Developing a lamp pcr based diagnostic test for Krimean Congo hemorrhagic fever virus
Kırım Kongo kanamalı ateşi virüsünün lamp polimeraz zincir reaksiyonu bazlı tanı testinin geliştirilmesi
- Tez No: 749952
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜMEYRA TAŞKENT SEZGİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Hemorajik ateş-Kırım, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Spektroskopik analiz, Hemorrhagic fever-Crimean, Polymerase chain reaction, Spectroscopic analysis
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi (KKKA) enfeksiyonu kene kaynaklı en yaygın viral enfeksiyonlardan biridir. Enfeksiyonun %10-%40 ölüm oranına sahip olması ve onaylanmış kesin bir tedavisinin olmaması, temas yoluyla bulaşması hastalığın tehlike boyutunu göstermektedir. Enfeksiyonun hızlı tespiti için PCR bazlı, bir saatten kısa sürede sonuç verebilen Florometrik Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (Florometrik-LAMP) yöntemi kullanıldı. Çalışmada, Türkiye'de görülmüş 21 bütün S segment KKKA virüsünün suşunun sekans dizilimi kullanılarak hizalama çalışması yapıldı ve korunaklı bölgelere uygun LAMP primerleri tasarlandı. LAMP yönteminin testi için KKKA virüsünün Ank-2 (GeneBank Accession number: MK309333) suş DNA'sı kullanıldı. LAMP primerleri için, sıcaklık, primer miktarı ve MgSO4 konsantrasyonu değiştirilerek optimum koşullar belirlendi. Sonuçlar, altın standart yöntem olarak kabul edilen qPCR ile karşılaştırıldı. Çalışmada LAMP ve qPCR için saptama limiti 2x106 kopya/μl olarak belirlendi. CCHFV LAMP primer seti-1 qPCR primer seti ile benzer sonuçlar verirken CCHFV LAMP primer seti-4 qPCR primer setinden daha erken sinyal vererek daha iyi performans gösterdi. Sonuçlar LAMP metodunun qPCR yöntemine alternatif olabileceğini desteklemekle birlikte testin hassasiyetinin geliştirilmesi gerekliliğini de ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
Crimean-Congo hemorrhagic fever infection is one of the most common tick-borne viral infections, non-infectious in animals and fatal to humans with a mortality rate around 40%. The high mortality rate and lack of vaccines or drug treatment point to the potential danger of infection. The aim of this thesis was to detect 21 complete S-segment Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strains originating in Turkey using Fluorimetric Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method, which is one of the PCR-based isothermal amplification methods for detecting viral infections. Conserved regions of the 21 strains of the CCHFV observed in Turkey were determined by sequence alignment and LAMP primers for these conserved regions were designed. DNA of CCHFV Ank-2 (GeneBank accession number: MK309333) strain was used and optimum LAMP reaction conditions were determined by changing the temperature, primer amount and MgSO4 concentration. LAMP results were compared with qPCR, which is considered the gold standard. The detection limit for LAMP and qPCR was 2x106 copies/μl. In the study, the CCHFV LAMP primer set-1 gave similar results to the qPCR primer set. The CCHFV LAMP primer set-4 performed better by turning positive 9 minutes earlier than the qPCR primer set. This results indicate LAMP is an alternative method for detecting CCHFV but reveals the necessity of improving the sensitivity of the test.
Benzer Tezler
- Developing a novel diagnostic test for Campylobacter species
Campylobacter türleri için yeni bir tanı testinin geliştirilmesi
RIFAT UÇAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Veteriner HekimliğiAberystwyth UnıversıtyYurtdışı Enstitü
DOÇ. DR. JUSTIN PACHEBAT
- Tüberküloz teşhisi için kullanılmak üzere mikro ısıtıcı tasarlanması karakterizasyonu ve üretimi
Microheater design production and characterisation for using in tuberculosis detection
MUHAMMED BEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEVENT TRABZON
- Hava örnekleme sistemi ile biyoaerosol tespiti için mikroakışkan tabanlı tanı sistemi geliştirilmesi
Development of a microfluidics-based diagnostic system for bioaerosol detection using an air sampling system
HÜLYA ERASLAN GÜLTEKİN
Doktora
Türkçe
2025
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ FUAT ERGENÇ
- Development of a loop mediated isothermal amplification (LAMP) assay for identification of meat species.
Et türlerinin belirlenmesi için ilmiğe dayalı izotermal çoğaltma temelli tespit yöntemi geliştirilmesi.
DİLARA ÖZDEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
PROF. DR. FÜSUN EYİDOĞAN
- Aydınlatma sistemlerinde bakım katsayısı tespitine yönelik yeni bir algoritma yapısının geliştirilerek, aktif bakım ve işletme yaklaşımlarının oluşturulması
Modelling of active maintenance and operating methods by developing a new lighting system maintenance factor calculation algorithm
SERHAT ÖZENÇ
Doktora
Türkçe
2014
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET UZUNOĞLU
DOÇ. DR. ÖNDER GÜLER