Periferik kan mononükleer hücre tiplerinin COVID-19 enfeksiyonuna verdiği transkripsiyonel cevabın scRNA-seq verileri üzerinden biyolojik ağlarla incelenmesi
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 741025
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: COVID 19, RNA dizileme, Tek hücre proteini, Yapay sinir ağları, COVID 19, RNA sequencing, Single cell protein, Artificial neural networks
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
2019 Aralık ayında başlayıp tüm dünyayı etkisi altına alan SARS-CoV-2 virüsünün neden olduğu Covid-19 hastalığının patofizyolojisini anlamak için kısa zamanda birçok çalışma yapılmıştır. Bu çalışmaların başında virüsün hücre düzeyinde meydana getirdiği transkriptomik değişimleri tespit etmek amacıyla gerçekleştirilen tek hücre RNA dizileme çalışmaları gelmektedir. Bu çalışmada, virüsün periferik bağışıklık aktivitesi üzerindeki etkisini görmek amacıyla literatürden toplanan, Covid-19 enfeksiyonu geçiren ve sağlıklı bireylerden alınan periferik kan mononükleer hücrelerine ait, tek hücre RNA dizileme verileri işlenmiş ve sonuçlar ağ tabanlı omik veri analiz metodlarıyla incelenmiştir. Bu doğrultuda hücre grupları ayrıştırılıp karakterize edildikten sonra hücre türlerinin her biri için ifadesi anlamlı olan genler tespit edilerek bu genler üzerinden ikincil analizler gerçekleştirilmiş ve literatürle de uyumlu olarak HLA Class II genlerinin ifadesinin Dendritik Hücrelerde (DC) anlamlı bir şekilde düştüğü tespit edilmiştir. Her hücre türü için yapılan protein-protein etkileşim analizlerinde ise hem topolojik açıdan önemli düğümler hem de farklı hücre tipi çiftleri için oluşturulan ağlardaki topolojik rolü değişerek“yeniden bağlanmış”düğümler tespit edilerek ilaç yeniden konumlandırma çalışmaları için aday olabilecek genler olarak tayin edilmiştir. Sonuç olarak, FOS, HSP90AB1, GRB2, ATXN1 ve UBC genlerinin Covid-19 teşhis ve tedavisinde önemli rol oynayabilecek potansiyel biyobelirteçler olabileceği sonucuna ulaşılmıştır.
Özet (Çeviri)
After its first official occurrence in late-December 2019, there have been a vast number of studies in order to unveil the pathophysiology of Coronavirus disease which is caused by SARS-CoV-2. An important part of the newly emerged literature consists of single cell RNA sequencing (scRNAseq) studies. scRNAseq technique is used for identifying heteregenous transcriptomic changes led by the virus at the cellular level. In this study, we used scRNAseq raw data collected from the literature which is obtained from patients with Covid-19 and healthy individuals to profile peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and to elucidate pathways in peripheral immune cells. For this purpose, after clustering similar cells and anotate them we identified differentially expressed genes (DEGs) for each cell type. Consistent with previous studies, we found out that expressions of HLA Class II genes are significantly downregulated in Dendritic Cells (DCs). Moreover, we identified both topologically important hubs in contructed protein-protein interaction networks and topologically most varying differential nodes in terms of their edge connections through pairwise comparisons of cell type specific network couples. As a conclusion, we propose that FOS, HSP90AB1, GRB2, ATXN1, and UBC genes are potential biomarkers for diagnosis and treatment of Covid-19.
Benzer Tezler
- Mevalonat kinaz eksikliği olan hastalarda T-hücre alt tiplerinin incelenmesi
Investigation of T-cell subtypes in patients with mevalonate kinase deficiency
BÜŞRA ŞENİZ DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET EKEN
- Kronik inflamatuar demiyelinizan polinöropati hastalarında periferik kan ve cilt biyopsisinde b lenfosit sitokin ekspresyon değişikliklerinin terapötik ve prognostik biyobelirteç olarak önemleri
Circulating b cell subsets and cytokine gene expression levels in peripheral blood and skin biopsy in chronic inflammatory demyelinating polyneuropathy
AYŞE NUR ÖZDAĞ ACARLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Nörolojiİstanbul ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA YEŞİM PARMAN
- Solid ve hematolojik neoplazilerde doğal öldürücü (NK) hücre aktivitesinin değerlendirilmesi
Evaluation of natural killer cell activity in solid and hematologic neoplasms
MELİSE YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiTümör Biyolojisi ve İmmünolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURHAN TURGUT
- Tek hücreli RNA dizileme verileriyle ankilozan spondilit hastalığına özgü genom-ölçekli metabolik modellerin oluşturulması
Construction of ankylosing spondylitis-specific genome-scale metabolic models with single-cell RNA sequencing data
MERVE YARICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyomühendislikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ
- Cellular characterization of immune cells in non-small cell lung cancer and mesothelioma
Küçük hücreli dışı akciğer kanseri ve mezotelyomada immün hücrelerin hücresel karakterizasyonu
GÖNÜL SEYHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN