PROT-ON: Structure-based detection of critical mutations in redesigning protein-protein interfaces
Protein-protein arayüzlerini yeni yaklaşım PROT-ON algoritması ile yeniden tasarlanması
- Tez No: 756234
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biyoistatistik, Biyoloji, Biotechnology, Biostatistics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Arayüz tasarımı, Moleküler biyoloji, Program geliştirme, Protein etkileşim ağları, İşlemsel biyoloji, Interface design, Molecular biology, Program development, Protein interaction networks, Computational biology
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Vücudumuzdaki çoğu biyokimyasal olay protein-protein etkileşimleri (PPE) aracılığıyla gerçekleşir. PPE'leri anlamak ilaç ve aşı geliştirme çalışmaları için son derece önemlidir. Bu yüzden arayüz mutasyonlarının protein-protein etkileşimlerinin doğasını nasıl değiştirdiğini bilmek gerekmektedir. EvoEF ve FoldX gibi çeşitli hesaplamalı yaklaşımlar farklı matematiksel algoritmalar kullanarak etkileşim enerjisindeki değişimleri tahmin etmektedirler. Bu tezde, PPE'deki tüm mutasyonları tarayıp etkileşim enerjilerini bu programlarla hesaplayacak PROT-ON yaklaşımını geliştirdik. PROT-ON, arayüz mutasyonlarındaki etkileşim enerjileri değişimlerini çeşitli metrikler kullanarak bağlanmayı en iyileştiren ve en kötüleştiren mutasyonlar olarak sınıflandırmaktadır. PROT-ON'un performansını MDM2-P53 ve AXL-GAS6 kompleksleri üzerinde test ettik ve kompleks için kritik mutasyonları geliştirdiğimiz yaklaşım ile başarılı bir şekilde tahmin edebildik. PROT-ON'un kendi başına çalışan sürümünü GitHub'dan (https://github.com/CSB-KaracaLab/prot-on) Linux ve MacOS sistemleri için indirebilir ya da kullanıcı dostu bir web portalı (http://proton.tools.ibg.edu.tr:8001) üzerinden erişilebilirsiniz.
Özet (Çeviri)
Many biological activities in the body are mediated through protein-protein interactions (PPI). Understanding the PPIs is crucial for developing vaccines and drugs. Therefore, it is of utmost importance to understand how interfacial mutations change the nature of protein-protein interactions. To understand this phenomenon, several computational approaches such as FoldX and EvoEF have been developed. These tools estimate the change in the interaction energy by using different mathematical algorithms. In this thesis, by making use of these programs, we developed PROT-ON, which can scan all the interfacial mutations to explore the mutational landscape of a protein-protein interface. PROT-ON then classifies the mutations as most depleting or enriching, based on several metrics. We tested PROT-ON on MDM2-p53 and AXL-GAS6 complexes. For these cases, our approach was able to predict mutations that are critical to the vitality of the complex. The standalone version of PROT-ON can be cloned for Linux and macOS systems from GitHub (https://github.com/CSB-KaracaLab/prot-on) or can be accessed through a user-friendly web server (http://proton.tools.ibg.edu.tr:8001).
Benzer Tezler
- Investigation of asymmetric synthesis of chiral amines by biological oxidoreductase enzymes by computational methods
Biyolojik oksidoredüktaz enzimleri ile kiral aminlerin asimetrik sentezinin hesaplamalı kimya yöntemleri ile incelenmesi
MERVE KOPAR
- FDDI tabanlı bir ağ sistemi için etkin bir gerçek zamanlı iletişim yapısının tasarımı
Design of an efficient real time communication structure for an fddi based network system
FEZA BUZLUCA
Doktora
Türkçe
1997
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMRE HARMANCI
- Yarı hafif betonun inelastik davranışının incelenmesi
The Effect of mix composition on the inelastic behavior of semi lighitweight concrete
MOHAMMAD AL-AWAWDEH
- Betonarme kirişsiz döşemeli yapıların zımbalama kayma mukavemetlerinin ve yatay ötelemelerinin hesabı için birer yöntem
Two methods for determining punching shear strength and lateral displacements of reinforced concrete flat plate structures
ERDAL COŞKUN
- Kablolu taşıyıcı sistemlerin nonlineer statik analizi için bir yöntem
A Method for nonlinear static analysis of cable nets
FİLİZ PİROĞLU
