Using Logistic Regression for analyzing epigenetic changes across some Tumor Supressor Genes for Liver Cancer
Karaciğer kanseri için gerçek veri seti üzerinde bazı tümör baskılayıcı genlerdeki epigenetik değişikliklerin analizi için lojistik regresyon kullanımı ve örnek havuzlamanın etkileri
- Tez No: 775102
- Danışmanlar: PROF. DR. NAIRANJANA DASGUPTA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Washıngton State Unıversıty
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu raporun başlıca amacı, karaciğer kanserinin baskın formu olan Hepatoselüler Karsinoma (HCC) ile ilgili verilerin analizidir. Hepatoselüler Karsinom ile ilgili epigenetik değişiklikleri araştırmak için istatistiksel yöntemlerden yararlanılır. Karaciğer kanseri, dünya çapında en yaygın dördüncü kanser türü olarak kansere bağlı ölüme neden olur. Karaciğer kanseri, Kafkas kökenli insanlarda o kadar yaygın değildir, ancak Asya ve Afrika kökenli insanlarda daha yaygındır. Karaciğer kanseri uzun zamandır Hepatit B veya C virüsü (HCV) enfeksiyonları gibi kronik karaciğer problemleriyle ilişkilendirilmiştir. Epigenetik ve genetik değişikliklerin HCC tümör gelişimi ile çok güçlü bir ilişkisi olduğu ve bu değişikliklerin onkogenlerin aktivasyonuna ve tümör baskılayıcı genlerin (TSG) inaktivasyonuna veya kaybına yol açtığı düşünülmektedir. TSG'lerin inaktivasyonu, Asya'daki yüksek insidans bölgelerinden gelen hastalarda HCC'nin ilerlemesi ile güçlü bir şekilde ilişkilidir. Çalışmada bazı TSG'lerin epigenetik değişiklikler üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Mısır'ın HCC insidansının çok yüksek olduğu ülkelerden biri olduğu iyi bilinmektedir. Mısır aynı zamanda nüfusun %15'inin enfekte olması ve yedi milyon kronik HCV karaciğer hastalığı ile dünyadaki en yüksek HCV enfeksiyon oranına sahiptir. Ayrıca, Mısır'da HCC vakalarının yaygınlığı hızla artmaktadır. Makalenin ana ilgi alanı Mısır'daki bu hasta popülasyonudur. Amaç, TSG'lerin inaktivasyonuna neden olan istisnai DNA metilasyonunu ve hepatokarsinogenez ile ilgili HCV'nin moleküler mekanizmalarını araştırmak için on bir gen seçildi (APC, FHIT, P15, P73, P14,P16,DAPK, RARβ, RASSF1A, O6MGMT). Bu genlerin tümü TSG'lerdir ve HCC'li hastalarda etkilendiği bilinmektedir. Hastalığın Normal, HCV'den HCC'ye ilerlemesiyle ilgili veri seti analiz edilmiştir. Çalışmanın ikincil bir odak noktası, örnek havuzu oluşturmanın etkilerini araştırmaktır. Havuzlama, analiz için yeterli DNA örneğinin toplanmasına izin vermek için genetik çalışmalarda rutin olarak kullanılan bir tekniktir. Örneklem varyasyonunu azaltmak veya deneysel maliyetleri azaltmak için biyolojik deney birimlerinin havuzlanması yaygın bir uygulamadır. Ayrıca, tek bir deney biriminden yetersiz miktarda genetik materyali telafi etmek için havuzlama teknikleri kullanılabilir. Havuzlama sonuçları geri alınamaz ve bilgi kaybına neden olabilir. Ancak, havuzlamanın etkisi gerçek veri kümelerinde geniş çapta incelenmemiştir. Ana amaç, havuzlamanın etkilerine bakmak ve sonuçların havuzlama yöntemlerine bağlı olarak önemli ölçüde değişip değişmediğini görmektir. Analizde kullanılan gerçek veri kümesine havuzlama uygulanmıştır ve her havuz, grup içi karşılaştırmaların yanı sıra tüm grupları karşılaştırmak için tek kopya olarak kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
The main interest is in the research paper the analysis of data pertaining to Hepatocellular Carcinoma (HCC), which is predominant form of liver cancer. In order to investigate epigenetic changes related to Hepatocellular Carcinoma statistical methods are utilized. Liver cancer induces cancer-related death as the fourth most common type of cancer worldwide. Liver cancer is not as common in people of Caucasion descent but is is more common in people of Asian and African descent. Liver cancer has long been associated with chronic liver problems like infections with Hepatitis B or C virus (HCV). There is thought that epigenetic and genetic alterations have very strong relationship with development of HCC tumor and