Characterization of SOX7 transcription factor that is located in recurrently deleted 8p23.1 locus on development and drug resistance of multiple myeloma through molecular, epigenomic, and transcriptomic approaches
Sıklıkla delesyona uğrayan 8p23.1 lokusunda yer alan SOX7 transkripsiyon faktörünün multipl miyelom gelişimi ve tedavi direncindeki rolünün moleküler, epigenomik, ve transkriptomik yöntemlerle karakterizasyonu
- Tez No: 897804
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CAN KÜÇÜK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Hematoloji, Onkoloji, Genetics, Hematology, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Multipl miyelom, Multiple myeloma
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Multipl miyelom (MM), plazma hücrelerinin anormal çoğalmasından kaynaklanan yaygın bir hematolojik kanserdir. Şifası olmamakla birlikte, nüks hastalarda ilaç direnci görülmektedir. Bu bağlamda, MM gelişimini ve tedavi direncinin ardındaki mekanizmaları araştırmak önem taşımaktadır. SOX7, sıklıkla delesyona uğrayan 8p23.1 lokusunda bulunan bir tümör baskılayıcı gen adayı olup, literatürde çeşitli kanser tipleri için tümör baskılayıcı özellikleri gösterilmiştir. Ancak daha önce multipl miyelomda incelenmemiştir. Bu çalışmada, qPCR ve bisülfit dizileme analizleri ile SOX7'nin MM hücre hatlarında delesyon ve/veya promotör hipermetilasyonu yoluyla sessizleştiğini gösterdik. Western blot ile SOX7'nin MM hücrelerinde protein düzeyinde ifade edilmediği gözlemlendi. Harici SOX7 ifadesinin MM hücrelerinde G1 fazında hücre döngüsü tutuklanmasına yol açabileceğini ve apoptozu tetikleyebileceğini gözlemledik. Panobinostat muamelesinin SOX7 mRNA seviyelerinde artışa neden olduğu, apoptozu tetiklediği ve MM hücre hatlarında G1 veya S fazında hücre döngüsü tutuklanmasına neden olduğu gözlemlendi. Ancak, apoptoz seviyelerinde anlamlı bir artış olmadığından, harici SOX7 ifadesinin bortezomib duyarlılığını arttırmamaktadır. Harici SOX7 ifadesi sonrası farklı ifade edilen genleri ve SOX7 hedef genlerini bulmak için tüm transkriptom dizileme ve kromatin immünopresipitasyon dizileme deneylerini gerçekleştirdik. Sonuç olarak, bulgularımız doğrultusunda SOX7'yi MM'de bir tümör baskılayıcı gen olarak karakterize ettik; ve MM'de prognostik bir biyobelirteç veya terapötik hedef olma potansiyelini gösterdik.
Özet (Çeviri)
Multiple myeloma (MM) is a common hematological cancer, originating from abnormal proliferation of plasma cells. Current treatments do not result in recovery; and cancer relapses with drug resistance. Hence, it is crucial to investigate the mechanism behind MM development and therapy resistance. SOX7 is a candidate tumor suppressor gene in recurrently deleted 8p23.1 locus. Its tumor suppressor properties were shown in various cancer types. However, it was not studied in multiple myeloma before. In this study, qPCR and bisulfite sequencing analyses showed that SOX7 is silenced in MM cell lines via deletion and/or promoter hypermethylation. Western blot showed that SOX7 is not expressed in MM cell lines. We found that ectopic expression of SOX7 can result in cell cycle arrest in G1 phase and trigger apoptosis in MM cells. Panobinostat treatment resulted in increase in SOX7 mRNA levels, triggered apoptosis and caused cell cycle arrest in G1 or S phase in MM cell lines. However, we did not find any additive or synergistic effect between ectopic SOX7 expression and bortezomib as there was no significant increase in apoptosis levels. We performed whole transcriptome sequencing and chromatin immunoprecipitation sequencing to identify differentially expressed genes and SOX7 target genes respectively, when SOX7 was ectopically expressed. In conclusion, we characterized SOX7 in MM as a tumor suppressor gene and showed its potential as a therapeutic target in MM.
Benzer Tezler
- Development of zeolite-based adsorbents for deep desulfurization of liquefied petroleum gas
Sıvılaştırılmış petrol gazının kükürtten arındırılması için zeolit esaslı adsorbanların geliştirilmesi
BETÜL BULUT
Doktora
İngilizce
2023
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞERİFE BİRGÜL ERSOLMAZ
- Recycling and reuse of metals with deep eutectic solvents: A green and circular approach for the resynthesis of NMC cathodes from li-ion battery nmc cathode materials
Derin ötektik çözücüler ile metallerin geri dönüşümü ve yeniden kullanımı: li-iyon pil NMC katotlarından yeşil ve döngüsel bir yaklaşımla yeniden NMC katot sentezi
GİZEM BURCU BİLGİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLLUR DENİZ KARAHAN
- Sarkozin tayini için yeni bir biyosensör geliştirilmesi
Development of a novel biosensor for determination of sarcosine
DUYGU KILIÇ
- İç ortamdaki inorganik ve organik kirleticilerin yeni teknolojiler ile giderilmesi
Removal of inorganic and organic pollutants in the indoor air by new technologies
BİLGE BETÜL ÖZÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELEK MÜMİNE EROL TAYGUN
- Metandan katalitik yolla hidrojen üretimi
Catalytic hydrogen production from methane
MUSTAFA KARAKÖSE
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Kimya MühendisliğiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ALAİTTİN HASTAOĞLU