İmmün disregülasyon bulguları olan hastalarda ilişkili yolakların RT-PCR ile değerlendirilmesi
Evaluation of associated pathways in patients with signs of immune dysregulation by RT-PCR
- Tez No: 906739
- Danışmanlar: PROF. DR. DENİZ NAZİRE ÇAĞDAŞ AYVAZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Allerji ve İmmünoloji, Child Health and Diseases, Allergy and Immunology
- Anahtar Kelimeler: Alerji ve immünoloji, Birincil immün yetmezlik hastalıkları, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, İmmünogenetik, Allergy and immunology, Primary immunodeficiency diseases, Polymerase chain reaction, Immunogenetics
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Pediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: İmmünoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İmmün yolakların kontrolsüz aktivasyonu, yani immün disregülasyon, otoimmünite, lenfoproliferasyon ve maligniteye yol açabilir. Apoptozis, nükleer faktör-κB (NFκB) ve fosfoinositid 3-kinaz (PI3K) yolakları, immün disregülasyonda rol oynayan başlıca yolaklardır. Bu çalışmanın amacı, immün disregülasyon bulguları olan hastaları, seçilmiş inflamatuar genlerin ekspresyon analizleriyle değerlendirmektir. Bu nedenle, literatürde immün disregülasyon ile ilişkili olduğu daha önce bildirilen yolaklardan bazı moleküller seçilerek, gen ifadeleri kontrollerle karşılaştırılmıştır. İmmün disregülasyon bulguları olan hastalar, otoimmün lenfoproliferatif sendrom, immün sitopeni ve EBV ile ilişkili lenfoproliferasyon hastaları olarak gruplandırılarak değerlendirilmiştir. İnflamatuar yolaklardaki seçili genler (CASP8, CASP10, FAS, FASL, AKT, MAP3K7, MAP3K14, mTOR, NFKB1, NFKB2, NFKBIA, TRAF3) için gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) analizi yapılmıştır. Gen ekspresyonundaki kat değişiklikleri logaritmik Delta-Delta Ct (2ˆ(–delta delta CT)) yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. Tüm hedef genlerin ekspresyonlarının rölatif kantifikasyon değerleri açısından hasta ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur. Hedef gen ekspresyonları açısından farklı hasta grupları arasında anlamlı bir fark gözlenmemiştir. ROC eğrisi analizine göre hasta ve kontrolleri ayırt etme açısından en yüksek tanı oranına sahip hedef genler NFKB2, MAP3K7, AKT, mTOR, NFKB1 ve FAS'tır. Bu çalışma ile özellikle immün sitopeni ve lenfoproliferasyonu olan immün disregülasyon hastaları için, NFKB1, NFKB2, MAP3K7, AKT, mTOR ve FAS kullanılarak bir immün disregülasyon skoru/imzası oluşturulabileceği ve bu skorun hasta tanı ve takibinde kullanılabileceği düşünülebilir.
Özet (Çeviri)
Uncontrolled activation of immune pathways, so called immune dysregulation may result in autoimmunity, lymphoproliferation, and malignancy. Apoptosis, nuclear factor-κB (NFκB), and phosphoinositide 3-kinase (PI3K) pathways are the major pathways involved in immune dysregulation. The aim of this study was to evaluate the patients with immune dysregulation with selected inflammatory genes' expression analyses. For this reason, some molecules from pathways previously reported to be associated with immune dysregulation in the literature will be selected and their gene expressions will be compared with controls. We evaluated the patients with immune dysregulation, grouped them as those with autoimmune lymphoproliferative syndrome, immune cytopenia, and patients with EBV-associated lymphoproliferation. Real-time quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) analysis was conducted for the selected genes (CASP8, CASP10, FAS, FASL, AKT, MAP3K7, MAP3K14, mTOR, NFKB1, NFKB2, NFKBIA, TRAF3) in inflammatory pathways. The fold changes in gene expression were evaluated using the logarithmic Delta-Delta Ct (2ˆ(–delta delta CT)) method. A statistically significant difference was found comparing the total patient and control groups for relative quantification values of all target genes. No significant difference was observed between the patient groups in terms of target gene expression. According to ROC curve analysis, the target genes with the highest diagnostic rate in terms of distinguishing patients and controls are NFKB2, MAP3K7, AKT, mTOR, NFKB1 and FAS. With this study, we designed an immune dysregulation score/signature by using NFKB1, NFKB2, MAP3K7, AKT, mTOR and FAS for patients suffering from immunological dysregulation, particularly those with immune cytopenia and lymphoproliferation, and can be used in patient diagnosis and follow-up.
Benzer Tezler
- Erken başlangıçlı bağırsak hastalıklarında protein kaybettirici enteropati ve inflamatuar bağırsak hastalıklarının ayırt edici ve ortak özellikleri
Distinctive and common features of protein-losing enteropathy and inflammatory bowel diseases in early-onset intestinal disorders
SELMAN BİRKAN ÖZER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıMarmara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DENİZ ERTEM ŞAHİNOĞLU
- Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein
Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein
NİLÜFER DÜZ
Doktora
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
- Eşlik eden otoimmün/enflamatuvar hastalık ve/veya bulguları olanprimer immün yetmezlik tanılı hastaların analizi
Evaluating the patients who followed up with primaryimmunodeficiency diagnosis accompanied by autoimmune / inflammatorymanifestations
FEYZA PELİN HAKSEVER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Allerji ve İmmünolojiHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DENİZ NAZİRE ÇAĞDAŞ AYVAZ
- Primer immün yetmezlikli hastalarda eşlik eden gastrointestinal sistem bulgu ve hastalıkları
Findings and diseases of the gastrointestinal system in patients with primary immune deficiency
LEYLA ALLAHVERDIYEVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERAH GENEL
- Otoimmün lenfoproliferatif sendrom veya benzeri bulgular ile başvuran hastaların in vitro apoptoz testi ile değerlendirilmesi
Evaluation of patients applying with autoimmune lymphoproliferative syndrome or similar symptoms through in vitro apoptosis test
KÜBRA BAYRAM ÖZDAĞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Allerji ve İmmünolojiHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SALİHA ESENBOĞA