Studying the interaction of SSA and RAC with nascent polypeptide chains by selective ribosome profiling
SSA ve RAC'in yeni oluşan polipeptit zincirleri ile etkileşiminin selektif ribozom profilleme ile incelenmesi
- Tez No: 932248
- Danışmanlar: PROF. DR. BERND BUKAU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoloji, Bioengineering, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ruprecht-Karls-Unıversıtat-Heıdelberg
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Biyomoleküler Bilimler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yeni sentezlenen proteinin de novo katlanması, yaşayan organizmalar için gerekli bir süreçtir. Bazı moleküler şaperonlar, ribozomlarda sentezlenen yeni polipeptit zincirlerine geçici olarak bağlanır. Bu şaperonlar, katlanmayı desteklemek için katlanmamış veya kısmen katlanmış proteinleri stabilize eder ve böylece bu proteinlerin birikmesini (agregasyonunu) veya bozulmasını (degredasyonunu) önler. Selektif Ribozom Profilleme (SeRP), şaperonların“ribozom-yeni oluşan zincir kompleksleri”(RNC'leri) ile hangi translasyon aşamasında etkileşime girdiğini incelemeye olanak tanıyan yeni bir tekniktir. Bu tez çalışmasının amacı, SeRP tekniğini kullanarak Ssa1 ve RAC'in (Ssz1 ve Zuo1) yeni oluşan polipeptit zincirleri ile gerçekleştirdiği eş zamanlı translasyonel (ko-translasyonel) etkileşimi araştırmaktır. Böylelikle ökaryotlarda şaperon destekli eş zamanlı translasyonel (ko-translasyonel) katlanma prensiplerinin ortaya konması hedeflemektedir. Bu amaçla, Ssa1, Ssz1 ve Zuo1'un SeRP analizleri ayrı ayrı gerçekleştirilerek, her birinin yeni oluşan polipeptidlerle etkileşimleri (interaktom) ve her bir faktörün spesifik bağlanma desenleri belirlenmiştir. Bulgularıma göre, Ssa ve RAC'in SeRP verileri, her iki faktörün de yeni oluşan polipeptit zincirleri ile eş zamanlı olarak translasyon sırasında etkileşime girdiğini göstermektedir. Ssa ve RAC'in yeni oluşan polipeptit zinciriyle etkileşimi, translasyonun ileri fazında gerçekleşmektedir. Ayrıca, Ssa ve RAC'in etkileşim profilleri, faktör bağlanma desenlerinin oldukça değişken olduğunu göstermekte ve her bir yeni oluşan proteinin kendine özgü ihtiyaçlarını işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
The de novo folding of the newly synthesized protein is an essential process for living organisms. Some molecular chaperones transiently bind nascent polypeptide chains as they are being synthesized on ribosomes to support folding by stabilizing unfolded or partly folded proteins and thereby preventing these proteins from aggregating or being degraded. Selective Ribosome Profiling (SeRP) is a new technique that allows studying at what stage of translation the chaperones engage with ribosome-nascent chain complexes (RNCs). The aim of this dissertation study is to investigate the co-translational interaction of Ssa1 and RAC (Ssz1 and Zuo1) with emerging polypeptide chains by using SeRP which will address the principles of chaperone-assisted co-translational folding in eukaryotes. To this end, SeRP of Ssa1, Ssz1 and Zuo1 was performed individually to identify both the nascent interactomes of each and the specific binding patterns of every factor. According to my findings, the SeRP data of Ssa and RAC reveal that both factors interact with nascent polypeptide chains co-translationally. Ssa and RAC interaction with the nascent polypeptide chain occurs in the later phase of the translation. Furthermore, the interaction profiles of the Ssa and RAC show highly variable patterns of factor binding indicating the specific needs of every nascent protein.
Benzer Tezler
- Kadınlarda uygulanan sekiz haftalık mini trambolin egzersizlerinin bazı fiziksel uygunluk parametrelerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of EİGHT-WEEK mini trampoline exercises on some physical fitness parameters in women
EMRE SEYMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
SporKütahya Dumlupınar ÜniversitesiBeden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OĞUZHAN YÜKSEL
- CrN ve TiN kaplamaların galvanik korozyon davranışı
Galvanic corrosion behaviour of TiN and CrN coatings
SELİM TAŞÇI
- Lise öğrencilerinin algıladıkları akran destek düzeylerinin spor yapma alışkanlıkları ve farklı değişkenler açısından incelenmesi
Sport habits of high school students' perceived levels of peer support and its examination in terms of different variables
FATİH AYDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
SporAtatürk ÜniversitesiBeden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖNER GÜLBAHÇE
- Doğum sonrası anne-yenidoğan etkileşimini etkileyen bazı etmenlerin incelenmesi
Studying some of the factors affecting postnatal mother-infant interaction
AYDEN ÇOBAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge ÜniversitesiHemşirelik Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. AYNUR SARUHAN
- Studying the role of an anti-apoptotic Bag-1 protein in healthy & tumor tissues in patients with breast carcinoma
Meme kanserli hastalardan alınan sağlıklı ve tümörlü dokularda anti-apoptotik Bag-1 proteinin rolünün çalışılması
EMİNE ARZU BAŞKALE
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Moleküler Tıpİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY