyel kullanımını araştırmaktadır. CMNPD veritabanı kullanılarak deniz kaynaklı biyoaktif bileşikler, bu süreçlerle ilişkili 7 ve 1 kritik enzim üzerinde incelenmiştir. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı (CADD) kapsamında moleküler kenetleme ve dinamik simülasyon teknikleri uygulanarak hedef proteinlere bağlanma afiniteleri analiz edilmiştir. Schrödinger yazılımında LigPrep modülüyle 31.561 ligand hazırlanmış ve OPLS4 force field ile optimize edilmiştir. Her enzime en iyi bağlanan ligand ile doğal ligandlar karşılaştırılmıştır. Grid Generation modülüyle bağlanma bölgeleri belirlenmiş, Glide XP, SP ve HTVS modülleriyle kenetlenme gerçekleştirilmiştir. RMSD değerleri doğrulama amacıyla kullanılmıştır. QikProp modülüyle ligandların ADMET parametreleri değerlendirilmiştir. Sonuçlar, üç hedefe bağlanan bazı bileşiklerin doğal ligandlardan daha yüksek afinite gösterdiğini ortaya koymuştur. Bulgular, bu bileşiklerin terapötik ajanlar ve fonksiyonel gıda bileşenleri olarak önemli potansiyele sahip olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Marine organisms produce a wide range of chemical compounds with various biological activities. This study aims to evaluate the anti-inflammatory and antimicrobial properties of marine natural products using in silico methods and to investigate their potential use as functional foods and ingredients. Using the CMNPD database, marine-derived bioactive compounds were examined on seven and one critical enzymes related to these processes, respectively. Within the scope of computer-aided drug design (CADD), molecular docking and dynamic simulation techniques were applied to analyze the binding affinities to target proteins. In Schrödinger software, 31,561 ligands were prepared with the LigPrep module and optimized using the OPLS4 force field. The best-binding ligands for each enzyme were compared with their natural ligands. Binding sites were defined using the Grid Generation module, and docking was performed with the Glide XP, SP, and HTVS modules. RMSD values were used for validation. ADMET parameters of the ligands were evaluated with the QikProp module. Results showed that certain compounds had higher binding affinities than natural ligands for three targets. Findings suggest that these compounds have significant potential as therapeutic agents and functional food ingredients.
Benzer Tezler
- Sivas'ta kadınların işgücüne katılım farklılıkları
Başlık çevirisi yok
BİNNUR ERCEM
Yüksek Lisans
Türkçe
1984
SosyolojiCumhuriyet ÜniversitesiKurumlar Sosyolojisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FARUK KOCACIK
- Karıştırıcılar ve karıştırma kabındaki akım olaylarının incelenmesi
Başlık çevirisi yok
NADİR İLTEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ÖMER SAMİH MERTBAŞ
- Tekstil boyamacılığında atık flottede boyama imkanları üzerine araştırma
Başlık çevirisi yok
MEHMET YAKARTEPE
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KERİM DURAN