Detection of immune targetable cancer biomarkers in the cancer genome atlas datasets
Kanser genom atlası veri setlerinde bağışıklıkla hedeflenebilen kanser bı̇yobelı̇rteçlerı̇nı̇n tespiti
- Tez No: 822326
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA SÜZEK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Moleküler Tıp, Onkoloji, Biostatistics, Molecular Medicine, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Antikanser, Biyoinformatik, Biyoistatistik, Tıbbi onkoloji, Anticancer, Bioinformatics, Bioistatistics, Medical oncology
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Biyoinformatik veri analizindeki gelişmeler, tümör örneklerinde kişiselleştirilmiş kanser tedavisi için kullanılabilecek genomik, transkriptomik ve epigenetik varyasyonların tanımlanmasını sağlamıştır. Kanser immünoterapisi, özellikle kanser hücreleri ile tümör mikroçevresindeki immün hücreler arasındaki etkileşimlerde yer alan ve bağışıklık sisteminden kaçışı durduran ileri bir kanser tedavisi olarak geliştirilmiştir. İmmünoterapinin etkinliği, genomik değişiklikler, tümör neo- antijenleri, immün fenotip ve tümör mikroçevresindeki diğer biyobelirteçlerden etkilenebilir. Teknolojik gelişmeler, kanser ve bağışıklık sistemi arasındaki bağlantının daha derinlemesine araştırılmasına izin vermiş ve bu da biyobelirteç keşfinde ilerlemelere yol açmıştır. Kanser Genom Atlası (TCGA) projesi hem basit nükleotid varyasyonları (SNV'ler), kopya sayısı varyasyonları (CNV'ler), DNA metilasyonu, gen ifadesi, miRNA ifadesi gibi moleküler verileri hem de ilaç yanıtları ve sağ kalım verileri gibi klinik verileri sağladığından, bu veriler biyobelirteç tespiti ve ilaç yanıtı gibi birçok çalışma için kullanılabilir. Bu projede, hasta kümelerinin klinik değişkenlerini ve özelliklerini karşılaştırmak için öngörücü ve prognostik belirteçleri analiz etmek üzere bütünleştirici kümeler aracılığıyla tümörle ilişkili proteinlere odaklandık. Son olarak, kansere, hasta gruplarına ve biyobelirteçlere özgü sonuçları sunan ve görselleştiren bir web aracı geliştirdik. Web aracı, hasta kümelerinin/alt hasta gruplarının sağ kalım istatistiklerini etkileyen aday biyobelirteçleri birleştirmek için bir ara yüz olarak kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Advances in bioinformatics data analysis have enabled the identification of genomic, transcriptomic, and epigenetic variations in tumor samples, that can be used for personalized cancer treatment. Cancer immunotherapy has been developed specifically as an advanced cancer therapy, involved in the interactions between cancer cells and immune cells in the tumor microenvironment, which are the basis of cancer cell for immune escape. The efficacy of immunotherapy can be affected by genomic alterations, tumor neoantigens, immune phenotype, and other biomarkers in the tumor microenvironment. Technological advancements have permitted more in- depth investigation into the link between cancer and the immune system, which has led to advancements in biomarker discovery. Since The Cancer Genome Atlas (TCGA) project provides both molecular data including simple nucleotide variations (SNVs), copy number variations (CNVs), DNA methylation, gene expression, miRNA expression, and clinical data such as drug responses and survival data, these data can be used for many studies such as biomarker detection and drug response. In this project, we focused on tumor-associated proteins through integrative clusters to analyze predictive and prognostic markers to compare clinical variables and characteristics of patient clusters. Finally, we developed a web tool that assists users in querying data and visualizing results specific to cancer, cohorts, and biomarkers. The web tool provides an interface to combine candidate biomarkers which affect survival statistics of patient clusters/sub-cohorts.
Benzer Tezler
- Suppression of NFIb expression by gene targeting strategies
NFIb ifadesinin gen hedefleme stratejileriyle baskılanması
İBRAHİM OGUZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Leıshmanıa ınfantum'un farklı antijen kombinasyonlarını içeren poli(laktik-ko-glikolik asit) nanopartiküllerinin sentezi, karakterizasyonu ve visseral leishmaniasis'e karşı aşı adayı olarak etkinliklerinin in vitro ve in vivo incelenmesi
Synthesis, characterization and in vitro and in vivo investigation of effectiveness as vaccine candidate against visceral leishmaniasis of poly(lactic-co-glycolic acid) nanoparticles containing combination of different antigens of leishmania infantum
ÖZLEM AYŞE TOSYALI
Doktora
Türkçe
2018
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MELAHAT BAGIROVA
- Gezgin etmenler ve doğadan esinlenen sezgiseller kullanarak dağıtık bilgisayar güvenliğinin sağlanması
Distributed computer security using mobile agents and nature inspired algorithms
UĞUR AKYAZI
Doktora
Türkçe
2011
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. A. ŞİMA ETANER UYAR
- Doğuştan immün kusuru olan hastaların genetik analiz sonuçlarının retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of the genetic analysis results of the patients with inborn errors of immunity
MEHMET GÖKCÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Moleküler TıpKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPER HAN ÇEBİ
- Use of artificial immune systems for network intrusion detection
Yapay bağışıklık sistemlerinin ağ saldırılarının tespiti için kullanımı
ORHAN BIYIKLIOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BÜLENT ÖRENCİK