Metaproteomic analysis of saliva samples from parkinson's disease patients with cognitive impairments
Kognitif bozukluğu olan parkinson hastalarından alınan tükürük örneklerinin metaproteomik analizi
- Tez No: 756702
- Danışmanlar: PROF. DR. SÜLEYMAN YILDIRIM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Moleküler Tıp, Biotechnology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Biliş bozuklukları, Bilişsel işlevler, Biyobelirteçler, Kromatografi-sıvı, Kütle spektroskopisi, Mikrobiyota, Parkinson hastalığı, Proteomik, Tükürük, Cognition disorders, Cognitive functions, Biomarkers, Chromatography-liquid, Mass spectroscopy, Microbiota, Parkinson disease, Proteomics, Saliva
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Medipol Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Tıp ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Parkinson Hastalığı (PD), beyindeki dopaminerjik nöronların bozulmasını ve ölümünü ve alfa-sinüklin (α-syn) protein birikimini (Lewy cisimcikleri) içeren bir Nörodejeneratif Hastalıktır (NDD). PD semptomları, hem titreme gibi motor semptomları hem de anormal tükürük üretimi ve bilişsel bozulma (CI) gibi motor olmayan semptomları içerir. CI, PD hastalarının ve bakıcılarının yaşamlarını trajik bir şekilde etkileyen ve yaşamı tehdit eden aşamalara ulaşan demansa dönüşebilir. Bu nedenle, PH'de CI ve demans ilerlemesini saptamak ve izlemek için invaziv olmayan ve doğru biyobelirteçler geliştirmek acildir. Beyin omurilik sıvısı (BOS), PH'de CI biyobelirteçleri için yararlı bir kaynak olmasına rağmen, elde etme yöntemi invaziv olarak kabul edilir. Böylece tükürük, hem insan hem de mikrobiyal proteinlerin saptanmasına yardımcı olan iyi bir ikamedir ve sağlık/hastalık ile mikrobiyom-konak ilişkisini göz önünde bulundurarak MetaProteomik analizine izin verir. Ek olarak, Kütle Spektrometrisi (MS) teknolojilerinin ve biyoinformatik araçlarının geliştirilmesi, metaproteomik çalışmalara yardımcı olur. Burada, üç çalışma grubunun tükürük metaproteome içeriğini analiz ettik; nano-Sıvı Kromatografi tandem Kütle Spektrometresi (nLC-MS/MS), DIA-NN kullanılarak Sağlıklı Kontrol (HC: 28), Hafif Bilişsel Bozukluğu olan Parkinson hastaları (PD-MCI: 40) ve Demanslı Parkinson hastaları (PDD: 40) boru hattı ve R-programı. Sonuçlar, bakteriyel proteinlerin üç çalışma grubunu farklılaştırdığını ve tanımlanan 435 protein grubu bolluğu dışında, protein grubunun Uzama Faktörü Tu (EF-Tu) azalmasının CI ilerlemesi ile anlamlı bir ilişki gösterdiğini gösterdi (p<0.05). Son olarak, tükürük metaproteomikleri, PD ve diğer NDD'de CI/demans tespiti ve izlenmesi için invaziv olmayan biyobelirteç keşfini zenginleştirme potansiyeli gösterir.
Özet (Çeviri)
Parkinson's Disease (PD) is a NeuroDegenerative Disease (NDD) that includes impairment and death of dopaminergic neurons at the brain and alpha-synuclein (α-syn) protein accumulation (Lewy bodies). PD symptoms include both motor symptoms, such as tremor, and non-motor symptoms, such as abnormal saliva production and cognitive impairment (CI). CI can develop to dementia tragically affecting the lives of PD patients and their caregivers, reaching to life threating stages. Therefore, developing non-invasive and accurate biomarkers for detecting and monitoring CI and dementia progression in PD is urgent. Although, cerebrospinal fluid (CSF) is a useful source for CI-biomarkers in PD, its obtainment method is considered invasive. Thereby, saliva is a good replacement aiding the detection of both human and microbial proteins, allowing MetaProteomics analysis considering microbiome-host relationship with health/disease. Additionally, the development of Mass Spectrometry (MS) technologies and bioinformatics tools aid metaproteomics studies. Here, we analyzed salivary metaproteome content of three study groups; Healthy Control (HC: 28), Parkinson's patients with Mild Cognitive Impairment (PD-MCI: 40), and Parkinson's patients with Dementia (PDD: 40), using nano-Liquid Chromatography tandem Mass Spectrometry (nLC-MS/MS), DIA-NN pipeline, and R-program. Results showed that bacterial proteins differentiate the three study groups, and out the 435 protein groups abundances identified, the decrease of the protein group Elongation Factor Tu (EF-Tu) showed significant association with CI progression (p<0.05). Finally, salivary metaproteomics shows potentials to enrich non-invasive biomarkers discovery for CI/dementia detection and monitoring in PD and other NDD.
Benzer Tezler
- Metaproteomic analysis of barley germination regime under the influence of increased temperature
Arttırılmış sıcaklık etkisi altında arpa çimlenme rejiminin metaproteomik analizi
ELİF GÖKSU KIZILYAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİDEM BALKANLI
DR. ÖĞR. ÜYESİ FLORİAN WEİLAND
- Discovery of novel enzymes using proteomic approaches
Proteomik yaklaşımlar kullanılarak yeni enzimlerin keşfi
MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
Doktora
İngilizce
2021
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DOÇ. DR. MÜSLÜM AKGÖZ
- Reşadiye kaplıcasının genomik ve metaproteomik açıdan incelenmesi
A genome and metaproteomic investigation of Resadiye spring
MELİS ÇAKDİNLEYEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyomühendislikGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİLGE HİLAL ÇADIRCI
- Alzheimer hastalığı transgenik fare modelinde nano-LC-MS/MS metaproteomik analiz yöntemi ile bağırsak florasındaki değişimin araştırılması
Investigation of change in intestinal flora in alzheimer's disease transgenic mouse model BY nano-LC-MS / MS metaproteomic method
ESRA AYAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
NörolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET TARIK BAYKAL
DR. BETÜL ŞAHİN
- Investigation of familial multiple sclerosis genetics
Ailesel multipl skleroz genetiğinin araştırılması
ELİF EVEREST
Doktora
İngilizce
2022
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI