Hastane kaynaklı kan dolaşım enfeksiyon etkeni klebsiella pneumoniae virülans genlerinin tüm genom dizileme yöntemi ile değerlendirilmesi
Evaluation of virulence genes of klebsiella pneumoniae causing hospital-acquired bloodstream infection by whole genome sequencing method
- Tez No: 804966
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM MEHMET ALİ ÖKTEM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Hipermukoviskoz K. pneumoniae, Oxford Nanopore, Tüm genom dizileme, Virülans ve direnç genleri, Direnç genleri, Dizi analizi, Genom, Hastaneler, Klebsiella pneumoniae, Virülans, Çapraz enfeksiyon, Hypermucoviscous K. pneumoniae, Oxford Nanopore, Whole genom secuencing, Virulence and resistance genes, Resistance genes, Sequence analysis, Genome, Hospitals, Klebsiella pneumoniae, Virulence, Cross infection
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hastane kaynaklı kan dolaşım enfeksiyonuna neden olan Klebsiella pneumoniae, hipervirülan/hipermukoviskoz K. pneumoniae ve klasik K. pneumoniae olmak üzere ikiye ayrılmaktadır. Bu tez çalışmasının amacı hastane kaynaklı kan dolaşım enfeksiyonuna neden olan hipermukoviskoz K. pneumoniae izolatlarının tüm genom dizisinin belirlenmesi, virülans ve direnç genlerinin saptanması, kullanılan veri tabanı performansının karşılaştırılmasıdır. Ocak 2018-Aralık 2020 tarihleri arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Hastanesi Merkez Laboratuvarı'na gelen ve kan kültürlerinden izole edilen K. pneumoniae izolatları çalışmaya dahil edildi. Hipermukoviskoz fenotipi belirlemek üzere string testi yapıldı. Antimikrobiyal direnç profili disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Hipermukoviskoz K. pneumoniae izolatlarındaki karbapenem direnç genleri ve rmpA/rmpA2 virülans genleri PCR yöntemi ile araştırıldı. Hipermukoviskoz K. pneumoniae izolatları arasındaki klonal yakınlığı belirlemek üzere PFGE yapıldı ve birbirinden farklı kökene ait beş izolatın Oxford Nanopore (MinION) platformu ile tüm genom dizisi belirlendi. İzolatlara ait kapsül tipi, O antijen tipi, sekans tipi, plazmid tipleri, virülans ve direnç genleri çeşitli veri tabanları ile analiz edildi. Kan kültürlerinden toplam 244 K. pneumoniae izole edildi. String testi sonucunda on izolat hipermukoviskoz olarak tanımlandı. Yapılan PCR'da hipermukoviskoz K. pneumoniae izolatların birinde OXA-48 karbapenemaz geni, ikisinde rmpA/rmpA2 genleri tanımlandı. Farklı klonlara ait ve tüm genom dizisi belirlenen beş izolatta farklı kapsül tipi ve sekans tipi belirlendi. İzolatların beşinde O2a antijen tipi belirlendi. Her beş izolatta blaSHV tipi, oqxB, oqxA ve fosA direnç genleri ve fimH, mrkD, iutA, iroN, entB virülans genleri saptandı. Çalışma izolatlarımızda IncFIB(K)pCAV1099-14, Col(pHAD28), ColⅠ440Ⅰ, IncFIA (HI1)/IncR, IncFIB(pNDM_Mar)-IncHI1(pNDM_MAR), IncL, IncFIB(K)- IncHI1(K), IncFIB(pNDM_Mar)-IncHI1(pNDM_MAR)- IncR, IncFIB(K), IncR gibi plazmidler belirlendi. Bazı plazmidler üzerinde çeşitli direnç ve virülans genleri saptandı. Plazmidler aracılığıyla direnç ve virülans genleri yayılmakta, her geçen gün dirençli hipermuviskoz K. pneumoniae sayısı artmaktadır. Dirençli hipermukoviskoz ix K. pneumoniae ile ilişkili enfeksiyonlar yüksek mortaliteye neden olmaktadır. Bu nedenle dirençli ve virülansı yüksek bu izolatların rutin laboratuvar çalışmalarında takibi önem taşımaktadır. Bu çalışmada kullanılan veri tabanı sonuçları arasında bazı farklılıklar gözlenmiştir. Farklı veri tabanları kullanılarak yapılacak daha ileri çalışmaların ve güncellemelerin veri tabanları arasındaki uyumu arttıracağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Klebsiella pneumoniae, which causes hospital-acquired bloodstream infection, is divided into two named hypervirulence/hypermucoviscous K. pneumoniae and classical K. pneumoniae. The aim of this study is to detect whole genome sequencing of hypermucoviscous K. pneumoniae that induces healthcareassociated bloodstream infection, identify virulence and resistance genes using various databases, and compare these databases performance. The K. pneumoniae isolates that were brought to the Dokuz Eylül University Application Research Hospital Center Laboratory and were isolated from blood cultures were included in this study between January 2018 and December 2020. The disc diffusion method was used to characterize the antimicrobial resistance profile, and the string test was used to assess the hypermucoviscous phenotype. Carbapenem resistance genes and rmpA/rmpA2 virulence genes were detected using the PCR method. To ascertain clonal relatedness among hypermucoviscous K. pneumoniae isolates, PFGE was used. The Oxford Nanopore MinION technology determined the whole genome sequencing of five hypermucoviscous K. pneumoniae isolates with different clones. Using the various databases capsule types, O antigen types, sequence types, plasmid types, virulence, and resistance genes were examined. A total of 244 K. pneumoniae isolates were included in the study. Ten isolates were found to be hypermucoviscous. In the PCR analysis was revealed blaOXA-48 in one of the hypermucoviscous K. pneumoniae isolates and rmpA/rmpA2 genes in two of them. Whole genome sequence of five hypermucoviscous K. pneumoniae isolates with different clones was obtained. blaSHV types, oqxB, oqxA, and fosA resistance genes, and fimH, mrkD, iutA, iroN,and entB virulence genes were optained in all five isolates. Various plasmid were identified including IncFIB(K)pCAV1099-14, Col(pHAD28), IncFIA(HI1)-IncR, ColⅠ440Ⅰ, IncFIB(pNDM_Mar)- IncHI1(pNDM_MAR), IncL, IncFIB(K)-IncHI1(K), IncFIB(K), IncR, IncFIB(pNDM_Mar)-IncHI1(pNDM_MAR)-IncR, repB. Various virulence and resistance genes were found on some plasmids. Transmission of resistance and virulence genes occurs through plasmids. The number of resistant hypermucoviscous K. pneumoniae isolates is rising daily. Infections associated with resistant hypermucoviscosis K. pneumoniae cause high xi mortality. Therefore, it is important to follow up resistant and high virulence of these isolates in routine laboratory studies. There were some differences in the results of the databases used in this study. The compatibility between databases is anticipated to increase with additional research and updates using various databases.
Benzer Tezler
- Türkiye'de aile planlaması çalışmalarında erkeklerin önemi, hastane personeli ile fabrika işçilerinin doğum kontrol yöntemlerine karşı tutum ve davranranışlarında farklılığın araştırılması
Başlık çevirisi yok
KAMİL MALKOÇLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Demografiİstanbul ÜniversitesiAile Sağlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DERİN KÖSEBAY
- Türkiye'de serebral hareket bozukluklarının etiyolojisi epidemiyolojisi ve bazı klinik özellikleri
Başlık çevirisi yok
AŞER BENSUSAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1986
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Mikrobiyoloji laboratuvarlarında kaza nedeni oluşan enfeksiyonlar
Başlık çevirisi yok
ŞENAY TÜRE
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiKazaların Çevresel ve Teknik Araştırması Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. KAZIM KURTAR
- İdrar kültürlerinden izole edilen coag (-) staphylococcus (s. epidrmidis ve s. saprophyticus)'ların idrar yolu enfeksiyonlarındaki yeri
The Place of coag (-) staphylococcus to the urinary tract infectron which are isolated from the urine cultures
SUMRU ÇITAK(KORMAN)