Mutation analysis of IDH1 gene in prostate cancer patients by next generation sequencing method
Prostat kanseri hastalarında IDH 1 gen mutasyonlarının yeni nesil dizileme metodu ile belirlenmesi
- Tez No: 834946
- Danışmanlar: PROF. DR. TURGAY İSBİR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Dizi analizi, Mutasyon, Neoplazmlar, Prostat hastalıkları, Prostat neoplazmları, Sequence analysis, Mutation, Neoplasms, Prostatic diseases, Prostatic neoplasms
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Erkekler arasında en sık görülen ikinci kanser türü prostat kanseridir. Çalışmamızın amacı, potansiyel mutasyonları ve onların hastalığın risk sınıfları ile ilişkisini saptamak için IDH1 başta olmak üzere MGMT ve ATRX genlerini yeni nesil dizileme ile değerlendirmektir. Analizler prostat kanseri tanısı almış 27 hastanın periferik kan örnekleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Yeni nesil dizileme ile IDH1, MGMT ve ATRX genleri değerlendirildi. Ayrıca, tespit edilen mutasyonların D'Amico orta-risk ve yüksek-risk grupları için belirteç adaylığını değerlendirmek için analiz yapılmıştır. Çalışma grubunun ortalama yaşı 68 (53-83) olmakla birlikte, hastaların %88.89'u 60 yaş ve üzeri iken, %11.11'i 60 yaşın altındaydı. Hasta grubunun prostat hacmi (p=0.003), PSA seviyesi (p=0.048), cT1c (p=0.000), Gleason skoru (p=0.001), Tm yüzdesi (0.0006) gibi klinik veriler orta-riskli ve yüksek-riskli hasta grupları arasında anlamlı olarak farklılık göstermiştir. Araştırmaya konu olan hedef genlerin dizilimi sonucunda, 3'ü IDH 1'de, 6'sı MGMT'de, 2'si ATRX'te olmak üzere toplamda 11 mutasyon tespit edilmiştir. Tespit edilen mutasyonların büyük çoğunluğu prostat kanserinde ilk defa tanımlanmıştır. D'Amico risk gruplarına göre MGMT geninde tespit edilen c.159C>T (rs1803965) ve c.250C>T (rs12917) mutasyonlarının anlamlı olarak farklılık gösterdiği belirlenmiştir (p=0.017). IDH1 c.548A>G missense mutasyonunu taşıyan hastanın heterozigot mutant, MGMT geni c.159C>T sinonim varyantını taşıyan beş hastanın heterozigot mutant ve MGMT geni c.250C>T missens mutasyonunu taşıyan beş prostat kanseri hastasının heterozigot mutant karakterde olduğu Sanger sekanslaması ile doğrulanmıştır. Tanimlanan mutasyonların klinik uygulamalarda değerlendirmeye alınabilmesi tartışmaya açık olmasına rağmen, moleküler belirteçlerin prostat kanserinin sınıflandırmasında değerlendirmeye alınması gerektiği açıktır. Bununla birlikte, moleküler parametrelerin standart değerlendirme kriterlerine dahil edilmesinin prostat kanseri hastalarının klinik verilerinin daha yüksek doğruluk oranıyla değerlendirilerek, kişiye özel tedavi yöntemlerinin daha etkin bir şekilde uygulanabilmesine katkı sunacaktır.
Özet (Çeviri)
The second most common type of cancer among men is prostate cancer. The aim of our study was to evaluate MGMT and ATRX genes, especially IDH1, with next-generation sequencing, to detect potential mutations and their relationship with risk classes of the disease. Analyses were performed using peripheral blood samples from 27 patients diagnosed with prostate cancer. IDH1, MGMT and ATRX genes were evaluated by next generation sequencing. In addition, analysis was performed to evaluate the effects of detected mutations in D'Amico intermediate-risk and high-risk groups. The mean age of the study group was 68 years (53-83); 88.89% of the patients were aged 60 years or older, and 11.11% were under 60 years of age. The prostate volume, PSA level, cT1c, Gleason score, and Tm % of the patient group's clinical data were significantly different between the intermediate-risk and high-risk patient groups (p=0.003, p=0.048, p=0.000, and p=0.001, respectively). The target genes were sequenced, and as a result, 11 mutations were found in total: 3 in IDH1, 6 in MGMT, and 2 in ATRX genes. The majority of the detected mutations in prostate cancer were identified for the first time. According to D'Amico risk groups, it was found that the c.159C>T (rs1803965) and c.250C>T (rs12917) MGMT gene mutations varied significantly from one another (p=0.017). The heterozygous mutant genotypes of the patient with the IDH1 c.548 A>G (rs34599179) missense mutation, the five patients with the MGMT gene c.159C>T synonymous mutation, and the five prostate cancer patients with the MGMT gene c.250C>T missense mutation were confirmed by Sanger sequencing. These identified mutations should undoubtedly be included in the classification of prostate cancer. Whether or not they can be assessed in clinical applications is debatable. However, integrating molecular parameters with standard evaluation criteria will contribute to the application of personalized treatment methods by evaluating the clinical data of prostate cancer patients with a higher accuracy rate.
Benzer Tezler
- Yeni nesil dizileme yöntemiyle solid tümör örneklerinde kanserle ilişkili genlere ait patojenik varyantların belirlenmesi ve hastalıkla olan ilişkisinin araştırılması
Identification of pathogenic variants in cancer-associated genes and investigation of their relationship with the disease in solid tumor samples using Next-Generation Sequencing(NGS) method
CANSU ÖĞE
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NACİ ÇİNE
- Mimari çevrede değişme sürecinin analizi Ulus-Çankaya aksi (Ankara) üzerinde bir deneme
Başlık çevirisi yok
MUSTAFA KANDİL
Doktora
Türkçe
1987
MimarlıkKaradeniz Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. D. ZAFER ERTÜRK
- Belgrad ormanının rekreasyon potansiyeli ve planlama ilkelerinin saptanması
Determination of recreational potential and planning principles for Belgrad forest
M.TEVFİK PEHLİVANOĞLU
- Malignite ile tek gen mutasyonları ve kromozom düzensizliklerinin ilişkisi üzerine araştırmalar
Investigations on the relationship between malignancy and a single gene mutation and chromosomal abnormalities
M. NAİL ALP
Doktora
Türkçe
1983
Tıbbi BiyolojiDicle ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. NURETTİN BAŞARAN