Development and characterization of affinity-maturated nanobodies targeting B-lymphocyte antigen CD19
B-lenfosit antijeni hedefleyen afinitesi artırılmıs nanokorların geliştirilmesi ve karakterizasyonu
- Tez No: 923256
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE AYAZ GÜNER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoloji, Mühendislik Bilimleri, Genetics, Biology, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
B-Hücre Akut Lenfoblastik Lösemi (B-ALL), B-lenfositlerin kontrolsüz çoğalması ile karakterize bir lösemi alt tipidir. B-ALL tanısı kan sayımları, immünfenotipleme, sitogenetik analiz ve moleküler testlere dayanır. B-ALL tedavi stratejileri arasında kemoterapi, radyoterapi, allojenik kemik iliği nakli ve kök hücre nakli bulunur. B-ALL'nin tanı ve tedavisinde, bir B-lenfosit antijeni olarak bilinen CD19 proteinine özgü antikorlar veya antikor parçaları yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak, hedef antijenlere özgü antikor üretimi genellikle yüksek maliyetlidir. Yalnızca ağır zincirli deve antikorlarının ağır zincir değişken bölgesini oluşturan nanokütlelerin (nanobody, Nb) daha avantajlı olduğu gösterilmiştir. (H. Wang ve ark., 2021a) çalışmasında, doğal bir Nb-ekspresyonlu faj gösterim kütüphanesinden seçilen ve CD19'a afinitesi olan üç nanokütle (Nb) test edilmiştir. Deve antikorlarının ağır zincirlerinden türetilen ve antikorların tek zincirli ağır değişken bölgesini oluşturan bu nanokütleler in-silico olarak olgunlaştırılmıştır. Üç nanokütleden ikisi, in-silico performanslarına dayanarak dört varyantla birlikte seçilmiştir. Bu çalışmanın amacı, kurum içinde geliştirilen afinite olgunlaştırma protokolünün (yapı tahmini, filtreleme ve derecelendirme) uygulanabilirliğini, afinitesi olgunlaştırılmış varyantların in-vitro üretimi ve fonksiyonel karakterizasyonuyla ana nanokütlelere karşı doğrulamaktır. Ayrıca, nanokütlelerin in-silico afinitesi olgunlaştırılmasıyla ilgili çeşitli paradigmalar ve modellerin deneysel gerçeklik karşısındaki durumu üzerine değerlendirmelerde bulunulmuştur.
Özet (Çeviri)
B-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia (B-ALL) is a subtype of leukemia characterized by the uncontrolled proliferation of B-lymphocytes. The diagnosis of B-ALL relies on blood counts, immunophenotyping, cytogenetic analysis, and molecular tests. Treatment strategies for B-ALL include chemotherapy, radiotherapy, allogeneic bone marrow transplantation, and stem cell transplantation. In the diagnosis and treatment of B-ALL, antibodies or antibody fragments specific to CD19, a protein known as a B-lymphocyte antigen, are commonly used. However, producing antibodies specific to targeted antigens is often cost-prohibitive. Nanobodies, which constitute the heavy chain variable region of heavy-chain only camelid antibodies have been elucidated to be more advantageous. Three nanobodies (Nbs), which were chosen from a natural Nb-expressing phage display library in the study of (H. Wang et al. 2021a), with affinity to CD19 were tested. The nanobodies, which are derived from the heavy-chain antibodies of camelids and constitute the single-domain heavy variable region of the antibodies, were maturated in-silico. Two parent nanobodies, out of three, were chosen alongside four variants based on their in-silico performance. The purpose of this study is to verify the applicability of our in-house affinity maturation protocol (structure prediction, filtering, and scoring), by in-vitro production and functional characterization of affinity maturated variants against their parents nanobodies. Moreover, it is reflected on multiple paradigms concerning in-silico affinity maturation of nanobodies, and how models fare under the reality of experimentation.
Benzer Tezler
- Development and characterization of pre-treatment process to enhance dye affinity and corrosion resistance for metal surfaces
Metal yüzeyler için korozyon direnci ve boyanabilme özelliklerini iyileştirecek bir ön işlem sürecinin geliştirilmesi ve karakterizasyonu
BUKET SEVİL
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Kimya MühendisliğiEge ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NİLAY GİZLİ
- Development and characterization of monoclonal antibodies against recombinant caga protein and their use in lateral flow test strip for serological diagnosis of Helicobacter pylori infection
Rekombinant caga proteinine karşı monoklonal antikorlar geliştirilmesi, karakterizasyonu ve bunların helıcobacter pylorı enfeksiyonunun serolojik teşhisi için lateral akım test çubuğunda kullanılması
CEBRAİL KARAKUŞ
- Development and characterization of CpG adjuvanted SARS-CoV-2 virus-like particle vaccine
CpG adjuvantlı SARS-CoV-2 virüs benzeri parçacık aşısının geliştirilmesi ve karakterizasyonu
NİLSU TURAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN GÜRSEL
- Plazmine karşı peptit inhibitörlerinin geliştirilmesi ve karakterizasyonu
Development and characterization of peptide inhibitors against plasmin
NURDAN ERSÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FAHRİYE CEYDA DUDAK ŞEKER
- Gaitada gizli kan tanısında kullanılacak moleküler baskılanmış polimer tabanlı hasta başı test kiti için altın nanopartikül işaretli sentetik hemoglobin molekülünün geliştirilmesi ve karakterizasyonu
Development and characterization of gold nanoparticle labeled synthetic hemoglobin molecule for detection of fecal occult blood in molecular imprinted polymer based point of care test kit
UĞUR AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiNanoteknoloji ve Nanotıp Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEMED DUMAN