New protocol for scanning minor and major grooves along DNA to find best interaction mode with drug molecules
DNA molekülünün büyük ve küçük oluklarının tamamını tarayarak en iyı ligand ve DNA etkileşimini bulmak üzere metot geliştirilmesi
- Tez No: 712969
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ANTOINE MARION
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Bağlanma enerjisi, Docking, Moleküler mekanik, Moleküler modelleme, İlaç keşifleri, Binding energy, Docking, Molecular mechanic, Molecular modeling, Drug discoveries
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Major and minor groove binder drugs could function as possible treatment agents in genetic disorders or cancer. DNA is recognized by different proteins during replication, translation, and transcription. Basically, by binding to the grooves of DNA, small drug molecules can change the helical structure of DNA, interfere with protein binding and prevent replication, translation or transcription. To alter and inhibit DNA - protein interactions, especially sequence specific ligands should be designed. Accordingly, we investigated the interactions of different anticancer drugs binding to specific DNA sequences via minor or major grooves by a novel, automatizated protocol as a combination of docking and molecular mechanics refinement. With this methodology, we obtained best interaction modes of the drug molecules with given DNA sequences and most preferred sequences.
Özet (Çeviri)
DNA'nın büyük ve küçük oluklarına bağlanan ilaçlar, kanser veya genetik hastalıkların tedavisinde kullanılmaktadır. Replikasyon, translasyon ve transkripsiyon sırasında, DNA farklı proteinler tarafından tanınır. Temel olarak, ilaç molekülleri DNA'nın oluklarına bağlanarak DNA'nın sarmal yapısını değiştirir ve replikasyon mekanizmasını engeller. Farklı DNA ve protein etkileşimlerini inhibe edecek yeni ilaçlar ve yöntemler geliştirmek için, farklı sekanslarla etkileşim gösteren spesifik moleküller geliştirilmelidir. Bu nedenle yeni geliştirdiğimiz hızlı protokol ile DNA moleküllerine ilaç yerleştirme ve moleküler mekanik ile farklı dizilerin küçük ve büyük oluklarının, farklı ligandlarla etkileşimleri incelenmiştir. Bu method ile, seçilen ilaçların DNA ile en iyi etkileşime sahip olduğu bağlanma konformasyonları ve seçici oldukları DNA sekansları elde edilmiştir.
Benzer Tezler
- Lord Stratford Canning Döneminde Osmanlı Devleti ve İngiltere arasındaki ilişkiler
Relations between Ottoman Empire and Great Britain during the tenure of Lord Stratford Canning
KÜBRA YANIKOĞLU
- Nöromorfik hesaplama ve memristor tabanlı ağ saldırı tespit sistemleri: Siber güvenlikte yeni yaklaşımlar
Neuromorphic computing and memristor-based network attack detection systems: New approaches in cyber security
YUSUF ETKA KÖYLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLHAN KOCAARSLAN
- Synthesis and catalytic applications of metal oxide based materials in particulate form
Partikül formunda metal oksit bazlı malzemelerin sentezi ve katalitik uygulamaları
KADRİYE ÖZLEM HAMALOĞLU
Doktora
İngilizce
2015
Kimya MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜLEYMAN ALİ TUNCEL
- Tek merkezden denetlenen çok PLC'li bir sistemin tekstil boyama prosesinin otomasyonunda kullanımı
Application of a central controlled multi PLC system to the textile dyeing process
MUVAFFAK AMASYA
Yüksek Lisans
Türkçe
1995
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiDOÇ. DR. MEHMET BÜLENT ÖRENCİK
- Çamaşır makinası kapak menteşesi tasarımı
Washing machine door hinge design
BURAK KARAÇANLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ GÖKŞENLİ