Geri Dön

Characterization of alterations in epigenome caused by IDH1 mutations at the earliest stages of gliomagenesis

Gliom oluşumunun erken aşamalarında IDH1 mutasyonlarının epigenomda yol açtığı değişimlerin karakterizasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 842702
  2. Yazar: BURCU EKİNCİ GÖRGÜN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Glioma gelişiminde rol oynadığı bilinen diğer mutasyonlardan önce geliştiği gösterilen izositrat dehidrogenaz (IDH1/2) mutasyonlarının gliomagenezi tetiklendiğine inanılmaktadır. Bugüne kadar yapılan çalışmalarda, glioma gelişiminin erken aşamaları araştırılırken çoğunlukla heterojen tümör örnekleri veya onkogenik mutasyonlara sahip hücreler kullanılmıştır. Bu durum, gliomagenezin IDH1/2 mutasyonlarıyla nasıl tetiklendiği hakkındaki bilgilerimizi kısıtlamaktadır. Ayrıca, IDH1/2 mutasyonlarının neden olduğu epigenomik değişimlerin incelenmesi metilasyon dizileri, RNA-seq ve ekspresyon mikrodiziler ile ChIP-seq temelli klasik histon metilasyon analizlerinin ötesine geçememiştir. Bu çalışmanın amacı, gliomagenezde en erken görülen IDH1-R132H mutasyonunun, 3 boyutlu ortamda kültürlenen nöral progenitör hücrelerin (NPH) epigenomunda yol açtığı kalıcı değişimlerin anlaşılmasıdır. Bunun için öncelikle, doksisiklinle indüklenebilir IDH1 (Mutant ve vahşi tip) ifade eden İmmortalize İnsan Astrositleri (IHA'lar) ile koşullandırılmış ortam elde edildi. Bu ortam örnekleri daha sonra, insan pluripotent kök hücrelerden (hiPSC) farklılaştırılmış NPH'lere aljinat bazlı bir 3D matris içinde belirli sürelerde verildi. Farklı besiyerlerine maruz bırakılan NPH'lerden üç zaman noktasında (gün 0, gün 14, gün 17) alınan hücrelerden RNA izole edilerek RT-qPCR ve RNA-seq analizleri gerçekleştirildi. RT-qPCR ile IDH1 mutant gliomalarda değiştiği bildirilen anahtar genler kontrol edildi. Daha sonra, ChIP-qPCR ve MeDIP-qPCR ile histon ve DNA'daki epigenetik işaretler analiz edildi. Bu analizler için lokus seçiminde özellikle, grubumuzun önceki çalışmalarında literatüre ilk kez kazandırdığımız 8q24 yerleşimli gliom riskinde IDH1-MYC ilişkisine dair mekanistik bilgiyi, daha ileriye taşımayı ve in vitro bir modelde doğrudan gösterme amacını ön planda tuttuk. Elde ettiğimiz bulgular, IDH1-MYC ekseninde oluşan ve gliomagenezi başlatıcı olduğunu düşündüğümüz onkogenik değişimlerin doğrudan hedeflerinden birinin ID1 (farklılaşma inhibitörü) geni olduğuna, bu genin indüklenmesi sonucunda ise hücrelerin daha az differensiye bir fenotipe büründüğüne işaret etmektedir.

Özet (Çeviri)

Isocitrate dehydrogenase (IDH1/2) mutations, which have been shown to develop before other mutations known to play a role in glioma development, are believed to trigger gliomagenesis. Studies to date have mostly used heterogeneous tumor samples or cells with oncogenic mutations when investigating the early stages of glioma development. This limits our knowledge of how gliomagenesis is triggered by IDH1/2 mutations. Moreover, examination of epigenomic changes caused by IDH1/2 mutations has not gone beyond classical histone methylation analyzes based on methylation arrays, RNA-seq and expression microarrays, and ChIP-seq. The aim of this study was to understand the permanent changes caused by the IDH1-R132H mutation, which is the earliest seen in gliomagenesis, in the epigenome of neural progenitor cells (NPCs) cultured in a 3D environment. For this, firstly, conditioned medium with Immortalized Human Astrocytes (IHAs) expressing doxycycline-inducible IDH1 (Mutant and wild type) was obtained. These media samples were then delivered for specified periods of time to NPCs differentiated from human pluripotent stem cells (hiPSC) in an alginate-based 3D matrix. RT-qPCR and RNA-seq analyzes were performed by isolating RNA from cells taken at three time points (day 0, day 14, day 17) from NPCs exposed to different media. Key genes reported to be altered in IDH1 mutant gliomas were checked by RT-qPCR. Then, epigenetic marks in histones and DNA were analyzed by ChIP-qPCR and MeDIP-qPCR. In selecting the loci for these analyses, we particularly prioritized the aim of furthering the mechanistic information regarding the IDH1-MYC relationship in the risk of glioma located at 8q24, which we brought to the literature for the first time in our group's previous studies, and directly demonstrating it in an in vitro model. Our findings indicate that one of the direct targets of the oncogenic changes that occur in the IDH1-MYC axis, which we think are initiators of gliomagenesis, is the ID1 (inhibitor of differentiation) gene, and that as a result of the induction of this gene, the cells take on a less differentiated phenotype.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    200250

    Characterization of gene expression alterations in b-catenin activated Huh7 hepatocarcinoma cell lines by construction and verification of a SAGE library

    B-katein ile aktive edilmiş Huh7 hepatokarsinom hücre hattında gen anlatım farklılıklarının SAGE kütüphanesi oluşturulup doğrulanarak karakterize edilmesi

    KADER ÇAVUŞOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET KOMAN

  2. Tez No

    416559

    Characterization of molecular-level changes due to MicroRNA-125b expression in breast cancer cells by spectroscopic and chemometric analysis techniques

    Meme kanseri hücrelerinde MikroRNA-125b ifadesinin moleküler düzeyde neden olduğu değişimlerin spektroskopik ve kemometrik analiz teknikleri ile karakterizasyonu

    NİHAL ŞİMŞEK ÖZEK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİDE SEVERCAN

    DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

  3. Tez No

    897385

    Characterization of the MOH1 protein in the yeast model

    MOH1 proteininin maya modelinde karakterizasyonu

    ÇAĞLA ECE OLGUN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MESUT MUYAN

  4. Tez No

    313655

    Macromolecular characterization of adipose tissues in inbred obese mouse models

    İnbred obez fare modelleri adipoz dokularının makromoleküler karakterizasyonu

    İLKE ŞEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİDE SEVERCAN

  5. Tez No

    338377

    Phenotypical characterization of microRNA-106b overexpression in MCF10A breast cell line

    MikroRNA-106b aşırı ifadesinin MCF10A meme hücrelerinde fenotipik karakterizasyonu

    CANSARAN SAYGILI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. A. ELİF ERSON BENSAN

Geri Dön