Investigation of dimerization in angiotensin receptors by computational methods
Anjiyotensin reseptörlerinde dimerleşmenin hesaplamalı metodlar ile incelenmesi
- Tez No: 806943
- Danışmanlar: PROF. DR. BÜNYEMİN ÇOŞUT, PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Kimya, Biyokimya, Biophysics, Chemistry, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Reseptörler-anjiotensin, İstatistiksel mekanik, Receptors-angiotensin, Statistical mechanics
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Anjiyotensin reseptörleri birbirleriyle veya diğer reseptörlerle etkileşime girerek GPCR homo- veya heterodimerleri oluşturabilir. Dimerizasyonun bir sonucu olarak, sinyal yolları veya çiftleştikleri ve sinyal verdikleri G proteinlerinin türleri değişebilir ve sinyalleri artabilir veya azalabilir. Bu allosterik mekanizmanın aydınlatılabilmesi için etkileşim arayüzlerinin belirlenmesi önemlidir. Bu tezde ilk olarak anjiyotensin II tip 1 reseptörünün (AT1R) olası homodimer oluşturma ara yüzleri belirlenmiştir. Daha sonra, AT1R'nin anjiyotensin II tip 2 (AT2R) ile oluşturduğu AT1R-AT2R heterodimerinin etkileşim arayüzleri araştırılmıştır. Arayüzler moleküler dinamik (MD) simülasyonları kullanılarak araştırılmıştır. AT1R homodimer için dört olası arayüz önerilmiştir. Bunlar sırasıyla TM1,2,8, TM5, TM4 ve TM4,5 sıkı arayüzleridir. Bir diğer önemli bulgu ise ILE238'in reseptörün inaktif durumunun korunmasında önemli bir rol oynamasıdır. AT1R-AT2R heterodimer için, biri simetrik diğeri asimetrik olmak üzere iki etkileşim arayüzü tanımlanmıştır. Bu arayüzler sırasıyla simetrik TM3,5,6 ve asimetrik TM1,2,8-TM3,4'tür.
Özet (Çeviri)
Angiotensin receptors can interact with each other or with other receptors to form GPCR homo- or heterodimers. As a result of dimerization, their signaling pathways or the types of G proteins with which they couple and signal that they generate may change, and their signaling may increase or decrease. In order to elucidate this allosteric mechanism, it is important to determine the interaction interfaces. In this thesis, firstly, the possible homodimer forming interfaces of angiotensin II type 1 receptor (AT1R) were determined. Then, the interaction interfaces of AT1R-AT2R heterodimer formed by AT1R with angiotensin II type 2 (AT2R) were investigated. Interfaces were investigated using molecular dynamics (MD) simulations. Four possible interfaces are proposed for the AT1R homodimer. These are TM1,2,8, TM5, TM4, and TM4,5 tight interfaces, respectively. Another important finding is that ILE238 plays an important role in maintaining the inactive state of the receptor. Two interaction interfaces were identified for the AT1R-AT2R heterodimer, a symmetric (TM3,5,6) and an asymmetric (TM1,2,8-TM3,4) one.
Benzer Tezler
- Organosilan bileşikleri ile modifiye edilmiş doğal zeolitin terpenlerin dimerleşme reaksiyonundaki katalitik aktivitesinin araştırılması
Investigation of catalytic activities of organosilane-modified natural zeolite in the dimerization reactions of terpenes
BENSU ÖZYAĞCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
KimyaHacettepe ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULKERİM KARABAKAN
- Investigation of gαi1 protein homodimerization in live cells using förster resonance energy transfer (FRET) and bimolecular fluorescence complementation assay (BiFC)
G⍺i1 protein homodimerizasyonun canlı hücrelerde förster rezonans enerji transferi (FRET) ve bimoleküler floresan tamamlama (BiFC) metotları kullanılarak incelenmesi
ÖZGE ATAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON
DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİH ÖZÇUBUKÇU
- Structural investigation of G-protein signaling in plants
Bitki G-protein sinyal iletiminin yapısal araştırmaları
BURCU KAPLAN TÜRKÖZ
Doktora
İngilizce
2009
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA SAYERS
- Investigation of the effect of GPCR oligomerization on the GNAI1 homodimerization in live cells using FRET
GPKR oligomerizasyonun GNAI1 protein homidimer oluşumunun üzerindeki etkisinin FRET yöntemi ile canlı hücrelerde araştırılması
ENİSE NALLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON
DR. FATMA KÜÇÜK BALOĞLU
- Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines
İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi
BETÜL ULUCA
Doktora
İngilizce
2023
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR