Investigation of genetic predisposition in childhood tumors by next-generation sequencing-based technologies
Çocukluk çağı tümörlerinde genetik yatkınlığın yeni nesil dizilemeye dayalı teknolojilerle araştırılması
- Tez No: 881536
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖZDEN HATIRNAZ NG, DOÇ. DR. NİHAT BUĞRA AĞAOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Çalışmaları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kalıtsal kanserler, tüm kanser kanserlerinin %5-10'unu oluşturur. Çocukluk çağı kanserlerindeyse bu oran %10-15'e çıkmaktadır. Bu tezde, çocuk olgularda kalıtsal kanser riskinin daha yüksek olması nedeniyle, Jongman kriterlerine göre ailesinde pozitif kanser öyküsü olan çocukluk çağı kanser olgularında kansere yatkınlık varyantlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaca yönelik olarak, Wilms tümörü (n=2), B hücreli akut lenfoblastik lösemi (n=2), T hücreli akut lenfoblastik lösemi (n=1), lenfoma (n=1), glionöronal tümör (n=1), medulloblastoma (n=1), glioblastoma (n=1) ve pilositik astrositom (n=1) tanısı almış toplam 10 çocukluk çağı kanser vakası, yeni nesil dizileme teknolojileriyle değerlendirilmiştir. Her indeks vaka için klinik ekzom dizilimi yapılmış, veri işleme ve filtreleme prosedürlerinden sonra on hastada 23 aday varyant tanımlanmıştır. Bu varyantlar Sanger dizilimi yoluyla değerlendirilmiş ve hem etkilenen hem de etkilenmeyen aile üyelerinin segregasyon analizleri yapılmıştır. Sonuçlara dayanarak klinik açıdan anlamlı 23 aday varyanttan 13'ü klinik ile ilişkilendirilmiş olup bu varyantlardan sekizi muhtemel patojenik veya patojenik olarak sınıflandırılırken, yedisi American College of Medical Genetics kriterlerine göre önemi bilinmeyen varyant olarak sınıflandırılmıştır. Bu tez sayesinde doktorlarda kanser yatkınlığı konusunda farkındalık yaratılması, ailelerin çoğunda literatürde tanımlanmamış varyantların ortaya çıkarılması, ailelere genetik danışmanlık sağlanması, klinik ekzom dizilemenin kanser tanısında, özellikle tüm ekzom/tüm genom seçeneklerinin mümkün olmadığı bölgelerde kullanılabilirliği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Hereditary cancers are accounted for 5-10% of the overall cancer cancers. The ratio of the hereditary cancers increases to 10-15% in pediatric cancer cases. Due to the higher hereditary cancer risk in childhood cancer cases, in this thesis, it was aimed to identify cancer predisposition variants in pediatric cancer cases with positive family history of cancer based on Jongman's criteria. Here we examined ten different families with pediatric index cases: Wilms' tumor (n=2), B-cell acute lymphoblastic leukemia (n=2), T-cell acute lymphoblastic leukemia (n=1), lymphoma (n=1), glioneuronal tumor (n=1), medulloblastoma (n=1), glioblastoma (n=1), and pilocytic astrocytoma (n=1) with next-generation sequencing technologies. Clinical exome sequencing was performed for each index case, and after the data processing and filtering procedures, clinically relevant 23 candidate variants in ten patients were identified. These variants were validated via Sanger sequencing. Furthermore, Sanger sequencing was also performed for both affected and unaffected family members for segregation analysis. Based on the results, we detected 15 out of 23 candidate variants that are clinically relevant. Eight of these variants were classified as likely pathogenic or pathogenic, whereas seven of them were variant of unknown significance based on American College of Medical Genetics guidelines. The outcomes of this thesis include cancer predisposition awareness in physicians, uncovering the novel variants in most of the families, providing genetic counselling to the families, highlighting the importance and power of the clinical exome sequencing.
Benzer Tezler
- Febril konvülziyon geçiren hastalarda IL 2, IL 6 ve IL10 sitokin genlerinin yeni nesil dizi analizi ile araştırılması
Investigation of IL 2, IL 6 and IL 10 cytokine genes in patients with febrile convulsions by next generation sequence analysis
FATİH KAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDüzce ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖNDER KILIÇASLAN
- Ulaş Sağlık Ocağı merkezinde nüfusun bazı niteliklerine ve konutların durumuna ilişkin bir çalışma
An Investigation carried out at the Ulaş Public Health Centre concerning some characteristics of the population and housing conditions in the district of Ulaş
EROL ŞANLI
Doktora
Türkçe
1985
Halk SağlığıCumhuriyet ÜniversitesiHalk Sağlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERVET ÖZGÜR
- Antakya tarihi ticaret merkezi mekansal yapı değişim ve gelişim sürecinin kent ticaret merkezi planlamasına etkinliği
The Effectiveness of spatial structural chance and development period of the historical trade center of Antakya in the urban trade planning
NEVİN TURGUT
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Şehircilik ve Bölge PlanlamaGazi ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURCAN UYDAŞ
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Pik demiri ve karbon çeliğinin sulu çözeltiler içindeki korozyon hızının tayini
Determination of the rate of corrosion of the cast iran and carbon steel in the aqueous solutions
EMİNE NAZAN ÜNAL
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Kimya MühendisliğiGazi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAYRİ YALÇIN