Investigation of oxa enzyme inhibitors using computational tools
Oxa enzim inhibitörlerinin hesaplamalı araçlar kullanılarak incelenmesi
- Tez No: 822866
- Danışmanlar: DOÇ. DR. PEMRA ÖZBEK SARICA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Son yıllarda farklı bakteri türlerinin geliştirdiği antibiyotik dirençlerine bağlı olarak artan hastane enfeksiyonu vakaları endişe vericidir. Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter. baumannii, K. pneumoniae ve Enterobacteriaceae türleri, hayati hücresel fonksiyonları için metabolizmalarında sentezledikleri farklı β-laktamaz sınıfları aracılığıyla gerek geleneksel gerekse yeni nesil β-laktamlara karşı direnç mekanizmaları geliştirmektedir. Bunlar arasında CDBL, diğer tüm sınıflar içinde endişe verici olanlardır. Bugüne kadar amino asit dizilimleri farklı olsa da benzer 3D yapılara sahip 950'den fazla CDBL yapısı tanımlanmıştır. Yapısal benzerliklerinin aksine, CDBL'ler hem kendi içlerinde hem de A sınıfı β-laktamazlarla karşılaştırıldıklarında antibiyotiklere karşı farklı hidrolitik aktivitelere ve etkinliklere sahiptir. CDBL'ler arasında OXA10, OXA23 ve OXA48, 3D yapıları, fonksiyonel mekanizmaları ve substrat profilleri gibi hem benzer hem de farklı özellikler içermektedir. Bu çalışmada, üç farklı OXA enzim türüne karşı FDA onaylı doğal inhibitörlerin sanal kütüphane taraması yoluyla keşfedilmesi önerilmiştir. OXA10, OXA23 ve OXA48'in ilaç bağlanma mekanizmalarının araştırılması için moleküler yerleştirme ve MD simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Seftriakson, kromolin, irinotekan ve PGA'nın her bir enzim için etkili inhibitörler olduğu bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
Increasing amount of nosocomial infectious cases due to the antibiotic resistances developed by different bacterial species is alarming in recent years. Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter. baumannii, Klebsiella. pneumoniae and Enterobacteriaceae species account for the development of resistive mechanisms against either conventional or new generation β-lactams through different classes of β-lactamases they synthesize in their metabolism for vital cellular functions. Among them, CDBL are alarming ones within all other classes. More than 950 CDBL structures have been identified up to date having similar 3D structures albeit varying amino acid sequences. In contrast to their structural similarities, CDBL different hydrolytic activities and efficiencies against antibiotics when compared either within themselves or with class A β-lactamases. Among CDBL, OXA10, OXA23 and OXA48 consist of both similar and varying properties such as their 3D structures, functional mechanisms, and substrate profiles. In this study, FDA approved natural inhibitors against the three different types of OXA enzymes were aimed to be discovered through virtual library screening. Molecular docking and MD simulations were performed for the investigation of drug binding mechanisms of OXA10, OXA23 and OXA48. Ceftriaxone, cromolyn, irinotecan and PGA were found to be effective inhibitors for each enzyme.
Benzer Tezler
- Klebsiella pneumoniae klinik suşlarında betalaktam antibiyotik direnç genlerinin ve quorum sensing arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of the relationship between betalactam antibiotic resistance genes and quorum sensing in clinical strains of klebsiella pneumoniae
MUHAMMET ŞÜKRÜ AĞRALI
Doktora
Türkçe
2025
MikrobiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN DOĞAN
- Kolistin dirençli Klebsiella pneumoniae klinik izolatlarında antibiyotik kombinasyonlarının sinerjistik etkinliğinin incelenmesi
Investigation of the synergistic effects of antibiotic combinations against colistin-resistant Klebsiella pneumoniae clinical isolates
HATİCE DİLARA KARAKUŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiBezm-İ Alem Vakıf ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BÜLENT DURDU
- Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik kombinasyonlarının İn Vitro etkinliğinin araştırılması
Investigation of the In Vitro effectiveness of antibiotic combinations on carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strains isolated from clinical samples
BÜŞRA GÜNEYSU YARAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Mikrobiyolojiİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜCAHİDE ESRA KOÇOĞLU
- Klinik örneklerden izole edilen çoklu ilaç dirençli acinetobacter baumannii kökenlerinde karbapenem direnç mekanizmalarının araştırılması
Investigation of carbapenem resistance mechanisms in multi drug resistant clinical isolates of acinetobacter baumannii
DENİZ GÜNEŞER
Doktora
Türkçe
2016
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜNEVVER UFUK HASDEMİR
- Karbapeneme fenotipik olarak dirençli saptanan Klebsiella spp. suşlarında Multipleks PCR ile karbapenem direnç genlerinin araştırılması
Investigation of carbapenem resistance genes by Multiplex PCR in phenotypically determined carbapenem-resistant Klebsiella spp. strains
HATİCE KÜBRA DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. YAŞAR NAKİPOĞLU