Geri Dön

Pulsed-field jel elektoforez yöntemi ile domates ve biberde yaprak lekesi etmeni (xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria)'nın genom büyüklüğünün saptanması ve fiziksel haritasının oluşturulması

Genome size and physical map of a causal agent of tomato and pepper leaf spot disease (xanthomonas axonopodis pv., vesicatoria) by pulsed-field electrophoresis

  1. Tez No: 88141
  2. Yazar: ESİN BASIM
  3. Danışmanlar: PROF. DR. OKTAY YEĞEN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria, Pulsed-Field Jel Elektroforez (PFGE), Fiziksel haritalarına, Az sıklıkla kesen restriksiyon enzimleri, Genom analizi, CHEF-DR II sistemi, domates ve biber bakteriyel leke hastalığı, Genetik haritalama, Biber, Bitki koruma, Domates, Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria, Pulsed- Field Gel Electrophoresis (PFGE), Physical map Rare - cutting enzymes, Genome analysis, CHEF - DR II system, Bacterial spot disease in pepper and tomato, Genetic map COMMITTEE : Prof. Dr. Oktay YE?EN (Akdeniz University, Antalya) Prof. Dr. Jeffrey B. JONES (University of Florida, USA) Assoc. Prof. Dr. Sara DOLAR (Ankara University, Ankara) IV, Pepper, Plant protection, Tomato, Genetic mapping
  7. Yıl: 1998
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

öz PULSED-FIELD JEL ELEKTROFOREZ YÖNTEMİ İLE DOMATES VE BİBERDE YAPRAK LEKESİ ETMENİ (Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria) ' NIN GENOM BÜYÜKLÜĞÜNÜN SAPTANMASI VE FİZİKSEL HARİTASININ OLUŞTURULMASI Esin BASIM Doktora Tezi, Bitki Koruma Anabilim Dalı 1. Danışman: Prof. Dr. Oktay YEĞEN 2. Danışman: Prof. Dr. Jeffrey B. JONES Ağustos 1998, 83 Sayfa Bu çalışmada, Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria' nın genom büyüklüğü ve bir başlangıç fiziksel haritası pulsed -field jel elektroforez (PFGE) ve az sıklıkla kesen restriksiyon enzimleriyle tanımlanmıştır. 32 az sıklıkla kesen restriksiyon enzimleri farklı kesim koşulları altında X. a. vesicatoria' nın kromozomundan büyük DNA fragmentleri oluşturmak amacıyla test edilmiştir ve PFGE ile bu fragmentlerin ayrılması amacıyla farklı yürütme programları kullanılmıştır. Spe I (5' -ACTAGT- 3'), Pac I (5' -TTAATTAA- 3'), Swa I (5' - ATTTAAAT- 3') ve Ase I (5' -ATTAAT- 3') enzimleri 6 ile 30 adet DNA fragmentleri oluşturmuşlar ve optimum koşullar altında ayrılmışlardır. Her bir ırkın genomik büyüklüğü PFGE ile ayrılan DNA fragmentlerinin büyüklükleri toplanarak tespit edilmiştir ve ırka bağlı olarak büyüklükler 4000 kb' den 5000 kb' ye kadar değişmiştir. Spe I, Pac I ve Swa I enzimlerinin oluşturduğu fragmentler X. a. vesicatoria XvP26' in fiziksel haritasının oluşturulması için kullanılmıştır. XvP26 ırkının genom büyüklüğü Spe I, Pac I ve Swa I enzimleri kullanılarak 5055 kb olarak tespit edilmiştir, hrp, avrBs2, pig ve avrRxv gen lokusları Spe I, Pac I ve Swa I ile kesilen ve PFGE ile ayrılan DNA fragmentleri üzerine Southern hibridizasyon tekniği ile bu genlerin yerleri belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT GENOME SIZE AND PHYSICAL MAP OF A CAUSAL AGENT OF TOMATO AND PEPPER LEAF SPOT DISEASE (Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria) BY PULSED-FIELD GEL ELECTROPHORESIS Esin BASIM Ph. D. Dissertation in Department of Plant Protection Advisor : Prof. Dr. Oktay YEDEN Co-Advisor : Prof. Dr. Jeffrey B. JONES August 1998, 83 Pages The genome size and a preliminary physical map of Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria were determined by Pulsed-Field Gel Electrophore sis (PFGE) and a rare-cutting restriction enzymes in this research. Thirty -two rare-cutting restriction enzymes were tested for their ability to generate macrorestriction DNA fragments from the chromosome of X. a. vesicatoria under different digestion conditions and different running programs and were used for separation of the fragments by PFGE. The enzymes Spe I (5' - ACTAGT -3'), Pac I (5' -TTAATTAA- 3'), Swa I (5' -ATTTAAAT- 3') and Ase I (5' -ATTAAT- 3') yielded 6-30 DNA fragments and were separated under opti mum conditions. The genomic size of each strain was determined by adding the sizes of DNA fragments separated by PFGE, and the size varied from 4000 to 5000 kb depending upon the strain. Fragments generated by Spe I, Pac I and Swa I were used for construction of a physical map of the X. a. vesicatoria XvP26. Genome size of the strain XvP26 was determined as 5055 kb with Spe I, Pac I and Swa I enzymes. The hrp, avrBs2, pig and avrRxv loci were located by Southern hybridization on DNA fragments digested with Spe I, Pac I and Swa I and separated by PFGE.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    23397

    Transformation of saccharomyces cerevisiae with a shuttle vector plasmid DNA from E.Coli by electroporation

    Saccharomyces cerevisiae hücrelerinin E.Coli'den alınmış bir“shuttle vektör”plazmit DNA'sı ile elekroporasyon yöntemi ile transformasyonu

    FARZİN ROUHVAND

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1992

    BiyomühendislikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ

  2. Tez No

    95548

    Lipozom-protoplastelektrofüzyon metodu ile aspergillus niger kökenli glikoamilaz geninin saccharomyces cerevisiae hücrelerine aktarılması ve ekspresyonu

    Transfer and expression of aspergillus niger originated glucoamylase gene to saccharomyces cerevisiae using liposome-protoplast electrofusion method

    GÖKHAN CORAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    BiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖMER ÇOLAK

  3. Tez No

    91962

    Streptococcus pneumoniae suşlarının penisiline duyarlılık durumu ve serotiplendirilmesi; penisiline dirençli suşların“ pulsed-field gel elektrophoresis”ile klonal yakınlıklarının araştırılması

    Penicilin susceptibility and serotyping of streptococcus pneumoniae strains; investigation of clonality in penicilin-resistant strains

    DUYGU EŞEL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    MikrobiyolojiErciyes Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. A. BÜLENT SÜMERKAN

  4. Tez No

    86577

    Tip 1 kompleks rejyonel ağrı sendromunda pulse elektromanyetik alan tedavisinin etkinliği

    The Efficacity of pulsed electromagnetic field therapy in type 1 complex regional pain syndrome (Cras 1)

    ABUBEKİR DURMUŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyonİstanbul Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. LÜTFİYE MÜSLÜMANOĞLU

  5. Tez No

    84159

    Kesikli-serbest sistemde ve akışkan yatak biyofilm reaktörde manyetik alan uygulamasının atıksu arıtımına etkileri

    Effects of magnetic field application on wastewater treatment in suspended batch system and fluidized bed biofilm reactor

    HÜLYA YAVUZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Çevre MühendisliğiHacettepe Üniversitesi

    Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. SERDAR SUUD ÇELEBİ

Geri Dön