Investigation of viral agents in walnut (Juglandis spp) trees byhigh throughput sequencing
Ceviz (Juglans spp.) ağaçlarındaki viral etmenlerin yüksek kapasiteli dizleme ile incelenmesi
- Tez No: 901488
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Cevizlerde gözlenen virüs benzeri simptomlar bilinen ve/veya bilinmeyen viral etkenlerle bağlantılı olabilmektedir. Cevizle ilgili hastalıklar üzerine yapılan güncel araştırmalarda virüs benzeri simptomları araştırmak için yüksek verimli dizileme teknolojileri kullanılmamıştır. Bu durumu ayrıntılı incelemek için, Ekim 2023'te Niğde ilindeki ceviz bahçelerinde ve ev bahçelerinde simptomatik ceviz ağaçları incelenmiştir. Çift zincirli RNA (dsRNA) ekstraksiyonu yapılmış, dsRNA'lar cDNA'ya dönüştürülmüş ve rastgele primerlerle PCR gerçekleştirilmiştir. B13, B22, B23 ve B21+5 örneklerinin PCR ürünleri Illumina Novaseq 6000 dizileme platformu kullanılarak dizilenmiştir. Elde edilen veriler Geneious Prime ve CLC Workbench kullanılarak biyoenformatik analize tabi tutulmuştur. CLC Workbench ile yapılan analizlerde daha fazla contig oluşturulmuştur ve bu veri ile yapılan Blastx analizlerinde daha kesin sonuçlar elde edilmiştir. Referans ile haritalama analizlerinde, cherry leaf roll virüsü (CLRV) (Nepovirus avii) örnek B21+5 örnek okumalarıyla eşleşirken, hıyar mozaik virüsü (CMV) (Cucumovirus CMV) örnek B23 okumalarıyla eşleşmiştir. Ceviz toplam RNA'ları, bu eşleşen virüslere spesifik primerler kullanılarak PCR ile test edilmiştir. Sadece B21 örneğinde CLRV (Nepovirus avii) tespit edilmiştir. Yüksek kapsiteli dizileme ile viral etmen tespitinde özellikle nukleik asit ekstraksiyon metotlarının geliştirilmesi önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
The virus-like symptoms observed in walnuts may be linked to known and/or unknown viral agents. The current research on walnut-related diseases has not utilized high-throughput sequencing technologies to investigate virus-like symptoms. To explore this further, symptomatic walnut trees were surveyed in walnut orchards and home gardens in Niğde province in October 2023. Double strand RNA (dsRNA) extraction was performed, dsRNAs were converted into cDNA and PCR was performed with random primers. The PCR products of samples B13, B22, B23 and B21+5 were sequenced using the Illumina Novaseq 6000 sequencing platform. The data were subjected to bioinformatics analysis using Geneious Prime and CLC Workbench. In the comparison, more contigs were constructed in CLC Workbench and precise results were obtained with Blastx. As a result of the map to reference analyses, the cherry leaf roll virus (CLRV) (Nepovirus avii) is matched with the sample B21+5 sample reads, and cucumber mosaic virus (CMV) (Cucumovirus CMV) is matched with the sample B23 reads. The matching viruses were tested with the virus specific primers in walnut total RNAs by PCR. Only CLRV was detected in B21 sample. It is recommended that in particular, nucleic acid extraction methods need to be improved for the detection of viral agents with high throughput sequencing.
Benzer Tezler
- Beş yaşın altındaki çocuklarda ve bağışıklık sistemi baskılanmış kişilerde solunum yolu infeksiyonlarının viral etkenlerinin araştırılması
Investigation of viral agents of respiratory infections in children under 5 years and in immunosuppressed patients
BAARİNİSA İSKANOVA
Doktora
Türkçe
2008
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLDEN YILMAZ
- Çocuklarda viral gastroenterit etkenlerinin multipleks PZR yöntemi ile araştırılması
Investigation of viral gastroenteritis agents in children by multiplex PZR
FATİH YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZDEMİR
- Solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda sık görülen viral etkenlerin çeşitli yöntemlerle araştırılması
Investigation of viral agents often occured in children with respiratory tract infection by various methods
ELA BAŞOK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELMA GÖKAHMETOĞLU
- Yeni viral etmenlerin narlarda [Punica granatum L.] yüksek kapasiteli dizileme ile saptanması, biyolojik ve epidemiyolojik özelliklerinin araştırılması, organik nar bahçelerinde taranması
Investigation of new viral agents in pomegranates [Punica granatum L.] by high throughput sequencing, their biological and epidemiological characteristics, screening in organic pomegranate orchards
HAMİDE DENİZ KOCABAĞ
Doktora
Türkçe
2022
ZiraatHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN
- Kronik viral hepatit c tedavisinde kullanılan direkt etkili antiviral ajanların etkinliğinin farklı hasta gruplarında incelenmesi
Investigation of efficacy for direct acting antiviral agents in the treatment of chronic viral hepatitis c in different patient groups
BURÇİN GÖNÜL İREMLİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
GastroenterolojiKocaeli Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN YILMAZ
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖKTUĞ ŞİRİN