An ontology based representation of semantic annotations for biomedical relations extracted from scientific documents
Bilimsel belgelerden çıkarılmış biyomedikal ilişkiler için anlamsal açıklamaların ontoloji temelli temsili
- Tez No: 731077
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. SUSAN MICHELE ÜSKÜDARLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Açık veri, Bilimsel bilgi, Biyomedikal uygulamalar, Open data, Scientific information, Biomedical applications
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bilimsel literatürün büyük hacmi dolayısıyla, araştırmacıların, makalelerin içlerinde gömülü olan bilgileri tanımlaması ve kullanması zorluk teşkil etmekte ve otomatik çıkarma ve işlemeyi gerekli kılmaktadır. Otomatik işleme, çıkarılan bilgi ontolojilerle temsil edilen bağlantılı veri kaynaklarıyla birleştirilebileceği düşünüldüğünde özellikle önemli hale gelmektedir. Bağlı Açık Veri (LOD) kaynaklarında temsil edilen geniş bilgi alanı, anlamsal arama ve çıkarım yoluyla çok sayıda bilgi keşfi fırsatı sunar. Bu tez, bilimsel makalelerde gömülü biyomedikal varlık ilişkilerini çıkarmayı ve bunları makine tarafından işlenebilir bir şekilde anlamsal olarak temsil etmeyi amaçlamaktadır. Bu amaçla, biyomedikal varlık ilişkilerini ve bunların bilimsel makalelerdeki kökenini temsil eden Biomedical Entities Evidences (BEE) adlı bir ontoloji önerdik. Yaklaşımın uygulanabilirliğini ifade etmek için kimyasal-protein çok sınıflı ilişkileri ve kimyasal-hastalık ikili ilişkilerini çıkardık. Bu ilişkileri BEE ontolojisi aracılığıyla temsil ettik. Ontoloji tabanlı semantik temsilin faydalarını göstermek için, birkaç LOD kaynağını ve ontolojilere ve özel kurallara dayalı çıkarsanan verileri kullanan bir semantik uygulama prototipi geliştirdik. Bu prototip, değişen karmaşıklıklarda bilgi alma görevlerini gerçekleştirerek anlamsal temsilin faydalarını değerlendirmek için kullanıldı.
Özet (Çeviri)
The sheer volume of scientific literature challenges researchers to identify and utilize the knowledge embedded in them and makes automated extraction and processing necessary. Automated processing becomes especially significant when the extracted information is combined with the linked data resources represented with ontologies. The vast knowledge space represented in Linked Open Data sources provides numerous knowledge discovery opportunities through semantic searching and inference. This thesis aims to extract biomedical entity relations embedded in scientific articles and semantically represent them in a machine-processable manner. For this purpose, we proposed an ontology named Biomedical Entities Evidences (BEE) that represents biomedical entity relationships as well as their provenance in scientific articles. To express the approach's feasibility, we extracted chemical-protein multiclass relations and chemical-disease binary relations. These relations are represented based on BEE ontology. To demonstrate the benefits of ontology-based semantic representation, we have implemented a semantic application prototype that utilizes several Linked Open Data sources and inferred data based on ontologies and custom rules. This prototype was used to evaluate the benefits of the semantic representation by performing information retrieval tasks of varying complexities.
Benzer Tezler
- Exploiting metadata, ontologies and semantics to design/enhance new end-user experiences for adaptive pervasive computing environments
Başlık çevirisi yok
AHMET SOYLU
Doktora
İngilizce
2012
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKatholıeke Unıversıteıt Leuven (catholıc Unıversıty Of Leuven)PROF. DR. ERİK DUVAL
PROF. DR. PATRİCK DE CAUSMAECKER
PROF. DR. PİET DESMET
- Yazılı Türkçe dilinden Türk işaret diline (tid) makine çevirisi sistemi
Text to sign language machine translation system for Turkish
CİHAT ERYİĞİT
Doktora
Türkçe
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE KÖSE
- Ontoloji tabanlı uyarlanabilir ölçme ve değerlendirme sisteminin geliştirilmesi
Development of an ontology-based adaptive assessment and evaluation system
KEMAL ŞİMŞEK
Doktora
Türkçe
2026
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiMatematik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYSUN AYTAÇ
PROF. DR. JALE İPEK
- Alt ontoloji çıkarma yöntemlerinin incelenmesi ve anlamsal ilintililik tabanlı bir alt ontoloji çıkarma yönteminin geliştirilmesi
Examination of sub-ontology extraction methods and development of a semantic relatedness based sub-ontology extraction method
CEMİL ABİŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT OSMAN ÜNALIR
- Architecture specification of service-oriented systems through semantic Web technologies
Semantik Web teknolojileri kullanarak servis-yönelimli sistem mimarisinin belirlenmesi
VELİ BİÇER
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Bölümü
DOÇ. DR. ALİ DOĞRU