Synthesis and antisense activites of DNA oligomers with hydrolytically active sites
Hidrolitik aktif birimler eklenmiş DNA oligomerlerin sentezi ve antisense aktiviteleri
- Tez No: 82453
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MAHİHUR S. AKKAYA, PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: yapay enzimler, fosfodiester hidrolizi, RNA hidrolizi, Lantanid kompleksi, lantan (III) kompleksi, seryum (IV) kompleksi. vı, DNA, Enzimler, RNA, artificial enzymes, phosphodiester hydrolysis, RNA hydrolysis, Lanthanide complexes, lanthanum (III) complex, cerium (IV) complex. IV, DNA, Enzymes, RNA
- Yıl: 1999
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
oz HİDROLITİK AKTİF BİRİMLER EKLENMİŞ DNA OLIGOMERLERİNİN SENTEZİ VE ANTİSENSE AKTİVİTELERİ Baykal, Ülkü Doktora, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Mahinur S. Akkaya Ortak Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Temmuz 1999, 110 sayfa Bu çalışmada, RNA'yı sekans spesifik olarak hidroliz edebilecek yapay ribonukleazlar sentezlenmiştir. Birçok lantanid kompleksinin fosfodiester hidrolizi yaptığı gösterilmiştir. 1,4,7,10-tetrakis- (carbamoyl)-1,4,7,10- tetraazacyclododecane (TCMC) kompleksleri gibi enkapsüle edilmiş lanthanide kompleksleri fizyolojik koşullar altında oldukça kararlıdırlar. Mevcut lantanid koordinasyon bölgelerinin ligand ve su molekülleri arasındaki, dağılımı, kompleksin nötral pH'daki suda kararlılığı ve aktivitesinin belirlenmesinde kritik rol oynadığını kanıtlanmıştır. In vivo uygulamalarda en son amaç olarak, RNA ya da DNA'yı diziye özgün olarak kesebilen yapay RNaz ya da DNaz'ların kinetik kararlılıkları önemli bir avantajdır. Böylesi hidrolitik bakımdan aktif moleküllerin DNA oligomerlerine bağlanması amaçlandığından, dizayn mutlaka standart konjügasyonprotokollerinde aktive edebilecek bir fonksiyonel yapı içermelidir. Bu amaçla nitrofenil grubu eklenmiş TCMC-I_a3+ kompleksi sentezledi ve bu kompleksin modifikasyona uğratılmamış TCMC-La3+ kompleksi kadar model RNA substratlarının transesterifikasyonunda aktif oldukları gösteridi. Bu bileşiğin en önemli özelliği, bir DNA oligomerine bağlanmasına izin vererek, hedef bölgede sekans seçici hidroliz için bir potansiyel yaratmasıdır. Bir diğer lantanid kompleksi, 1,4,7-Tris (karbamoyil metil)-1,4,7- triazacyclononane hem nötral pH'daki sulu çözeltilerde hem de fosfodiester model bileşiğinin ve de maya tRNAPhe'sının hidrolizinin yürütülmesinde çok etkilidir. Molekül içi asit-baz işbirliğinden dolayı oligoaminlerin RNA'yı etkili olarak hidroliz ettiği bilindiğinden oligo DNA'ya konjüge edilmiş tris (2- aminoethyl)amine (TREN) molekülleri hazırlandı. Fizyolojik koşullar altında bu bileşimin HIVTat mRNA'sını etkili bir şekilde hidroliz ettiği gösterildi.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT SYNTHESIS AND ANTISENSE ACTIVITIES OF DNA OLIGOMERS WITH HYDROLYTICALLY ACTIVE SITES Baykal, Ülkü Ph.D., Department of Biotechnology Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Mahinur S. Akkaya Co-Supervisor: Prof. Dr. Semra Kocabıyık June 1999, 110 pages Synthetic and sequence-specific ribonucleases, which hydrolze RNAs selectively at the target sites, have been synthesized. Various lanthanide complexes have been shown to promote phosphodiester hydrolysis. Encapsulated lanthanide complexes like 1,4,7,10-tetrakis- (carbamoyl)- 1,4,7,10-tetraazacyclododecane (TCMC) complexes are highly stable under physiological conditions. Distribution of the available coordination sites of the lanthanide between the ligand and the labile water molecules has proved to be critical in determining the activity and stability of the complex in water at neutral pH. The ultimate goal being an in vivo application as a sequence- selective RNA/DNA cleaving agent (artificial RNAse/DNase), where the kinetic stability is a distinct advantage. The final goal 111is to conjugate such hydrolytically active molecules to DNA oligomers, the design must include a functional group that can be made reactive in standard conjugation protocols. To that end, a nitrophenyl-derivatized TCMC-La3+ complex was synthesized, which is as active as the unmodified TCMC-La3+ in the transesterification of an RNA model substrate. The most important attribute of this compound is the nitrophenyl group, which would allow further derivatization and conjugation to a DNA oligomer, thus creating a potential for the sequence selective hydrolysis of its target. Later, this l_a3+-complex was appended to the 5'-end of an oligonucleotide and the hydrolytic activity of the conjugate was proved under physiological conditions. Another lanthanide complex, 1,4,7-Tris (carbamoyl methyl)-1,4,7- triazacyclononane complex of Ce(IV) is both stable in aqueous solutions at neutral pH and very efficient in promoting the hydrolysis of a phosphodiester model compound and yeast tRNAphe. Knowing that oligoamines efficiently hydrolyzes RNAs, due to intramolecular acid-base cooperation, conjugate of tris (2-aminoethyl)amine (TREN) and a DNA oligomer was prepared. It has been shown that this conjugate hydrolyzes the HIVTat mRNA at the target site under physiological conditions.
Benzer Tezler
- Hepatit B yüzey antijenleri polipeptitlerinin kimyasal yolla sentezi ve karakterizasyonu
Başlık çevirisi yok
DİLGİMEN SALMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMED MUSTAFAEV
- Akut ve kronik lösemilerde nükleer DNA içeriği ve yüzey antijenleri
Nuclear DNA content and determining the surface antigens in acute and chronic leukemia
ARSLAN KORKMAZ
- Çocuk aşırı duyarlılık tepkilerinde özgül İgE ve sitokin düzeyleri
Specific İgE and cytokine levels in childhood hypersensitivity reactions
SÜLEYMAN ÖNAL
Doktora
Türkçe
2000
MikrobiyolojiFırat ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. VEDAT BULUT
- Piperazin N-N-metilenbisakrilamid ve alkil aminler kullanarak suda çözünebilen kopolimerlerin sentezi
Başlık çevirisi yok
NİHAT COŞKUN
- Hipertiroidi'nin radyoaktif iyot (1-131) ile tedavisinde, lenfositlerde spontan DNA sentezinin 14 C-timidin inkorporasyonu ile incelenmesi
Başlık çevirisi yok
ÖMER N. YİĞİTBAŞI
Doktora
Türkçe
1982
Biyofizikİstanbul ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. İRFAN URGANCIOĞLU