Morfolino grubu taşıyan bileşiklerin alfa-amilaz, alfa-glukozidaz ve üreaz enzimleriyle etkileşiminin moleküler doking, MM/GBSA ve moleküler dinamik çalışması
Molecular doking, MM/GBSA and molecular dynamic study of the interaction of compounds carrying the morpholino group with alpha-amylase, alpha-glucosidase and urease enzymes
- Tez No: 903963
- Danışmanlar: PROF. DR. BERNA ÇATIKKAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez çalışmasında diyabet, ülser, gastrit hastalığını değerlendirmek için alfa-amilaz, alfa-glukozidaz ve üreaz enzimleri için Veri Bankasından (PDB numarası): 5E0F, 5NN5 ve 7ZCY hedef olarak seçilmiştir. Bu çalışmada ilaç adayı olarak, morfolino grubuna sahip, asetamit türevi 9 bileşik kullanılmıştır. Bileşiklerin önce konformasyon analizi yapıldıktan sonra optimize yapıları belirlenmiştir. Hedef enzimlerle ilaç adayı bileşiklerin ve referans bileşiklerin etkileşmeleri moleküler doking ve moleküler mekanik/genelleştirilmiş Born yüzey alanı (MM/GBSA) yöntemleri ile bağlanma enerjileri hesaplanmış ve analiz edilmiştir. MM/GBSA hesabı sonuçlarına göre en iyi sonuç veren bileşikler ve referans maddelerin hedef enzimlerle etkileşmeleri 100 ns moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmiştir. Bileşiklerin ilaç özelliklerine sahip oldukları, absorpsiyon, dağılım, metabolizma, eliminasyon (ADME) hesaplamaları ile elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this thesis study, alpha-amylase, alpha-glucosidase and urease enzymes from the Protein Data Bank (PDB number): 5E0F, 5NN5 and 7ZCY were selected as targets to evaluate diabetes, ulcer and gastritis diseases. In this study, 9 acetamide-derived compounds with morpholino groups were used as drug candidates. After first performing conformational analysis of the compounds, their optimized structures were determined. Binding energies of drug candidate compounds and reference compounds with target enzymes were calculated and analyzed using molecular docking and molecular mechanics/generalized Born surface area (MM/GBSA) methods. According to the MM/GBSA calculation results, the interactions of the compounds and reference substances that gave the best results with the target enzymes were examined with a 100 ns molecular dynamics simulation. The drug properties of the compounds were determined by absorption, distribution, metabolism, elimination (ADME) calculations.
Benzer Tezler
- İzmir ve çevresinin sivrisinek türleri (diptera, culicidae) üzerine sistematik araştırma
Başlık çevirisi yok
TAHSİN YAZICIOĞLU
- Sayısal yükseklik modeli ve multikuadrik enterpolasyon yöntemi
Başlık çevirisi yok
ÇETİN CÖMERT
Yüksek Lisans
Türkçe
1988
Jeodezi ve FotogrametriKaradeniz Teknik ÜniversitesiHarita Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDAL KOÇAK
- Monohalojen sübstitüe benzo ŞcÖ cinnolinlerin sentezi ve bazı nükleofillerle verdiği aromatik nükleofilik sübstitüsyon reaksiyon ürünlerinin incelenmesi
The Synthesis of monohalide substituted benzo ŞcÖ cinnolines and the investigation of the products obtained by their aromatic nucleophilic substitution reactions with some nucleophiles
EMİNE KILIÇ
- Türkiye'nin chamaecytisus link türleri üzerinde taksonomik ve kimyasal araştırmalar
Başlık çevirisi yok
MELEKPER HEPER