İnflamasyon ilişkili kodlama yapmayan uzun RNA (lncRNA) ekspresyon profilinin, kronik viral hepatit ve bu zeminde gelişmiş hepatosellüler karsinomlardaki patogenetik ve prognostik önemi
Pathogenetic and prognostic significance of inflammation associated long non-coding RNA (lncRNA ) expression profile in chronic viral hepatitis and chronic viral hepatitis associated hepatocellular carcinoma
- Tez No: 849645
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖZGÜL SAĞOL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Moleküler Tıp, Patoloji, Molecular Medicine, Pathology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Patoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, kronik viral hepatit (KVH) zemininde gelişmiş siroz ve hepatosellüler karsinomda (KVH-HSK) inflamasyon ilişkili lncRNA ekspresyon profili ve bu profilin klinikopatolojik faktörlerle ve inflamatuar hücrelerin immunohistokimyasal fenotipi ile ilişkisinin aydınlatılması amaçlanmıştır. Analizler için formalinde tespitlenmiş parafine gömülü doku kullanılmıştır. İlk aşamada, sirotik KVH, KVH-HSK, peritümöral parankim ve normal karaciğer doku örneklerinde (n=48) 84 inflamasyon ilişkili lncRNA içeren hazır bir panel kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) array çalışması yapılmıştır. Ardından, RT-PCR array testinde ekspresyon düzeyleri en az üç grupta >2 ya da <-2 kat değişimi gösteren 7 adet lncRNA (DLEU2, HOTAIR, LINC00635, LINC00662, RP11-549J18. 1, SNHG16, XIST) belirlenerek 24 KVH-HSK, 24 peritümöral sirotik parankim ve 24 sirotik KVH örneğinde assay şeklinde RT-PCR ile ekspresyon analizi yapılmıştır. Ayrıca, 39 KVH-HSK, 39 peritümöral sirotik parankim ve 40 sirotik KVH örneğinde immunohistokimyasal olarak CD3, CD4, CD8, CD20, CD25, CD163, CTLA-4 ve PD-1 ekspresyonu araştırılmıştır. Bulgular istatistiksel olarak karşılaştırılmıştır. Kronik inflamasyon sirotik karaciğer parankiminde inflamasyon ilişkili lncRNA ekspresyon düzeylerinde değişikliğe neden olmaktadır. Bulgularımız bu lncRNA'ların hepatokarsinogenezde rolü olabileceğini göstermektedir. DLEU2, SNHG16, XIST ve HOTAIR ekspresyonları ile intratümöral/peritümöral inflamatuvar hücrelerin alt tipleri arasında ve intratümöral/peritümöral inflamatuar hücre immunprofili ile çeşitli klinikopatolojik özellikler arasında anlamlı ilişkiler bulunmuştur. CD3, CD8, CD25, CTLA-4 ve PD-1 eksprese eden intratümöral ve peritümöral inflamatuar hücreler KVH-HSK biyolojik davranışına etki ediyor görünmektedir.
Özet (Çeviri)
The aim of this study was to explore the association between inflammation associated lncRNA expression profile, clinicopathological factors and immunohistochemical profile of inflammatory cells in cirrhotic chronic viral hepatitis (CVH) and CVH associated hepatocellular carcinoma (CVH-HCC). The analyses were done using formalin fixed paraffin embedded tissue samples. First, expressions of inflammation associated lncRNAs were measured in CVH, CVH-HCC, peritumoral tissue and normal liver samples (n=48) by real time polymerase chain reaction (RT-PCR) using a commercial array of 84 inflammation-associated lncRNAs. Then, 7 lncRNAs (DLEU2, HOTAIR, LINC00635, LINC00662, RP11-549J18. 1, SNHG16, XIST) showing different expression levels with >2 or <-2 fold change in at least 3 group comparisons were further analyzed by assay testing in 24 CVH-HCC, 24 peritumoral cirrhotic parenchyma and 24 CVH samples. In addition, immunohistochemical expressions of CD3, CD4, CD8, CD20, CD25, CD163, CTLA-4 and PD-1 were investigated in 39 CVH-HCC, 39 peritumoral cirrhotic parenchyma and 40 cirrhotic CVH samples. The results were statistically compared. Chronic inflammation causes alterations in expression of inflammation-associated lncRNAs in cirrhotic liver parenchyma. Our findings suggest that these lncRNAs may be involved in hepatocarcinogenesis. Significant associations between expressions of DLEU2, SNHG16, XIST and HOTAIR, several clinicopathological parameters and subtypes of intratumoral/peritumoral inflammatory cells. Intra- and/or peri-tumoral CD3, CD8, CD25, CTLA-4 and/or PD-1 expressing inflammatory cells seem to affect the biological behavior of CVH-HCC.
Benzer Tezler
- The role of long noncoding RNA NEAT1 in regulation of microglial NLRP3 inflammasome activation
Mikroglial NLRP3 inflamazom aktivasyon regülasyonunda uzunkodlama yapmayan RNA NEAT1'in rolü
BORA TAŞTAN
Doktora
İngilizce
2023
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞERMİN GENÇ
- Mikrorna'ların hashimoto tiroiditi'ndeki rolü
The role of mikrornas in hashimoto thyroiditis
HALE ÖNDER YILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
GenetikKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALPER HAN ÇEBİ
- Ailevi akdeniz ateşinde mikrorna'ların ekisinin değerlendirilmesi
Evaluating the effects of micrornas on familial mediterranean fever
HACER ÖRSDEMİR HORTU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHSİN ÖZGÜR ÇOĞULU
- Investigation of the effect of electrical stimulation on proteotoxic models of caenorhabditis elegans
Elektrik stimülasyonunun caenorhabditis elegans proteotoksik modeller üzerindeki etkilerinin incelenmesi
BAHRİYE ERKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FUNDA ŞAR
- Ailevi akdeniz ateşi olgularında vertebral kemik iliği yağ oranlarının manyetik rezonans görüntüleme ile değerlendirilmesi ve sağlıklı bireyler ile karşılaştırılması
Evaluation of vertebral bone marrow fat content using magnetic resonance imaging in patients with familial mediterranean fever and comparison with healthy controls
GİZEM ÜNAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
Radyoloji ve Nükleer TıpSağlık Bilimleri ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İCLAL ERDEM TOSLAK