Gönen ve Afyonkarahisar termal sularında metagenomik çalışmalar
Metagenomic studies in Gönen and Afyonkarahisar thermal waters
- Tez No: 921528
- Danışmanlar: PROF. DR. ERCAN ARICAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Mikrobiyoloji, Biyoloji, Genetics, Microbiology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Metagenomik, doğrudan çevresel örneklerden elde edilen genetik materyalin çalışılması olarak tanımlanabilir. Metagenomik yöntemler, aşırı ortamlarda yaşayan mikroorganizma çeşitliliğini analiz etmeye imkan sağlar. Termal sularda bulunan termofilik mikroorganizmaların kültüre bağlı yaklaşımlar kullanılarak izolasyonunda ve filogenetik analizinde yaşanan zorluklar nedeniyle bu alanda metagenomik çalışmalar hız kazanmıştır. Metagenomik yaklaşımla, yeni nesil dizileme tekniklerini kullanarak mikroorganizmaların karakterize edilebilmesi mümkün hale gelmiştir.Bu çalışmada Gönen ve Afyonkarahisar'da bulunan, Sağlık Bakanlığı tarafından işletme izni verilen kaplıcalardan 2019 kasım ve 2021 mayıs ayında termal su örnekleri alındıktan sonra bu örneklerden DNA izolasyonu sonrası sırasıyla illumina novaseq ve oxford nanapore teknolojileri kullanılarak dizileme çalışmaları yapıldı. Dizileme çalışmalarında, filogenetik çalışmalarda yaygın olarak kullanılan 16S rRNA gen bölgesi hedeflendi. Illumina novaseq teknolojisinde V3-V4 değişken bölgeleri dizilenirken, oxford nanopore teknolojisinde tüm gen çalışıldı. Fizikokimyasal özellikleri birbirinden farklı olan Gönen ve Afyonkarahisar kaplıcalarından alınan termal su örnekleriyle yapılan çalışmada, her iki kaplıcada da Proteobacter filumunun baskın olduğu görüldü. Bununla beraber mikroorganizma çeşitliliğinin birbirinden oldukça farklı olduğu tespit edildi. Bu çalışma, termal turizm için önemli bir yer tutan Afyonkarahisar ve Gönen kaplıcalarında yeni nesil dizileme teknolojileri kullanılarak yapılan ilk çalışma olması ve elde edilen verilerin termal sudan gelen sağlık araştırmalarına katkı sağlayacak olması nedeniyle önemlidir.
Özet (Çeviri)
Metagenomics can be defined as the study of genetic material obtained directly from environmental samples. Metagenomic methods enable the analysis of microbial diversity in extreme environments. Due to the challenges associated with the isolation and phylogenetic analysis of thermophilic microorganisms from thermal waters using culture-dependent approaches, metagenomic studies in this field have gained momentum. By employing metagenomic approaches and next-generation sequencing techniques, it has become possible to characterize microorganisms.In this study, thermal water samples were collected from hot springs in Gönen and Afyonkarahisar, which are licensed by the Ministry of Health, in November 2019 and May 2021. After DNA isolation from these samples, sequencing was performed using Illumina NovaSeq and Oxford Nanopore technologies, respectively. The sequencing efforts targeted the 16S rRNA gene region, which is commonly used in phylogenetic studies. While the V3- V4 variable regions were sequenced with Illumina NovaSeq technology, the entire gene was analyzed using Oxford Nanopore technology.In the study conducted with thermal water samples obtained from the hot springs of Gönen and Afyonkarahisar, which exhibit different physicochemical properties, it was observed that the Proteobacteria phylum was dominant in both hot springs. However, it was also determined that the microbial diversity varied significantly between the two locations. This study holds importance as it is the first to employ next-generation sequencing technologies in the hot springs of Afyonkarahisar and Gönen, which are significant for thermal tourism. The data obtained are expected to contribute to health research associated with thermal waters.
Benzer Tezler
- Afyonkarahisar'da uluslararası termal turizm destinasyonu oluşturma potansiyelinin analizi
Analysing the potential of developing international thermal destination in Afyonkarahisar
SABRİ ÇELİK
- İlköğretim beşinci sınıf öğrencilerinin öz-düzenleyici öğrenme stratejileri ile matematiğe yönelik tutum ve başarıları arasındaki ilişkilerin incelenmesi
Examination of the relationships between primary fifth graders' self-regulated learning strategies and attitudes toward mathematics and mathematics achievement
AHMET YAMAÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Eğitim ve ÖğretimAfyon Kocatepe Üniversitesiİlköğretim Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜRBÜZ OCAK
- Göller yöresi illerinin biyoiklimsel konfor yapısının belirlenmesi
Determining the bioclimatic comfort structure of the provinces of the Göller yöresi
ESRA MİRZA SERT
Doktora
Türkçe
2023
Peyzaj MimarlığıSüleyman Demirel ÜniversitesiMimarlık, Planlama ve Tasarım Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET TOPAY
- Bazı buğday türlerinin (Aegilops L. ve Triticum L.) RAPD analizi ile genetik karakterizasyonu
Genetic charecterization of some wheat species (Aegilops L. ve Triticum L.) analysis
YASİN EREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
BiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. SÜLEYMAN CENKÇİ