Investigating the effects of PKNOX2 and its interactors in P53 pathway regulation in bone marrow mesenchymal stem cells
Kemik iliği mezenkimal kök hücrelerinde P53 yolağı regülasyonunda PKNOX2 ve etkileşimlerinin araştırılması
- Tez No: 784180
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞEN ÖZCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Biyokimya, Biology, Molecular Medicine, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: DNA, DNA hasarı, Genler-P53, Hücresel yolaklar, Kemik iliği, Kemik iliği hücreleri, Kök hücreler, Sinyal nakli, DNA, DNA damage, Genes-P53, Cellular pathways, Bone marrow, Bone marrow cells, Stem cells, Signal transduction
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kök Hücre Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mezenkimal Kök Hücreler (MKH), in-vitro moleküler mekanizmaları için iyi bir platformdur. MKH'ler çeşitli uyaranları moleküler sinyal mekanizmaları ile algılayıp cevap vermektedir. p53 sinyal yolağı, DNA hasarı gibi birçok sinyalin iletilmesinde görev alan bir moleküler sinyal mekanizmasıdır. p53 sinyal yolağı, transkripsiyonel ve post-translasyonel birçok mekanizma ile sıkı kontrol edilmektedir. Bir TALE homeodomain protein ailesi üyesi olan PKNOX2, TP53 geninin transkripsiyonel aktivatörüdür. Günel-Özcan grubu tarafından daha önce yapılan bir çalışmada, PKNOX2'nin etkileştiği proteinler, Ko-immünopresipitasyon (Ko-IP) sonrası proteom analizi ile tespit edilmiştir. Bu çalışma kapsamında, PKNOX2 ile etkileştiği bilinen proteinler ile p53 ile etkileştiği BioGRID veritabanından alınan proteinler karşılaştırılmış ve bu karşılaşmadaki proteinler arasından stres koşulları altında sinyallenmede rol oynayabileceği düşünülen iki protein, DNAJA1 ve RPS3 seçilerek araştırmalara devam edilmiştir. H2O2, DEB ve γ irradyasyon olacak şekilde üç stres uygulaması, Kemik İliği Mezenkimal Kök Hücrelerine (Kİ-MKH) uygulanmış ve PKNOX2, DNAJA1, RPS3 ve p53 ifade seviyeleri western blotlama ile ölçülmüştür. PKNOX2 ifadesinin γ irradyasyon ve DEB uygulamasıyla anlamlı olarak azaldığı ve p53 ifadesinin de H2O2 uygulamasıyla anlamlı olarak arttığı, RPS3 ve DNAJA1 ifadelerinde ise anlamlı bir değişik olmadığı gözlemlenmiştir. Anti-PKNOX2 ve anti-p53 antikorları ile Ko-IP yapılmıştır. Ko-IP sonuçları ile bütün etkileşimler için kesin bir sonuç alınamamasının ardından Ko-IP protokolünde iyileştirme yapılmıştır. İyileştirilmiş Ko-IP protokolü ile yapılacak gelecek çalışmalar, ilgili etkileşimlerin açığa çıkarılmasını sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Mesenchymal Stem Cells (MSC) are good platforms to study in-vitro molecular mechanisms. Like all cells, MSCs detect and respond to various stimuli with molecular signal mechanisms. p53 signal pathway is a well-known molecular mechanism for transduction of cellular stresses such as DNA damage. p53 signal pathway is heavily regulated in both transcription and post-translational modification of its elements. PKNOX2, a member of TALE homeodomain protein family, is a transcriptional activator of p53. In a previous study by Günel-Özcan lab group, protein interactors of PKNOX2 were determined by proteomics analysis following Co-immunoprecipitation. For this study, the interactors of PKNOX2 from proteomics was compared with the interactors of p53 obtained from BioGRID database and two proteins, DNAJA1 and RPS3 were selected as possible common interactors with possible signaling functions under stress conditions. In this study, three different sources of DNA damage stress, H2O2, DEB and γ-Irradiation were applied to human Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells (BM-MSC) and protein expression levels of DNAJA1, RPS3, p53 and PKNOX2 were measured with western blotting. PKNOX2 expression was found to be decreasing in DEB and γ-Irradiation significantly, p53 expression was found to be increasing in H2O2 application significantly. Expression levels of RPS3 and DNAJA1 were found to be stable under stress. Co-Immunoprecipitation was performed with anti-PKNOX2 and anti-p53 antibodies but the results were inconclusive for any interactions. Co-immunoprecipitation protocol was improved. Further study with this improved protocol is needed to unveil these interactions.
Benzer Tezler
- Investigating the effects of nodes and landmarks in city planning practice
Kent planlama pratiğinde düğüm ve nirengi noktalarının etkilerinin incelenmesi
BURCU BÖCEKLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2003
Şehircilik ve Bölge Planlamaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AKIN SÜEL
- Investigating the effects of ceramide and sphingomyelinase on the NMDA receptor of hippocampal pyramidal cell
Seramid ve sfingomyelinazın hippokampal piramidal hücrelerin NMDA reseptörleri üzerine etkisinin araştırılması
FATMA TUĞBA KÖKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Tıbbi BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiBiyomedikal Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALE SAYBAŞILI
- Investigating the effects of pure gallic acid in wound healing
Saf gallik asidin yara iyileşmesi üzerine etkilerinin araştırılması
MUKHTAR DANJUMA IBRAHIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyomühendislikFatih ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Assist. Prof. Dr. AYDIN ALBAYRAK
- Investigating the effects of science writing heuristic approach on eight grade students' achievement, metacognition and epistemological beliefs
Argümantasyon tabanlı bilim öğrenme yaklaşımının 8. sınıf öğrencilerinin fen başarılarına, üst bilişlerine ve epistemolojik inançlarına etkisi
SABAHAT TUĞÇE TUCEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Eğitim ve ÖğretimOrta Doğu Teknik Üniversitesiİlköğretim Fen ve Matematik Alanları Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. JALE ÇAKIROĞLU
PROF. DR. CEREN ÖZTEKİN
- Investigating the effects of nanostructured dielectric lithium fluoride and plasmonic gold interlayers in organic photovoltaics, including the use of In-Situ impedance spectroscopy
Nanoyapılandırılmış dielektrik lityum florür ve plazmonik altın aratabakaların organik fotovoltaikler üzerindeki etkilerinin In-Situ impedans spektroskopisi de dahil incelenmesi
HASAN KURT