Geri Dön

The identification of the mechanisms of LRBA deficiency dependent defects in regulatory T-cell function

Düzenleyici T-hücre fonksiyonunda LRBA eksikliğine bağlı hataların mekanizmalarının belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 761606
  2. Yazar: PEGAH ZAHEDIMARAM
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: CRISPR, Kütle spektrometri, Lipopolisakkaritler, Sitotoksik etki, T lenfositleri, CRISPR, Mass spectrometry, Lipopolysaccharides, Cytotoxic effect, T lymphocytes
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Primer immün yetersizlik (PİY) sendromları tekrar eden enfeksyonlara neden olan hastalık grubudur. lipopolysaccharide-responsive beige like anchor protein (LRBA) proteinini kodlayan gendeki foksiyon kaybı mutasyonlarının otoimünite ile ilişkilendirilmiş PİY sendromlarına neden olduğu belirlenmiştir. LRBA molekülünün CTLA-4 proteininin hücre yüzeyindeki ifadesini kontrol ettiği belirlenmiştir. CTLA-4 proteini yanında LRBA proteininin epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR) ve FasL proteinlerinin hücre yüzeyinde ifade edilmesini kontrol ettiği bilinmektedir. Bu çalışmanın ana hedefi T lenfositlerde LRBA eksikliğinin yol açtığı bozukluların keşfidir. Bu amaç ile Jurkat T lenfosit lösemi hücre hattı model olarak kullanılmış ve CRISPR/Cas9 sistemi aracılığı ile LRBA proteini bu hücrelerden silinmiştir. Mutant ve yabanıl tip Jurkat hücrelerinin yüzeyde ifade ettiği proteinlerdeki değişiklikler yüzey biyotinilasyonu ve kütle spektrometresi ile analiz edilmiştir. LRBA ifade etmeyen hücrelerin yüzeylerinde CD3, CD4, PVRIG, NOTCH3, CD1d, ve Sema7A proteinlerinin azaldığı ve CD53, CD148, CD154, CD134, A33, ve CD70 proteinlerinin de arttığı belirlenmiştir. LRBA kaybında CD3 ve CD4 proteinlerinin azalması en önemli fark olarak ortaya çıkmaktadır. Beklenildiği gibi endojen CTLA-4 proteininin yüze ifadesi de mutant hücrelerde azalmaktadır. Ek olarak CTLA-4 proteininin mutant hücrelerde yüksek seviyede eksojen olarak ifadesi, CTLA-4 yüzey seviyelerini yabanıl tip hücrelerdeki seviyeye ulaştıramadığı da gözlemlenmiştir. Bu bulgu LRBA kaybının dominan bir fenotip olduğunu göstermektedir. Bu çalışma LRBA proteininin alternatif hedeflerini keşfetmiş ve CTLA-4 yüzey ifadesinin mekanizmasını ortaya çıkarmıştır. Yeni LRBA hedeflerinin bulunması bağışıklık sistemi bozukluğu hastalıklarının teşhis ve tedavisinde kullanılabilecektir.

Özet (Çeviri)

Primary immunodeficiencies are a very diverse group of disorders characterized by recurring infections. Loss of function mutations in the gene encoding LRBA (lipopolysaccharide-responsive beige like anchor protein) were recently identified to cause PID which is associated with autoimmunity. Several studies have shown that the LRBA molecule regulates CTLA-4 cell surface expression. Besides CTLA-4, LRBA has been claimed to have an effect on the vesicular trafficking of epidermal growth factor receptor (EGFR) and cell surface expression of FasL in the plasma membrane. In this study, the main objective was to discover the defects caused by LRBA deficiency in T-cells. For this purpose, the Jurkat leukemic T-cell line was used as the model cell line and the CRISPR/Cas9 system was used to knock-out (KO) this protein in the Jurkat cell line. The differentially expressed proteins on the surface of WT and KO Jurkat cells were assessed by the means of cell surface biotinylation coupled with mass spectrophotometry (MS) analysis. CD3, CD4, PVRIG, NOTCH3, CD1d, and Sema7A were found to be downregulated and CD53, CD148, CD154, CD134, A33, and CD70 to be upregulated in LRBA negative cell lines. We identify the decrease in CD3 and CD4 seemed to be most significant and relevant to the loss of LRBA. As expected, endogenous CTLA-4 expression was also decreased in our LRBA KO cell lines. Additionally, CTLA-4 protein overexpression could not rescue CTLA4 expression to WT levels in LRBA KO Jurkat cell lines indicating the dominant phenotype obtained by LRBA loss. This study identifies alternative targets of the LRBA protein and delineates the mechanism of surface CTLA4 expression, potentially identifying new targets that can be used to cure immunodeficiencies resulting from LRBA loss.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    826461

    Integration of multi-omics data for enlightening the molecular mechanisms of cancer: a case study on breast cancer subtype identification

    Kanserin moleküler mekanizmalarını aydınlatmak için multi-omik verilerin entegrasyonu: meme kanseri alt tip tanımlaması üzerine bir vaka çalışması

    MİRAY ÜNLÜ YAZICI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyomühendislikAbdullah Gül Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU GÜNGÖR

  2. Tez No

    523384

    Psychological contract breaches, organizational citizenship behavior, and identification mechanisms: Insights from the perspective of general employees and ethnic minority employees

    Başlık çevirisi yok

    PINAR TUFAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    PsikolojiKatholıeke Unıversıteıt Leuven (catholıc Unıversıty Of Leuven)

    Prof. Dr. KAREL DE WITTE

    Prof. Dr. HEIN WENDT

  3. Tez No

    991403

    Sıçanlarda demir sükroz ile oluşturulan uzatılmış akut toksisite modelinde alfa lipoik asit'in oksidatif karaciğer hasarı üzerine olası koruyucu etkisine aracılık eden moleküler mekanizmalarının tanımlanması

    Identification of molecular mechanisms mediating the possible protective effect of alpha lipoic acid on oxidative liver injury in a model of extended acute toxicity with iron sucrose in rats

    AYSAN AFAGH

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    Moleküler TıpDokuz Eylül Üniversitesi

    Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZAHİDE ÇAVDAR

  4. Tez No

    559400

    Küçük hücreli dışı akciğer kanserinde regülatör B hücrelerinin tanımlanması ve anti-tümöral hücresel cevaba etkilerinin moleküler mekanizmalarının incelenmesi

    Identification of regulatory B cells in non-small cell lung cancer and investigation of their effects on the molecular mechanisms of anti-tumoral cellular immunity

    OĞUZHAN KÖSE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Medipol Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ DENİZ DURALI

  5. Tez No

    872709

    Sıçanlarda spermatogenezis ile ilgili düzenleyici genlerin tanımlanması ve moleküler mekanizmalarının araştırılması

    Identification of the regulatory genes related with spermatogenesis and investigation of their molecular mechanisms in rats

    MUHAMMETNUR TEKAYEV

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HALİME TUBA CANBAZ

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ABU SHAMEEM MD. SAADAT KHANDAKAR

Geri Dön