Assesment of genetic relationship between durum wheat genotypes using highly polymorphic microsatellite markers
Yüksek düzeyde polimorfizm gösteren mikrosaletit belirleyicileri kullanılarak durum buğdaylarının genetik ilişkilerinin saptanması
- Tez No: 82564
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MAHİNUR S. AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Mikrosatelitler, Genetik Akrabalık, Buğday, Moleküler Belirleyiciler. M, Genetik, Makarnalık buğday, Polimorfizm-genetik, Microsatellites, Genetic Relationship, Wheat, Molecular Markers IV, Genetics, Durum wheat, Polymorphism-genetic
- Yıl: 1999
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
öz YÜKSEK DÜZEYDE POLİMORFİZM GÖSTEREN MİKROSATELÜT BELİRLEYİCİLERİ KULLANILARAK DURUM BUĞDAYLARININ GENETİK İLİŞKİLERİNİN SAPTANMASI Doğrar, Nurdan Yüksek Lisans. Biyokimya Bölümü Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Mahinur S. Akkaya Temmuz 1999, 121 sayfa DNA'ya bağlı belirleyiciler, çeşitlerin genotiplerini birbirlerinden ayırmak için kullanılan temel belirleyicilerdir. Basit Dizilim Tekrar DNA'ları (BDTD) ya da mikrosatelitler, Polimeraz Zincir Reaksiyonu'na (PZR) bağlı moleküler belirleyicilerdir. BDTD belirleyicileri yüksek polimorfik özellikleri, özgül lokus ve yinelenebilir olmaları nedeni ile DNA parmak izi çalışmalarında kullanılan en güvenilir belirleyicilerdir. Buğdayın A ve Bgenomuna ait bir seri mikrosatelit, 16 adet kışlık ve 6 adet yazlık Türk durum buğdayını birbirinden ayırmak için kullanılmıştır. Aynı mikrosatelitler 15 popülasyonun çeşit içi polimorfizm çalışmalarında da kullanılmıştır. Nükleotit tekrarları arasındaki uzunluk farklılıkları, uzunluk polimorfizmi olarak, [a-^PJ-dATP ile işaretlenmiş PZR ürünlerinin DNA dizilim jellerinde ayrılması sonucu saptanmıştır. Mikrosatelit lokuslarına ait alel büyüklükleri baz çiftleri olarak belirlenmiştir. Çalışılan 7 belirleyiciden sadece 3 tanesi tüm kışlık, sadece 1 tanesi de yazlık genotipleri birbirlerinden ayırmak için yeterli olmuştur. Nükleotitlerin alel uzunlukları mikrosatelit data matriksi hazırlamak için kullanılmıştır.“Nei72”ve“simple matching coefficient”tabanlı“Neighbor-joining”ve“UPGMA”sınıflandırılmaları kullanılarak çeşitli genetik ağaçlar elde edilmiştir. Bütün birleştirilmiş genel ağaçlarda 'Çakmak-79' ve 'Selçuklu- 97' genotipleri soyağacı bilgileriyle uyumlu olarak birlikte sınıflanmalardır. Yazlık ve kışlık çeşitlerin hala değişik düzeylerde durulmamış oldukları saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT ASSESSMENT OF GENETIC RELATIONSHIP BETWEEN DURUM WHEAT GENOTYPES USING HIGHLY POLYMORPHIC MICROSATELLITE MARKERS Doğrar, Nurdan M. S. Department of Biochemistry SupervisonAssoc. Prof. Dr. Mahmur S. Akkaya July 1999, 121 pages DNA based markers are the fundamental tools for differentiating genotypes of varieties. Microsatellites or Simple Sequence Repeats (SSRs) are PCR based molecular markers. SSRs can be used for DNA fingerprinting due to their high level of polymorphism, locus specificity and reproducibility. A set of microsatellites belonging to the A and the B chromosomes of wheat were used to differentiate 16 winter type and 6 Ulspring type Turkish durum wheat varieties and cultivars. Same microsatellites were used to analyze on in-variety polymorphism studies of 15 durum wheat populations. The variations in the number of nucleotide repeats, SSR length polymorphism, were detected by separating [a-KP]-dATP labeled PCR products on the DNA sequencing gels. The allele sizes were detected as base pairs. Among 7 SSR markers studied, 3 could differentiate all the winter genotypes and only 1 could differentiate the spring types from each other. The lengths of alleles in the number of nucleotides were used to prepare a microsatellite data matrix. Neighbor-joining and UPGMA clustering methods were performed based on Nei72 and simple matching coefficient matrices were used to construct various types of genetic relationship trees. In all the consensus trees obtained, genotypes of 'Çakmak-79' and "Selçuklu-97' were clustered together which was in accordance with their pedigree knowledge. It was founded that the spring and winter type cultivars were still segregating in different levels.
Benzer Tezler
- Behçet hastalığında serum prolaktin düzeyleri
Serum prolactin levels in Behcet's disease
AHMET MERİH BİRLİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1998
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıDokuz Eylül Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURULLAH AKKOÇ
- Nöral tüp kusurlu olgular ve sitogenetik analizi
Cytogenetic assessment of cases with neural tube defects
PERİHAN YAVUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Tıbbi BiyolojiGazi ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ADNAN MENEVŞE
- Organik fosforlu insektisitlere mesleki ve indirekt maruz kalmanın toksikolojik yönden izlenmesi
Başlık çevirisi yok
NİDA BESBELLİ
Doktora
Türkçe
1993
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN VURAL
- Teknoloji yönetimi
Technology and strategy
DEVRİM YÜCEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1995
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. HALUK ERKUT
- İlaç hammaddesi üreten bir kimya sanayi işletmesinde kalite güvence sistemi ile çevre yönetim sisteminin entegrasyonu
Başlık çevirisi yok
ARZU AKÇAL
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. NURSEN İPEKOĞLU