Investigation of Drosophila cryptochrome interactions
Drosophila cryptochrome etkileşimlerinin araştırılması
- Tez No: 765278
- Danışmanlar: PROF. DR. NURİ ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Sirkadiyen Ritimler, Drosophila CRY, Reset Mekanizması, Protein-Protein Etkileşimleri, co-immünopresipitasyon, İnteraktom, Drosophila, Sirkadiyen ritim, İmmünopresipitasyon, İnteraktomikler, Circadian Rhythms, Drosophila CRY, Reset mechanism, Protein-Protein Interactions, co-immunoprecipitation, Interactors, Drosophila, Protein-protein interactions, Circadian rhythm, Immunoprecipitation, Interactomics
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sirkadiyen ritimler, organizmalarda siyanobakterilerden insanlara kadar canlılarda görülen fizyolojik, biyokimyasal ve davranışsal işlevlerde yaklaşık 24 saatlik periyodik salınımlardır ve bir transkripsiyon-çeviri geri besleme döngüsüne (TTFL) dayalı moleküler saatler tarafından oluşturulur. Meyve sineği Drosophila melanogaster sirkadiyen ritmi, sıfırlama mekanizması sayesinde çevresel koşullarla senkronize edilir. sirkadiyen ritmi, bir fotoreseptör Cryptochrome (dCRY) proteini tarafından sıfırlanır. Işık sinyali, dCRY'de onun TIM'e bağlanmasına yol açan konformasyonel bir değişikliğe neden olur. Sonuç olarak ubikitinlenen TIM hızla yıkılıma giderek sirkadiyen ritmi sıfırlar. Biyolojik sinyal yollarının çoğu, protein-protein etkileşimlerine (PPI'lere) dayanır. Önceden, laboratuvarımız yakınlığa bağlı bir biyotin tanımlama (BioID) yaklaşımı kullanarak dCRY'nin olası ışığa bağlı etkileşimlerini tanımlandı. Bu tezde, dCRY ve interaktörleri arasındaki etkileşimler, birlikte immünopresipitasyon (co-IP) kullanılarak doğrulandı. Bunun için HA veya V5 etiketli interaktörler, Drosophila S2-3XFLAG-dCRY hücrelerinde eksprese edildi. Beyaz ışık altındaki veya karanlıktaki kompleksler, anti-HA (veya anti-V5) antikor manyetik boncukları kullanılarak immünopresipitasyona ile indirildi. Son olarak, anti-HA/V5 antikoru ile çökeltilmiş komplekslerde 3XFLAG-dCRY'nin varlığı, immünoblotlama ile analiz edildi. Bu çalışma, dCRY'nin ışığa bağımlı ve geçici etkileşimlerini test etmeyi amaçlamaktadır. dCRY ile güçlü bir etkileşimci doğrulanmış olsa da, daha fazla etkileşimi doğrulamak için sistemin optimize edilmesi gerekmektedir. Ayrıca, dCRY ile ışığa bağımlı bir etkileşim gösterilmiştir. Yeni etkileşimcilerin incelenmesi, onların ışığa bağımlı rollerinin keşfi gibi yeni araştırma alanlarına yol açabilir.
Özet (Çeviri)
Circadian rhythms are approximately 24-hour periodic oscillations in the physiological, biochemical, and behavioral function in organisms from cyanobacteria to humans, and are driven by molecular clocks based on a transcription-translation feedback loop (TTFL). The fruit fly Drosophila melanogaster circadian rhythm is synchronized with environmental conditions through its resetting mechanism. The Drosophila circadian rhythm is reset by a photoreceptor Cryptochrome (dCRY) protein. The light signal causes a conformational change in dCRY leading to the binding of dCRY to TIM and TIM ubiquitination. The ubiquitinated TIM is rapidly degraded which resets the circadian rhythm. Most of the biological signaling pathways rely on protein-protein interactions (PPIs). Previously, our laboratory identified possible light-dependent interactions of the dCRY using a proximity-dependent biotin identification (BioID) approach. In this thesis, the PPIs between dCRY and its interactors were confirmed using co immunoprecipitation (co-IP). For this HA or V5 tagged interactors were expressed in Drosophila S2-3XFLAG-dCRY cells. The complexes under light or dark were immunoprecipitated using anti-HA (or anti-V5) antibody magnetic beads. Finally, the presence of the 3XFLAG-dCRY in the anti-HA/V5 antibody-precipitated complexes was analyzed with immunoblotting. This study aims to test the light-dependent and transient interactions of dCRY. Even though, one strong interactor with dCRY was confirmed, an optimization of the system is still needed to confirm more interactions. Moreover, a light-dependent interaction with dCRY was shown. The study of novel interactors may lead to new research directions such as the discovery of the light-dependent roles of new interactors.
Benzer Tezler
- Pikrotoksinin Drosophila melanogaster'ın farklı evreleri üzerine oksidatif ve genotoksik etkisinin araştırılması
Investigation of the oxidative and genotoxic effects of picrtoxin on different stages of Drosophila melanogaster
MUHAMMET KUTSAL ÇOPUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
BiyolojiZonguldak Bülent Ecevit ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENDER BÜYÜKGÜZEL
- Investigation of tRNA-derived small RNAs in Drosophila melenogaster
Drosophila melanogaster' de tRNA kaynaklı küçük RNA'ların araştırılması
ÇAĞDAŞ GÖKTAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Genetikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Investigation into the role of PATL1 gene in neurodevelopment using Drosophila melanogaster as model organism
Drosophila melanogaster'ı model organizma olarak kullanarak PATL1 geninin nörogelişimdeki rolünün araştırılması
BERFİN DAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU ÇELİK FUSS
- Bazı mikotoksinlerin Drosophila melanogaster'de oluşturdukları genotoksik etkiler üzerine Teucrium polium bitkisinin antigenotoksik etkilerinin araştırılması
Investigation of antigenotoxic impacts of plant Teucrium polium on genotoxic impacts formed by some mycotoxins in Drosophila melanogaster
MEHMET GÜRBÜZEL
- Resveratrol'ün Drosophila melanogaster'de antigenotoksik etkilerinin araştırılması
Investigation of antigenotoxic effects of Resveratrol in Drosophila melanogaster
FATMA TURNA