Correction of artifacts in formalin-fixed paraffin-embedded tissue section images with contrastive unpaired image-to-image translation
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 753261
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ESİN ÖZTÜRK IŞIK, DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET TURAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Derin öğrenme, Görüntü analizi, Histoloji, Parafine gömme-doku kesitleri, Üretici ağlar, Deep learning, Image analysis, Histology, Paraffin embedding, Producer networks
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Biyomedikal Mühendislik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Formalin-fiksasyon ve parafine gömme (FFPE), 19. yüzyılın sonlarından beri histoloji ve patolojide kullanılan bir örnek hazırlama ve koruma tekniğidir. FFPE numunelerinin hazırlanması karmaşık, uzun ve standardize edilmesi zor bir süreç olduğundan ve dokunun karmaşık histolojik ve sitolojik özelliklerinden dolayı FFPE slaytları genellikle kusurlar içerir. Kusurlar doku sabitleme, işleme, gömme, mikrotomi, boyama ve kapatma sırasında ortaya çıkar. Bu kusurlar, görüntülerde artefakt olarak adlandırılır; boyama tutarsızlıklarını, doku kıvrımlarını, gevezeliği, kalem izlerini, bulanıklığı, hava kabarcıklarını ve kontaminasyonu kapsayan bir terimdir; ek olarak diğer kusurlar. Dijital patoloji için FFPE slaytlarındaki yapaylıkları düzelten, eşleştirilmemiş bir görüntüden görüntüye çeviri yaklaşımı olan FFPE++ öneriyoruz. Yöntemimiz, uzamsal dikkat bloğu ve kendi kendini düzenleme kaybı ile karşılaştırmalı öğrenmeyi kullanan ve hem dokusal detayların görünürlüğü hem de hücresel özellikler açısından daha yüksek kaliteye yol açan derin öğrenmeye dayalı bir yaklaşımdır. Kurul onaylı 10 patolog, FFPE++ yöntemimiz ile yumurtalık, tiroid ve akciğerin standart FFPE bölümleri arasında karşılaştırmalı testler gerçekleştirerek, yaklaşımımızın histopatolojik tanı için görsel olarak tutarlı görüntülerle sonuçlandığını gösterdi.
Özet (Çeviri)
Formalin-fixation and paraffin-embedding (FFPE) is a specimen preparation and preservation technique that has been used in histology and pathology since the late 19th century. Because the preparation of FFPE specimens is a complex, lengthy, and difficult to standardize process, and due to the complex histological and cytological characteristics of tissue, FFPE slides often contain defects. Defects arise during tissue fixation, processing, embedding, microtomy, staining, and coverslipping. These defects are referred to in images as artifacts, a term which encompasses staining inconsistencies, tissue folds, chattering, pen marks, blurring, air bubbles, and contamination, in addition to some other defects. We propose an unpaired image-to-image translation approach, FFPE++, which corrects artifacts in FFPE slides for digital pathology. Our method is a deep-learning-based approach which uses contrastive learning with spatial attention block and self-regularization loss, leading to higher quality in terms of both the visibility of textural details and cellular features. 10 board certified pathologists have performed comparative tests between our FFPE++ method and the standard FFPE sections of the ovary, thyroid, and lung, showing that our approach results in visually coherent images for histopathological diagnosis.
Benzer Tezler
- Kent mobilyaları tasarımında kullanılabilecek kavramsal bir model
Başlık çevirisi yok
SEÇİL YAYLALI
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Ürünleri Tasarımı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEMRA AYDINLI
- Mimari çizimin görünmeyen içeriği ve eylemselliği
The hidden and actional context of architecturaldrawing
ÇAĞIN TANRIVERDİ ÇETİN
Doktora
Türkçe
2020
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAZİLET YURDANUR DÜLGEROĞLU
- Sanatlararası etkileşim bağlamında resim ve şiir ilişkisi
In the context of inter-arts interaction painting and poetry relations
AYŞE EKİCİ
- Rococo ile role yönelimli eş zamanlı programlama
Programming in role oriented concurrent contexts with Rococo
CEVAT SERKAN BALEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAKUHİ NADİA ERDOĞAN