also these alterations lead to activation of oncogenes and inactivation or loss of tumor suppressor genes (TSG). Inactivation of TSGs is strongly related to the progression of HCC in patients from high incidence areas in Asia. In the study ,the effect of certain TSG is investigated for epigenetic changes. It is well known that Egypt is one of the countries with a very large incidence of HCC. Egypt also has the highest HCV infection rate in the world with 15% of the population infected, and seven million with chronic HCV liver disease. Furthermore, the prevelance of HCC cases in Egypt is rapidly increasing. The main interest of the paper is this patient population in Egypt. The purpose is to investigate exceptional DNA methylation that cause inactivation of TSGs and molecular mechanisms of HCV related to hepatocarcinogenesis, and eleven genes are selected (APC, FHIT, P15, P73, P14,P16,DAPK, RARβ, RASSF1A, O6MGMT). These genes are all TSGs and have been known to be affected for patients with HCC. The dataset related to the progression of disease from Normal, HCV to HCC is analyzed. A secondary focus of the study is to investigate the effects of sample pooling. Pooling is a technique used routinely in genetic studies to allow for enough DNA samples to be collected for analysis. In order to reduce sample variation or reduce to experimental costs, it is common to pool biological samples. Also pooling techniques can be used to compensate for insufficient amount of genetic material from a single sample. Pooling results are irreversible and can cause loss of information. However, the effect of pooling has not been widely studied in real data sets. The main intention is to look at effects of pooling and see if the results change significantly depending upon the pooling methods. Pooling is applied to this real dataset and each pool is used as one replicate for comparing all groups as well as for within group comparisons.
Benzer Tezler
- Birleşmiş Milletler Kalkınma Programı Beşeri Kalkınma Endeksi verilerini kullanarak diskriminant analizi, lojistik regresyon analizi ve yapay sinir ağlarının sınıflandırma başarılarının değerlendirilmesi
Evaluating classification success of discriminant analysis, logistic regression analysis and neural network models using United Nations Developing Programme?s Human Development Index
SERHAT BURMAOĞLU
- Ölçeklerin faktör yapısını belirlemede kullanılan açımlayıcı faktör analizi ve kümeleme analizi ile verilerin sınıflandırılmasında kullanılan diskriminant ve lojistik regresyon analizi tekniklerinin karşılaştırılması
The comparison of explanatory factor analysis and clustering analysis which are used for determining scale factor structure, and the comparison of discriminant and logistic regression analysis techniques which are used for data classification
ZAFER ERTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Eğitim ve ÖğretimGazi ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHTAP ÇAKAN
- Veri madenciliği ve makine öğrenmesi yaklaşımı ile tiroit kanserinin tanılanması
Diagnosis of thyroid cancer using data mining and machine learning approach
MEHMET EMİN ASAN
Doktora
Türkçe
2024
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiSakarya ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HARUN TAŞKIN
- Decision support system for a football team management by using machine learning techniques
Makine öğrenmesi teknikleri ile bir futbol takımı yönetimi için karar destek sistemi
MUSTAFA AADEL MASHJAL AL-ASADI
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSelçuk ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAKİR TAŞDEMİR
- An approach for landslide risk assesment by using geographic information systems (GIS) and remote sensing (RS)
Coğrafi bilgi sistemleri ve uzaktan algılama kullanılarak heyelan riski belirleme yaklaşımı
ARZU ERENER
Doktora
İngilizce
2009
Jeodezi ve FotogrametriOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeodezi ve Coğrafi Bilgi Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEBNEM DÜZGÜN