Identification of nitrogen fixation bacteria by phenotypically and molecularly with PCR technique isolated from different soils
Farklı topraklardan PCR teknikleri ile izole edilen azot fiksasyon bakterilerinin fenotipik ve moleküler olarak tanımlanması
- Tez No: 794748
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEHRA KARAHAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ SALAHALDEEN H. M. ALTAI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR), Reverse transcription polimerase chain reaction
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmanın amacı, farklı topraklardan izole edilen PCR tekniğini kullanarak fenotipik ve moleküler yöntemlerle azot sabitleyici bakterileri tanımlamaktır. Mart 2022'de Tikrit Üniversitesi'nde bazı ekili bitkilerin kök bölgelerinde bulunan altı muhtelif tarım arazisinden numuneler alınarak steril plastik poşetlere konularak izolasyon ve laboratuvar teşhis çalışmalarına başlandı. Örnek bitkiler (Yonca, Börülce, Fasulye, Rosa davidii) dir. Tüm izolatlar, metabolik aktiviteleri temelinde tarandı, ardından steril GPM sıvı besiyeri üzerinde L-Triptofan içeren ve içermeyen test tüplerinde kültürlendi. Bir hafta boyunca test tüpleri kapatıldı ve inkübe edildi. Bulgular, bakteri suşları ve tür eşleşmesi ile eşleşen 16S rRNA gen dizisinin yüzdesine dayalı olarak bakteri izolatlarının moleküler karakterizasyonunun %99 olduğunu (%1'den az fark) göstermiştir. Aeromonas veronii için, genom her biri %1,5'a kadar farklılık gösteren 16S rRNA geninin en fazla altı kopyasını içerebilir. Bu, aeromonadlar arasında 16S rRNA geninin genom içi heterojenliğini göstermekte olup, %1'den yüksek 16S rRNA mesafe puanlarına dayanan herhangi bir bakteriyel seçim, teşhis veya halk sağlığı referans laboratuvarında kullanım için uygun değildir. Sonuç: Biyoazot fiksasyonu, sürdürülebilir bir azot kaynağı olarak, endüstriyel azot üretimi için gereksinimlerin yerini alma potansiyeline sahiptir. Bu izolat, biyogübre üretimi için iyi bir aday olarak kullanılabilir, toprak verimliliğinin ve ürün tepkisinin geri kazanılmasına yardımcı olur.
Özet (Çeviri)
The aim of this study is to identify nitrogen-fixing bacteria isolated from different soils by phenotypic and molecular methods using PCR. Samples were collected on March 2022 from six various agricultural fields at the University of Tikrit within the root zone of some planted plants, placed in sterile plastic bags, and then the isolation and laboratory diagnosis was started. The samples of the plant are (Alfalfa, Cowpea, Bean, and Rosa davidii). All isolates were screened on the basis of their metabolic activity, then cultured in test tubes with and without L-Tryptophan on sterile GPM broth. For a week, the test tubes were covered and incubated. The results showed that the molecular characterization of the bacterial isolates based on the percentage of the 16S rRNA gene sequence matched with the bacterial strains and the species match is 99% (less than 1% difference). In the case of Aeromonas veronii, the genome can contain up to Six copies of the 16S rRNA gene, each differing by up to 1.5%. This indicates intra-genome heterogeneity of the 16S rRNA gene among aeromonads that any bacterial selections based on 16S rRNA distance scores greater than 1% are not appropriate for use in a diagnostic or public health reference laboratory. Conclusion: Bionitrogen fixation, as a sustainable source of nitrogen, has the potential to replace the requirements for industrial nitrogen production. This isolate can be used as a good candidate for the manufacture of biofertilizers, helping to restore soil fertility and crop response.
Benzer Tezler
- Bitki büyümesini teşvik edici özelliğe sahip bakterilerin buğday rizosferinden izolasyonu, saflaştırılması, biyokimyasal ve moleküler biyolojik yöntemlerle tanımlanması
Isolation, purification and identification of plant growth promoting bacteria from wheat rhizosphere by biochemical and molecular biological methods
SENANUR ACET
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MikrobiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MİNE GÜL ŞEKER
- Noccaea birolmutlui ve Bornmuellera kiyakii endemik bitkilerine ait bitki büyümesini teşvik eden bakterilerin tanımlanması
Identification of plant growth promoting bacteria of Noccaea birolmutlui and Bornmuellera kiyakii endemic plants
YASEMİN GAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MikrobiyolojiAkdeniz ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU EMİNE TEFON ÖZTÜRK
- Buğday kök çürüklüğüne neden olan Bipolaris Sorokiniana (SACC.) fungusunun PGPR ve biyoajan bakterileri kullanılarak kontrollü koşullarda biyolojik mücadele imkânlarının araştırılması
Investigation of biological control possibilities of wheat root rot disease caused by Bipolaris Sorokiniana (SACC.) shoen. using PGPR and bio-control bacteria in greenhouse condition
AHMET YASİN GÖKÇE
- Erzurum ili ve çevresinde doğal olarak yetişen Origanum vulgare L. ssp. vulgare' den izole edilen endofitik ve rizosferik bakteri ve fungusların bitki gelişimini teşvik edici özelliklerinin araştırılması
Investigation of plant growth promoting properties of endophytic and rhizospheric bacterial and fungal strains isolated from Origanum vulgare L. ssp. vulgare naturally grown in Erzurum
YÜKSEL DİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiAğrı İbrahim Çeçen ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURAK ALAYLAR
- Fındık bakteriyel yanıklık hastalığının [Xanthomonas arboricola pv. corylina (Miller et al.) Vauterin et al.] bakteriyel biyoajanlar kullanılarak mücadele imkânlarının araştırılması
Evaluation of biological control possibilities of bacterial blight in hazelnut caused by Xanthomonas arboricola pv. corylina (Miller et al.) Vauterin et al.] by using bacterial biocontrol agents
JOSE LUIS RODRIGUEZ GUTIERREZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyoteknolojiAtatürk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RECEP KOTAN